Динамические характеристики ДНК

Структурно-динамические характеристики ДНК: специфическое расщепление ДНК ультразвуком и компьютерное моделирование

Sequence-Specific Ultrasonic Cleavage of DNA.

  • Il’icheva, I. A., Khodikov, M. V., Poptsova, M. S., Nechipurenko, D. Y., Nechipurenko, Y. D., & Grokhovsky, S. L. Structural features of DNA that determine RNA polymerase II core promoter. BMC genomics, 17(1), 973. (2016).

  • Poptsova M.S., Il'icheva I.A., Nechipurenko D.Y., Panchenko L.A., Khodikov M.V., Oparina N.Y., Polozov R.V., Nechipurenko Y.D., Grokhovsky S.L. Non-random DNA fragmentation in next-generation sequencing. Sci Rep. 4. 2014 Mar 31;4:4532. (2014).

  • Grokhovsky S.L., Il’icheva I.A., Nechipurenko D.Yu., Golovkin M.V., Panchenko L.A., Polozov R.V. and Nechipurenko Yu.D. «Mechanochemical Cleavage of DNA by Ultrasound» in "Advances in Engineering Research", Volume 8. pp. 213-236. (Editor: Victoria M. Petrova). "Nova Science Publishers". ISSN: 2163-3932. ISBN: 978-1-63321-282-4. ISSN: 2163-3932 (2014).

  • Sergei L. Grokhovsky, Irina A. Il’icheva, Dmitry Yu. Nechipurenko, Mikhail V. Golovkin, A. Larisa Panchenko, Robert V. Polozov and Yury D. Nechipurenko «Mechanochemical Cleavage of DNA by Ultrasound» in "Ultrasonics: Theory, Techniques and Practical Applications", pp. 1-24. (Editors: Hanako Ayabito and Mitsuko Katsukawa). "Nova Science Publishers". ISBN: 978-1-62257-685-2. (2013).

  • Гpоxовcкий C.Л., Ильичева И.А., Панченко Л.А., Головкин М.В., Нечипуpенко Д.Ю., Полозов P.В., Нечипуpенко Ю.Д.. Ультpазвуковое pаcщепление ДНК в комплекcаx c катионами Ag(I), Cu(II), Hg(II). Биофизика, 58, вып. 1, c. 36–46. (2013).
  • Сопроводительные материалы к статье в Биофизике за 2013 год

  • Sergei Grokhovsky, Irina Il’icheva, Dmitry Nechipurenko, Michail Golovkin, Georgy Taranov, Larisa Panchenko, Robert Polozov and Yury Nechipurenko (2012). Quantitative Analysis of Electrophoresis Data - Application to Sequence-Specific Ultrasonic Cleavage of DNA, Gel Electrophoresis - Principles and Basics, Dr. Sameh Magdeldin (Ed.), ISBN: 978-953-51-0458-2, InTech

  • Sergei L. Grokhovsky, Irina А. Ilicheva, Dmitry Yu. Nechipurenko, Michail V. Golovkin, Larisa A. Panchenko, Robert V. Polozov, Yury D. Nechipurenko. Sequence-Specific Ultrasonic Cleavage of DNA. Biophysical Journal, Volume 100, Issue 1. 117-125 (2011).
    Supplementary materials for paper ''Sergei L. Grokhovsky, Irina А. Ilicheva, Dmitry Yu. Nechipurenko, Michail V. Golovkin, Larisa A. Panchenko, Robert V. Polozov, Yury D. Nechipurenko. Sequence-Specific Ultrasonic Cleavage of DNA. Biophysical Journal, Volume 100, Issue 1. 117-125 (2011).''

  • Нечипуренко Д.Ю. "Анализ специфичности расщепления ДНК ультразвуком". Диссертация на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук. 2010. (PDF-файл, 3MB).

  • Миносьянц В.А. "Моделирование расщепления ДНК ультразвуком ". Квалификационная работа бакалавра. 2010. (DOC-файл, 1.3MB).

  • Nechipurenko D.Yu., Il'icheva I.A., Golovkin M.V., Panchenko L.A., Polozov R.V., Nechipurenko Yu.D., Grokhovsky S.L. «Ultrasonic cleavage analysis: a novel approach to study the sequence effects on DNA structural dynamics» Abstracts of An International Symposium on “Solvation and Ionic Effects in Biomolecules: Theory and Experiment” Tsakhkadzor, Armenia 17-21 May. (2010). 

  • Панченко Л.А., Ильичева И.А., Нечипуренко Ю. Д., Нечипуренко Д.Ю., Полозов Р.В., Гроховский С.Л.  Исследование структуры и динамики ДНК при помощи ультразвука. Доклад на Международная научная конференция "Василий Васильевич Налимов - математик и философ", 9-10 ноября,  МГУ, Москва. (2010)

  • I.A. Il'icheva, D.Yu. Nechipurenko, S.L. Grokhovsky. Ultrasonic Cleavage of Nicked DNA. J. Biomol. Struct. Dyn. 27 (3) p.391-398 (2009).

  • Нечипуренко Ю.Д., Головкин М.В., Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Гроховский С.Л. Характерные особенности расщепления ДНК ультразвуком. Журнал структурной химии. Том 50, No5. стр.1040-1047 (2009). - D. Nechipurenko, M. V. Golovkin, D. Yu. Nechipurenko, I. A. Il’icheva, L. A. Panchenko, R. V. Polozov, and S. L. Grokhovskii. Characteristics of ultrasonic cleavage of DNA. Journal of Structural Chemistry. Vol. 50, No. 5, pp. 1007-1013, (2009).

  • Dmitry Yu. Nechipurenko, Mikhail V. Golovkin, Sergej L. Grokhovsky, Irina А. Il'icheva, Larisa A. Panchenko, Robert V. Polozov, Yurii D. Nechipurenko. MECHANICAL PROPERIES OF DNA LOCAL STRUCTURE: ULTRASOUND STUDIES. The Second Saint-Petersburg International Conference on NanoBiotechnologies. Russia Saint-Petersburg June, 16-18 2008.

  • S.L.Grokhovsky, I.A.Il’icheva, D.Yu.Nechipurenko, L.A.Panchenko, R.V.Polozov, and Yu.D.Nechipurenko. Ultrasonic Cleavage of DNA: Quantitative Analysis of Sequence Specificity. ISSN 0006-3509, Biophysics, Vol. 53, No. 3, pp. 250–251. (2008).
    Сопроводительные материалы к статье С.Л. Гроховского, И.А. Ильичевой, Д.Ю. Нечипуренко, Л.А.Панченко, Р.В.Полозова, Ю.Д. Нечипуренко. "Локальные неоднородности структуры и динамики двухспиральной ДНК: исследование при помощи ультразвука." Биофизика, т.53, вып.3, стр. 417-425. (2008).
    Относительные частоты разрыва ультразвуком ди- и тетрануклеотидов

  • Анализ и моделирование расщепления ДНК ультразвуком. Дипломная работа студента 6 курса Нечипуренко Дмитрия Юрьевича. МГУ им.М.В.ЛОМОНОСОВА. Физический факультет. Кафедра биофизики. (DOC-файл, 4MB).
    Защита дипломной работы. (ppt-файл, 8MB)

  • Характер ультразвукового воздействия на молекулу ДНК. Магистерский диплом Воробьева Е.А. (МФТИ). Доклад - ppt-файл, 3.9 Mb.
    • Диплом - DOC-файл, 1.2 Mb.

  • Специфичность расщепления ДНК ультразвуком. Гроховский С.Л. pdf-файл, 0.5 Mb.

    • Разработка программ для анализа полиакриламидных гелей высокого разрешения

  • Общая постановка задачи.
  • Опыт работы с программой ''SAFA'' для полуавтоматического анализа гелей высокого разрешения.
  • Описание программы GelDroog для анализа гелей с ручной корректировкой треков.
  • Программное обеспечение для анализа образов электрофореза ДНК. Дипломная работа Ергебекова С.М. (МФТИ). ppt-файл, 0.2 Mb.
  • Головкин М.В., Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Гроховский С.Л., Нечипуренко Ю.Д. Математические методы анализа электрофоретических картин расщепления ДНК. Компьютерные исследования и моделирование (2009), 1, №3, 287–295.

    •

  • Список печатных работ С.Гроховского

  • Тезисы докладов

  • Число цитирований из Web of Science

  • Число цитирований публикаций в РИНЦ

  • Число цитирований публикаций в Google Scholar

  • Список цитирования: специализация Биология Проекта «Корпус экспертов»

  • Рейтинг в "SJR Scimago Journal & Country Rank" журнала "Молекулярная биология" (Molekulyarnaya Biologiya)

  • Обзор литературы: ''Экспрессия промотора гена MMTV''.

  • Архив фотографий Института Молекулярной Биологии

  • Звучание последовательностей ДНК

    • Работы финансировались Московским Центром медицинских исследований Университета Осло (1995-2005), грант ''Биологическая активность связывающихся с ДНК сиквенс-специфичных лигандов'', Программой Президиума РАН по молекулярной и клеточной биологии (2010-2013) и грантами РФФИ:

  • 98-04-49220-а: Гроховский С.Л. ''Новые ингибиторы ДНК топоизомеразы I человека. Конструирование, структурно-функциональный анализ и молекулярные механизмы взаимодействия с мишенью in vitro и в опухолевых клетках'' (1998 - 2000)

  • 01-03-32669-а: Гроховский С.Л. ''Разработка методов металлизации разветвленных цепей ДНК для создания элементов электронных схем нанометрового размера'' (2001 - 2003)

  • 04-04-49364-a: Гроховский С.Л. ''Низкомолекулярные репрессоры и активаторы транскрипции гормон-зависимых генов'' (2004 - 2006)

  • 07-04-01031-а: Гурский Г.В. ''Структурные исследования хеликазной активности инициаторного белка UL9 вируса герпеса и конструирование новых типов противовирусных лекарственных агентов'' (2007 - 2009)

  • 08-04-01739-а: Гроховский С.Л. ''Локальные неоднородности структуры и динамики двухспиральной ДНК: исследование при помощи ультразвука.'' (2008 - 2010)

  • 11-04-02001-а: Гурский Г.В. ''Cпецифичные ДНК-белковые комплексы как мишени для конструирования и действия новых типов селективных ингибиторов репликации вирусной ДНК'' (2011 - 2013)

  • 14-04-01269А: Гурский Г.В. ''Взаимодействие инициаторного белка-продукта гена UL9 вируса простого герпеса типа 1 с 4-х нитевыми ДНК структурами Холидея и создание новых типов противовирусных лекарственных агентов ДНК'' (2014 - 2016)

    •

    Институт молекулярной биологии им. В.А.Энгельгардта Российской академии наук, Москва В-334, ул. Вавилова, д.32

    Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences, Vavilov str.32 Moscow-119991, Russia

    (Последние исправления - 13.06.2018)