Ultrasonic Cleavage of Nicked DNA
I.A. Il'icheva1, D.Yu. Nechipurenko2, S.L. Grokhovsky1,*
1) Engelhardt Institute of Molecular Biology RAS, Vavilov str., 32 Moscow 119991, Russia
2) Dep. of Physics, Moscow State University, Moscow 119992, Russia
*) Phone: 499�135 97 18 Fax: 499�135 14 05 E-mail: [email protected];
Name of gel and number of scan = No52-7 def.101 - 12% gel - 10min nickase Name of sequence = pUC9G - Fragment-258-DdeI Number of lanes = 7 Lane for analysis = 5 Number of analysing nucleotide = 114 First analysing nucleotide = 197 3'-nucleotide before nik = 285 5'-TTCTGACGAGTTCTAACTTGGCTTCATTGCACCGTTTGACAGGTAACTTTGTAATCTCGCTAAGTTGAGAATCGGTGATTCTGTCCATTGGTTTATTCCACCCATAGGTTTTACGCAGAATGGCAAGCAGCACTTTAAACTGTCGCTTGGTCAGATCTGCGCCCGAATAAGCCTCAAGCAGCATATTTGATAGTCTGGCGTAACCATCATCGAGATCTGCCACATTACGCTCCTGTCCGGCAAAGTTACCTCTGCCGAAGTTGAGTATTTTTGCTGTATTTGTCATAATGACTCCTGTTGATAGATCCAGTAATGACCTCA0 Length of fragment = 321 P(K)=P(K)/100 197 G 6409 198 G 728 199 C 5610 200 G 1716 201 T 2366 202 A 1768 203 A 1436 204 C 2068 205 C 1897 206 A 1260 207 T 1264 208 C 1764 209 A 1146 210 T 1359 211 C 2977 212 G 1481 213 A 1137 214 G 1659 215 A 1867 216 T 885 217 C 1652 218 T 1312 219 G 1246 220 C 1354 221 C 1203 222 A 1060 223 C 1476 224 A 1166 225 T 1213 226 T 1147 227 A 1139 228 C 2307 229 G 1202 230 C 1620 231 T 1170 232 C 1362 233 C 1757 234 T 1347 235 G 1568 236 T 1318 237 C 1408 238 C 1701 239 G 1216 240 G 1384 241 C 1448 242 A 1275 243 A 1206 244 A 1042 245 G 1137 246 T 1056 247 T 1203 248 A 1190 249 C 1138 250 C 1183 251 T 1093 252 C 1346 253 T 1178 254 G 1266 255 C 1316 256 C 1703 257 G 1295 258 A 1169 259 A 1266 260 G 1457 261 T 1440 262 T 1425 263 G 1461 264 A 1323 265 G 1689 266 T 1895 267 A 1815 268 T 2155 269 T 2269 270 T 2558 271 T 2823 272 T 2796 273 G 3942 274 C 4803 275 T 4651 276 G 5052 277 T 5763 278 A 5936 279 T 7784 280 T 8876 281 T 9164 282 G 10317 283 T 11709 284 C 12777 285 A 6187 286 T 7888 287 A 4759 288 A 2969 289 T 2185 290 G 1273 291 A 818 292 C 800 293 T 611 294 C 546 295 C 518 296 T 418 297 G 378 298 T 307 299 T 328 300 G 300 301 A 285 302 T 277 303 A 274 304 G 288 305 A 284 306 T 260 307 C 271 308 C 259 309 A 256 310 G 216 MAX = 12777 MIN = 216 Length from 5'-end 197 G ################################################ 198 G #### 199 C ########################################## 200 G ########### 201 T ################ 202 A ############ 203 A ######### 204 C ############## 205 C ############# 206 A ######## 207 T ######## 208 C ############ 209 A ####### 210 T ######## 211 C ##################### 212 G ######### 213 A ####### 214 G ########### 215 A ############ 216 T ##### 217 C ########### 218 T ######## 219 G ######## 220 C ######## 221 C ####### 222 A ###### 223 C ######### 224 A ####### 225 T ####### 226 T ####### 227 A ####### 228 C ################ 229 G ####### 230 C ########## 231 T ####### 232 C ######## 233 C ############ 234 T ######## 235 G ########## 236 T ######## 237 C ######### 238 C ########### 239 G ####### 240 G ######### 241 C ######### 242 A ######## 243 A ####### 244 A ###### 245 G ####### 246 T ###### 247 T ####### 248 A ####### 249 C ####### 250 C ####### 251 T ###### 252 C ######## 253 T ####### 254 G ######## 255 C ######## 256 C ########### 257 G ######## 258 A ####### 259 A ######## 260 G ######### 261 T ######### 262 T ######### 263 G ######### 264 A ######## 265 G ########### 266 T ############# 267 A ############ 268 T ############### 269 T ################ 270 T ################## 271 T #################### 272 T #################### 273 G ############################# 274 C ################################### 275 T ################################## 276 G ##################################### 277 T ########################################### 278 A ############################################ 279 T ########################################################### 280 T ################################################################### 281 T ###################################################################### 282 G ############################################################################### 283 T ######################################################################################### 284 C ################################################################################################## 285 A ############################################## 286 T ############################################################ 287 A ################################### 288 A ##################### 289 T ############### 290 G ######## 291 A #### 292 C #### 293 T ### 294 C ## 295 C ## 296 T # 297 G # 298 T 299 T 300 G 301 A 302 T 303 A 304 G 305 A 306 T 307 C 308 C 309 A 310 G Length from 3'-end 125 G ################################################ 124 G #### 123 C ########################################## 122 G ########### 121 T ################ 120 A ############ 119 A ######### 118 C ############## 117 C ############# 116 A ######## 115 T ######## 114 C ############ 113 A ####### 112 T ######## 111 C ##################### 110 G ######### 109 A ####### 108 G ########### 107 A ############ 106 T ##### 105 C ########### 104 T ######## 103 G ######## 102 C ######## 101 C ####### 100 A ###### 99 C ######### 98 A ####### 97 T ####### 96 T ####### 95 A ####### 94 C ################ 93 G ####### 92 C ########## 91 T ####### 90 C ######## 89 C ############ 88 T ######## 87 G ########## 86 T ######## 85 C ######### 84 C ########### 83 G ####### 82 G ######### 81 C ######### 80 A ######## 79 A ####### 78 A ###### 77 G ####### 76 T ###### 75 T ####### 74 A ####### 73 C ####### 72 C ####### 71 T ###### 70 C ######## 69 T ####### 68 G ######## 67 C ######## 66 C ########### 65 G ######## 64 A ####### 63 A ######## 62 G ######### 61 T ######### 60 T ######### 59 G ######### 58 A ######## 57 G ########### 56 T ############# 55 A ############ 54 T ############### 53 T ################ 52 T ################## 51 T #################### 50 T #################### 49 G ############################# 48 C ################################### 47 T ################################## 46 G ##################################### 45 T ########################################### 44 A ############################################ 43 T ########################################################### 42 T ################################################################### 41 T ###################################################################### 40 G ############################################################################### 39 T ######################################################################################### 38 C ################################################################################################## 37 A ############################################## 36 T ############################################################ 35 A ################################### 34 A ##################### 33 T ############### 32 G ######## 31 A #### 30 C #### 29 T ### 28 C ## 27 C ## 26 T # 25 G # 24 T 23 T 22 G 21 A 20 T 19 A 18 G 17 A 16 T 15 C 14 C 13 A 12 G Length from nick -89 G ################################################ -88 G #### -87 C ########################################## -86 G ########### -85 T ################ -84 A ############ -83 A ######### -82 C ############## -81 C ############# -80 A ######## -79 T ######## -78 C ############ -77 A ####### -76 T ######## -75 C ##################### -74 G ######### -73 A ####### -72 G ########### -71 A ############ -70 T ##### -69 C ########### -68 T ######## -67 G ######## -66 C ######## -65 C ####### -64 A ###### -63 C ######### -62 A ####### -61 T ####### -60 T ####### -59 A ####### -58 C ################ -57 G ####### -56 C ########## -55 T ####### -54 C ######## -53 C ############ -52 T ######## -51 G ########## -50 T ######## -49 C ######### -48 C ########### -47 G ####### -46 G ######### -45 C ######### -44 A ######## -43 A ####### -42 A ###### -41 G ####### -40 T ###### -39 T ####### -38 A ####### -37 C ####### -36 C ####### -35 T ###### -34 C ######## -33 T ####### -32 G ######## -31 C ######## -30 C ########### -29 G ######## -28 A ####### -27 A ######## -26 G ######### -25 T ######### -24 T ######### -23 G ######### -22 A ######## -21 G ########### -20 T ############# -19 A ############ -18 T ############### -17 T ################ -16 T ################## -15 T #################### -14 T #################### -13 G ############################# -12 C ################################### -11 T ################################## -10 G ##################################### -9 T ########################################### -8 A ############################################ -7 T ########################################################### -6 T ################################################################### -5 T ###################################################################### -4 G ############################################################################### -3 T ######################################################################################### -2 C ################################################################################################## -1 A ############################################## 1 T ############################################################ 2 A ################################### 3 A ##################### 4 T ############### 5 G ######## 6 A #### 7 C #### 8 T ### 9 C ## 10 C ## 11 T # 12 G # 13 T 14 T 15 G 16 A 17 T 18 A 19 G 20 A 21 T 22 C 23 C 24 A 25 G Name of gel and number of scan = No52-7 def.101 - 12% gel - 1h nickase Name of sequence = pUC9G - Fragment-258-DdeI Number of lanes = 7 Lane for analysis = 6 Number of analysing nucleotide = 114 First analysing nucleotide = 197 3'-nucleotide before nik = 285 5'-TTCTGACGAGTTCTAACTTGGCTTCATTGCACCGTTTGACAGGTAACTTTGTAATCTCGCTAAGTTGAGAATCGGTGATTCTGTCCATTGGTTTATTCCACCCATAGGTTTTACGCAGAATGGCAAGCAGCACTTTAAACTGTCGCTTGGTCAGATCTGCGCCCGAATAAGCCTCAAGCAGCATATTTGATAGTCTGGCGTAACCATCATCGAGATCTGCCACATTACGCTCCTGTCCGGCAAAGTTACCTCTGCCGAAGTTGAGTATTTTTGCTGTATTTGTCATAATGACTCCTGTTGATAGATCCAGTAATGACCTCA0 Length of fragment = 321 P(K)=P(K)/100 197 G 9877 198 G 1352 199 C 8089 200 G 2224 201 T 4016 202 A 2257 203 A 2136 204 C 3064 205 C 2888 206 A 1768 207 T 2253 208 C 2782 209 A 1566 210 T 2199 211 C 4684 212 G 2945 213 A 2598 214 G 1782 215 A 2588 216 T 2527 217 C 982 218 T 1658 219 G 1661 220 C 2061 221 C 1806 222 A 1418 223 C 2070 224 A 1591 225 T 1746 226 T 1630 227 A 1623 228 C 3496 229 G 1649 230 C 2318 231 T 1556 232 C 1899 233 C 2488 234 T 1843 235 G 2019 236 T 1663 237 C 1880 238 C 2308 239 G 1474 240 G 1662 241 C 1789 242 A 1536 243 A 1423 244 A 1212 245 G 1318 246 T 1253 247 T 1377 248 A 1311 249 C 1272 250 C 1331 251 T 1207 252 C 1529 253 T 1323 254 G 1395 255 C 1417 256 C 1894 257 G 1329 258 A 1286 259 A 1384 260 G 1432 261 T 1406 262 T 1388 263 G 1445 264 A 1314 265 G 1644 266 T 1849 267 A 1769 268 T 2144 269 T 2247 270 T 2570 271 T 2827 272 T 2873 273 G 4192 274 C 5068 275 T 4828 276 G 5483 277 T 6173 278 A 6724 279 T 8964 280 T 10480 281 T 11091 282 G 13389 283 T 15205 284 C 17344 285 A 8006 286 T 10562 287 A 6464 288 A 3850 289 T 2719 290 G 1623 291 A 1006 292 C 957 293 T 701 294 C 612 295 C 535 296 T 498 297 G 414 298 T 342 299 T 331 300 G 338 301 A 309 302 T 295 303 A 257 304 G 269 305 A 255 306 T 249 307 C 224 308 C 228 309 A 226 310 G 186 MAX = 17344 MIN = 186 Length from 5'-end 197 G ####################################################### 198 G ###### 199 C ############################################# 200 G ########### 201 T ###################### 202 A ########### 203 A ########### 204 C ################ 205 C ############### 206 A ######### 207 T ########### 208 C ############## 209 A ####### 210 T ########### 211 C ######################### 212 G ############### 213 A ############# 214 G ######### 215 A ############# 216 T ############# 217 C #### 218 T ######## 219 G ######## 220 C ########## 221 C ######### 222 A ####### 223 C ########## 224 A ######## 225 T ######## 226 T ######## 227 A ######## 228 C ################### 229 G ######## 230 C ############ 231 T ####### 232 C ######### 233 C ############# 234 T ######### 235 G ########## 236 T ######## 237 C ######### 238 C ############ 239 G ####### 240 G ######## 241 C ######### 242 A ####### 243 A ####### 244 A ##### 245 G ###### 246 T ###### 247 T ###### 248 A ###### 249 C ###### 250 C ###### 251 T ##### 252 C ####### 253 T ###### 254 G ###### 255 C ####### 256 C ######### 257 G ###### 258 A ###### 259 A ###### 260 G ####### 261 T ####### 262 T ###### 263 G ####### 264 A ###### 265 G ######## 266 T ######### 267 A ######### 268 T ########### 269 T ########### 270 T ############# 271 T ############### 272 T ############### 273 G ####################### 274 C ############################ 275 T ########################## 276 G ############################## 277 T ################################## 278 A ##################################### 279 T ################################################## 280 T ########################################################### 281 T ############################################################## 282 G ############################################################################ 283 T ###################################################################################### 284 C ################################################################################################## 285 A ############################################# 286 T ########################################################### 287 A #################################### 288 A ##################### 289 T ############## 290 G ######## 291 A #### 292 C #### 293 T ## 294 C ## 295 C ## 296 T # 297 G # 298 T 299 T 300 G 301 A 302 T 303 A 304 G 305 A 306 T 307 C 308 C 309 A 310 G Length from 3'-end 125 G ####################################################### 124 G ###### 123 C ############################################# 122 G ########### 121 T ###################### 120 A ########### 119 A ########### 118 C ################ 117 C ############### 116 A ######### 115 T ########### 114 C ############## 113 A ####### 112 T ########### 111 C ######################### 110 G ############### 109 A ############# 108 G ######### 107 A ############# 106 T ############# 105 C #### 104 T ######## 103 G ######## 102 C ########## 101 C ######### 100 A ####### 99 C ########## 98 A ######## 97 T ######## 96 T ######## 95 A ######## 94 C ################### 93 G ######## 92 C ############ 91 T ####### 90 C ######### 89 C ############# 88 T ######### 87 G ########## 86 T ######## 85 C ######### 84 C ############ 83 G ####### 82 G ######## 81 C ######### 80 A ####### 79 A ####### 78 A ##### 77 G ###### 76 T ###### 75 T ###### 74 A ###### 73 C ###### 72 C ###### 71 T ##### 70 C ####### 69 T ###### 68 G ###### 67 C ####### 66 C ######### 65 G ###### 64 A ###### 63 A ###### 62 G ####### 61 T ####### 60 T ###### 59 G ####### 58 A ###### 57 G ######## 56 T ######### 55 A ######### 54 T ########### 53 T ########### 52 T ############# 51 T ############### 50 T ############### 49 G ####################### 48 C ############################ 47 T ########################## 46 G ############################## 45 T ################################## 44 A ##################################### 43 T ################################################## 42 T ########################################################### 41 T ############################################################## 40 G ############################################################################ 39 T ###################################################################################### 38 C ################################################################################################## 37 A ############################################# 36 T ########################################################### 35 A #################################### 34 A ##################### 33 T ############## 32 G ######## 31 A #### 30 C #### 29 T ## 28 C ## 27 C ## 26 T # 25 G # 24 T 23 T 22 G 21 A 20 T 19 A 18 G 17 A 16 T 15 C 14 C 13 A 12 G Length from nick -89 G ####################################################### -88 G ###### -87 C ############################################# -86 G ########### -85 T ###################### -84 A ########### -83 A ########### -82 C ################ -81 C ############### -80 A ######### -79 T ########### -78 C ############## -77 A ####### -76 T ########### -75 C ######################### -74 G ############### -73 A ############# -72 G ######### -71 A ############# -70 T ############# -69 C #### -68 T ######## -67 G ######## -66 C ########## -65 C ######### -64 A ####### -63 C ########## -62 A ######## -61 T ######## -60 T ######## -59 A ######## -58 C ################### -57 G ######## -56 C ############ -55 T ####### -54 C ######### -53 C ############# -52 T ######### -51 G ########## -50 T ######## -49 C ######### -48 C ############ -47 G ####### -46 G ######## -45 C ######### -44 A ####### -43 A ####### -42 A ##### -41 G ###### -40 T ###### -39 T ###### -38 A ###### -37 C ###### -36 C ###### -35 T ##### -34 C ####### -33 T ###### -32 G ###### -31 C ####### -30 C ######### -29 G ###### -28 A ###### -27 A ###### -26 G ####### -25 T ####### -24 T ###### -23 G ####### -22 A ###### -21 G ######## -20 T ######### -19 A ######### -18 T ########### -17 T ########### -16 T ############# -15 T ############### -14 T ############### -13 G ####################### -12 C ############################ -11 T ########################## -10 G ############################## -9 T ################################## -8 A ##################################### -7 T ################################################## -6 T ########################################################### -5 T ############################################################## -4 G ############################################################################ -3 T ###################################################################################### -2 C ################################################################################################## -1 A ############################################# 1 T ########################################################### 2 A #################################### 3 A ##################### 4 T ############## 5 G ######## 6 A #### 7 C #### 8 T ## 9 C ## 10 C ## 11 T # 12 G # 13 T 14 T 15 G 16 A 17 T 18 A 19 G 20 A 21 T 22 C 23 C 24 A 25 G Name of gel and number of scan = No52a def.129 - 6% gel - 10 min nickase Name of sequence = pUC9G - Fragment-258-DdeI Number of lanes = 5 Lane for analysis = 3 Number of analysing nucleotide = 186 First analysing nucleotide = 125 3'-nucleotide before nik = 285 5'-TTCTGACGAGTTCTAACTTGGCTTCATTGCACCGTTTGACAGGTAACTTTGTAATCTCGCTAAGTTGAGAATCGGTGATTCTGTCCATTGGTTTATTCCACCCATAGGTTTTACGCAGAATGGCAAGCAGCACTTTAAACTGTCGCTTGGTCAGATCTGCGCCCGAATAAGCCTCAAGCAGCATATTTGATAGTCTGGCGTAACCATCATCGAGATCTGCCACATTACGCTCCTGTCCGGCAAAGTTACCTCTGCCGAAGTTGAGTATTTTTGCTGTATTTGTCATAATGACTCCTGTTGATAGATCCAGTAATGACCTCA0 Length of fragment = 321 P(K)=P(K)/100 125 A 1534 126 A 688 127 G 1020 128 C 1015 129 A 870 130 G 1014 131 C 876 132 A 892 133 C 917 134 T 873 135 T 832 136 T 908 137 A 976 138 A 1010 139 A 1019 140 C 1617 141 T 1768 142 G 945 143 T 1228 144 C 1497 145 G 1238 146 C 1630 147 T 1485 148 T 1330 149 G 1199 150 G 1575 151 T 1363 152 C 1993 153 A 1595 154 G 1511 155 A 1520 156 T 1514 157 C 1888 158 T 1569 159 G 1574 160 C 2203 161 G 1753 162 C 2084 163 C 2138 164 C 2556 165 G 2053 166 A 2025 167 A 2155 168 T 2282 169 A 2282 170 A 2213 171 G 2539 172 C 2740 173 C 2593 174 T 2343 175 C 3116 176 A 2860 177 A 2787 178 G 3382 179 C 3812 180 A 2674 181 G 3071 182 C 3310 183 A 2903 184 T 2703 185 A 2627 186 T 2624 187 T 2693 188 T 2602 189 G 2931 190 A 3104 191 T 3118 192 A 2959 193 G 3290 194 T 3351 195 C 5117 196 T 3402 197 G 2567 198 G 3474 199 C 6146 200 G 3292 201 T 3699 202 A 2938 203 A 2870 204 C 3425 205 C 3219 206 A 2675 207 T 2531 208 C 3150 209 A 2281 210 T 2748 211 C 4490 212 G 2949 213 A 2506 214 G 2784 215 A 2986 216 T 2474 217 C 3430 218 T 2283 219 G 2352 220 C 2579 221 C 2351 222 A 2124 223 C 2687 224 A 2161 225 T 2424 226 T 2171 227 A 2423 228 C 4175 229 G 2423 230 C 3257 231 T 2157 232 C 2642 233 C 3311 234 T 3245 235 G 2171 236 T 2286 237 C 2831 238 C 3302 239 G 2203 240 G 2556 241 C 3078 242 A 2392 243 A 2222 244 A 1920 245 G 2228 246 T 2056 247 T 2332 248 A 2401 249 C 2246 250 C 2473 251 T 2092 252 C 3001 253 T 2347 254 G 2590 255 C 2883 256 C 3256 257 G 2650 258 A 2449 259 A 2562 260 G 2953 261 T 3070 262 T 2951 263 G 3180 264 A 2797 265 G 3768 266 T 3972 267 A 3991 268 T 4935 269 T 5617 270 T 5810 271 T 6490 272 T 6239 273 G 8761 274 C 11031 275 T 10356 276 G 11886 277 T 13057 278 A 13675 279 T 18990 280 T 22084 281 T 22388 282 G 29413 283 T 28928 284 C 32161 285 A 19867 286 T 17921 287 A 9102 288 A 5678 289 T 3924 290 G 2405 291 A 1412 292 C 1414 293 T 1007 294 C 954 295 C 430 296 T 507 297 G 580 298 T 462 299 T 426 300 G 422 301 A 375 302 T 367 303 A 347 304 G 294 305 A 323 306 T 279 307 C 269 308 C 257 309 A 237 310 G 232 MAX = 32161 MIN = 232 Length from 5'-end 125 A #### 126 A # 127 G ## 128 C ## 129 A # 130 G ## 131 C ## 132 A ## 133 C ## 134 T # 135 T # 136 T ## 137 A ## 138 A ## 139 A ## 140 C #### 141 T #### 142 G ## 143 T ### 144 C ### 145 G ### 146 C #### 147 T ### 148 T ### 149 G ### 150 G #### 151 T ### 152 C ##### 153 A #### 154 G ### 155 A #### 156 T ### 157 C ##### 158 T #### 159 G #### 160 C ###### 161 G #### 162 C ##### 163 C ##### 164 C ####### 165 G ##### 166 A ##### 167 A ##### 168 T ###### 169 A ###### 170 A ###### 171 G ####### 172 C ####### 173 C ####### 174 T ###### 175 C ######## 176 A ######## 177 A ####### 178 G ######### 179 C ########### 180 A ####### 181 G ######## 182 C ######### 183 A ######## 184 T ####### 185 A ####### 186 T ####### 187 T ####### 188 T ####### 189 G ######## 190 A ######## 191 T ######## 192 A ######## 193 G ######### 194 T ######### 195 C ############### 196 T ######### 197 G ####### 198 G ########## 199 C ################## 200 G ######### 201 T ########## 202 A ######## 203 A ######## 204 C ######### 205 C ######### 206 A ####### 207 T ####### 208 C ######### 209 A ###### 210 T ####### 211 C ############# 212 G ######## 213 A ####### 214 G ####### 215 A ######## 216 T ###### 217 C ######### 218 T ###### 219 G ###### 220 C ####### 221 C ###### 222 A ##### 223 C ####### 224 A ##### 225 T ###### 226 T ###### 227 A ###### 228 C ############ 229 G ###### 230 C ######### 231 T ##### 232 C ####### 233 C ######### 234 T ######### 235 G ###### 236 T ###### 237 C ######## 238 C ######### 239 G ###### 240 G ####### 241 C ######## 242 A ###### 243 A ###### 244 A ##### 245 G ###### 246 T ##### 247 T ###### 248 A ###### 249 C ###### 250 C ###### 251 T ##### 252 C ######## 253 T ###### 254 G ####### 255 C ######## 256 C ######### 257 G ####### 258 A ###### 259 A ####### 260 G ######## 261 T ######## 262 T ######## 263 G ######### 264 A ####### 265 G ########## 266 T ########### 267 A ########### 268 T ############## 269 T ################ 270 T ################# 271 T ################### 272 T ################## 273 G ########################## 274 C ################################# 275 T ############################### 276 G #################################### 277 T ####################################### 278 A ######################################### 279 T ########################################################## 280 T ################################################################### 281 T #################################################################### 282 G ########################################################################################## 283 T ######################################################################################### 284 C ################################################################################################### 285 A ############################################################# 286 T ####################################################### 287 A ########################### 288 A ################ 289 T ########### 290 G ###### 291 A ### 292 C ### 293 T ## 294 C ## 295 C 296 T 297 G # 298 T 299 T 300 G 301 A 302 T 303 A 304 G 305 A 306 T 307 C 308 C 309 A 310 G Length from 3'-end 197 A #### 196 A # 195 G ## 194 C ## 193 A # 192 G ## 191 C ## 190 A ## 189 C ## 188 T # 187 T # 186 T ## 185 A ## 184 A ## 183 A ## 182 C #### 181 T #### 180 G ## 179 T ### 178 C ### 177 G ### 176 C #### 175 T ### 174 T ### 173 G ### 172 G #### 171 T ### 170 C ##### 169 A #### 168 G ### 167 A #### 166 T ### 165 C ##### 164 T #### 163 G #### 162 C ###### 161 G #### 160 C ##### 159 C ##### 158 C ####### 157 G ##### 156 A ##### 155 A ##### 154 T ###### 153 A ###### 152 A ###### 151 G ####### 150 C ####### 149 C ####### 148 T ###### 147 C ######## 146 A ######## 145 A ####### 144 G ######### 143 C ########### 142 A ####### 141 G ######## 140 C ######### 139 A ######## 138 T ####### 137 A ####### 136 T ####### 135 T ####### 134 T ####### 133 G ######## 132 A ######## 131 T ######## 130 A ######## 129 G ######### 128 T ######### 127 C ############### 126 T ######### 125 G ####### 124 G ########## 123 C ################## 122 G ######### 121 T ########## 120 A ######## 119 A ######## 118 C ######### 117 C ######### 116 A ####### 115 T ####### 114 C ######### 113 A ###### 112 T ####### 111 C ############# 110 G ######## 109 A ####### 108 G ####### 107 A ######## 106 T ###### 105 C ######### 104 T ###### 103 G ###### 102 C ####### 101 C ###### 100 A ##### 99 C ####### 98 A ##### 97 T ###### 96 T ###### 95 A ###### 94 C ############ 93 G ###### 92 C ######### 91 T ##### 90 C ####### 89 C ######### 88 T ######### 87 G ###### 86 T ###### 85 C ######## 84 C ######### 83 G ###### 82 G ####### 81 C ######## 80 A ###### 79 A ###### 78 A ##### 77 G ###### 76 T ##### 75 T ###### 74 A ###### 73 C ###### 72 C ###### 71 T ##### 70 C ######## 69 T ###### 68 G ####### 67 C ######## 66 C ######### 65 G ####### 64 A ###### 63 A ####### 62 G ######## 61 T ######## 60 T ######## 59 G ######### 58 A ####### 57 G ########## 56 T ########### 55 A ########### 54 T ############## 53 T ################ 52 T ################# 51 T ################### 50 T ################## 49 G ########################## 48 C ################################# 47 T ############################### 46 G #################################### 45 T ####################################### 44 A ######################################### 43 T ########################################################## 42 T ################################################################### 41 T #################################################################### 40 G ########################################################################################## 39 T ######################################################################################### 38 C ################################################################################################### 37 A ############################################################# 36 T ####################################################### 35 A ########################### 34 A ################ 33 T ########### 32 G ###### 31 A ### 30 C ### 29 T ## 28 C ## 27 C 26 T 25 G # 24 T 23 T 22 G 21 A 20 T 19 A 18 G 17 A 16 T 15 C 14 C 13 A 12 G Length from nick -161 A #### -160 A # -159 G ## -158 C ## -157 A # -156 G ## -155 C ## -154 A ## -153 C ## -152 T # -151 T # -150 T ## -149 A ## -148 A ## -147 A ## -146 C #### -145 T #### -144 G ## -143 T ### -142 C ### -141 G ### -140 C #### -139 T ### -138 T ### -137 G ### -136 G #### -135 T ### -134 C ##### -133 A #### -132 G ### -131 A #### -130 T ### -129 C ##### -128 T #### -127 G #### -126 C ###### -125 G #### -124 C ##### -123 C ##### -122 C ####### -121 G ##### -120 A ##### -119 A ##### -118 T ###### -117 A ###### -116 A ###### -115 G ####### -114 C ####### -113 C ####### -112 T ###### -111 C ######## -110 A ######## -109 A ####### -108 G ######### -107 C ########### -106 A ####### -105 G ######## -104 C ######### -103 A ######## -102 T ####### -101 A ####### -100 T ####### -99 T ####### -98 T ####### -97 G ######## -96 A ######## -95 T ######## -94 A ######## -93 G ######### -92 T ######### -91 C ############### -90 T ######### -89 G ####### -88 G ########## -87 C ################## -86 G ######### -85 T ########## -84 A ######## -83 A ######## -82 C ######### -81 C ######### -80 A ####### -79 T ####### -78 C ######### -77 A ###### -76 T ####### -75 C ############# -74 G ######## -73 A ####### -72 G ####### -71 A ######## -70 T ###### -69 C ######### -68 T ###### -67 G ###### -66 C ####### -65 C ###### -64 A ##### -63 C ####### -62 A ##### -61 T ###### -60 T ###### -59 A ###### -58 C ############ -57 G ###### -56 C ######### -55 T ##### -54 C ####### -53 C ######### -52 T ######### -51 G ###### -50 T ###### -49 C ######## -48 C ######### -47 G ###### -46 G ####### -45 C ######## -44 A ###### -43 A ###### -42 A ##### -41 G ###### -40 T ##### -39 T ###### -38 A ###### -37 C ###### -36 C ###### -35 T ##### -34 C ######## -33 T ###### -32 G ####### -31 C ######## -30 C ######### -29 G ####### -28 A ###### -27 A ####### -26 G ######## -25 T ######## -24 T ######## -23 G ######### -22 A ####### -21 G ########## -20 T ########### -19 A ########### -18 T ############## -17 T ################ -16 T ################# -15 T ################### -14 T ################## -13 G ########################## -12 C ################################# -11 T ############################### -10 G #################################### -9 T ####################################### -8 A ######################################### -7 T ########################################################## -6 T ################################################################### -5 T #################################################################### -4 G ########################################################################################## -3 T ######################################################################################### -2 C ################################################################################################### -1 A ############################################################# 1 T ####################################################### 2 A ########################### 3 A ################ 4 T ########### 5 G ###### 6 A ### 7 C ### 8 T ## 9 C ## 10 C 11 T 12 G # 13 T 14 T 15 G 16 A 17 T 18 A 19 G 20 A 21 T 22 C 23 C 24 A 25 G Name of gel and number of scan = No52a def.129 - 6% gel - 1h nickase Name of sequence = pUC9G - Fragment-258-DdeI Number of lanes = 5 Lane for analysis = 4 Number of analysing nucleotide = 186 First analysing nucleotide = 125 3'-nucleotide before nik = 285 5'-TTCTGACGAGTTCTAACTTGGCTTCATTGCACCGTTTGACAGGTAACTTTGTAATCTCGCTAAGTTGAGAATCGGTGATTCTGTCCATTGGTTTATTCCACCCATAGGTTTTACGCAGAATGGCAAGCAGCACTTTAAACTGTCGCTTGGTCAGATCTGCGCCCGAATAAGCCTCAAGCAGCATATTTGATAGTCTGGCGTAACCATCATCGAGATCTGCCACATTACGCTCCTGTCCGGCAAAGTTACCTCTGCCGAAGTTGAGTATTTTTGCTGTATTTGTCATAATGACTCCTGTTGATAGATCCAGTAATGACCTCA0 Length of fragment = 321 P(K)=P(K)/100 125 A 2321 126 A 1329 127 G 1804 128 C 1598 129 A 1395 130 G 1507 131 C 1301 132 A 1466 133 C 1473 134 T 1438 135 T 1404 136 T 1633 137 A 1734 138 A 1871 139 A 2192 140 C 1996 141 T 1799 142 G 1760 143 T 2033 144 C 2867 145 G 2428 146 C 3091 147 T 2920 148 T 2531 149 G 2150 150 G 2700 151 T 2559 152 C 3862 153 A 2782 154 G 2800 155 A 3154 156 T 2853 157 C 3667 158 T 2998 159 G 2885 160 C 4421 161 G 3372 162 C 4107 163 C 4351 164 C 5217 165 G 4084 166 A 4185 167 A 4333 168 T 4784 169 A 4664 170 A 4499 171 G 5003 172 C 5732 173 C 5216 174 T 4821 175 C 6452 176 A 5764 177 A 5697 178 G 6856 179 C 7921 180 A 5506 181 G 6336 182 C 6836 183 A 5725 184 T 5745 185 A 5361 186 T 5089 187 T 5422 188 T 5402 189 G 5963 190 A 6219 191 T 6643 192 A 6150 193 G 6530 194 T 7112 195 C 10766 196 T 7028 197 G 5134 198 G 7240 199 C 13590 200 G 6383 201 T 7702 202 A 5733 203 A 5469 204 C 6931 205 C 6577 206 A 4869 207 T 5068 208 C 6157 209 A 4230 210 T 5310 211 C 9088 212 G 5733 213 A 4810 214 G 5174 215 A 5678 216 T 4760 217 C 6596 218 T 4318 219 G 4071 220 C 4842 221 C 4435 222 A 3812 223 C 5072 224 A 3818 225 T 4351 226 T 3958 227 A 4157 228 C 8047 229 G 4075 230 C 5871 231 T 3590 232 C 4624 233 C 5917 234 T 5349 235 G 3429 236 T 3814 237 C 4843 238 C 5643 239 G 3403 240 G 4044 241 C 5214 242 A 3694 243 A 3284 244 A 2750 245 G 3151 246 T 2839 247 T 3293 248 A 3244 249 C 3033 250 C 3343 251 T 2752 252 C 4024 253 T 3193 254 G 3424 255 C 3747 256 C 4427 257 G 3262 258 A 2999 259 A 2996 260 G 3454 261 T 3453 262 T 3333 263 G 3593 264 A 3158 265 G 4261 266 T 4497 267 A 4709 268 T 5413 269 T 5748 270 T 6790 271 T 7883 272 T 7740 273 G 11136 274 C 14207 275 T 13098 276 G 15882 277 T 18749 278 A 20670 279 T 28562 280 T 33765 281 T 35441 282 G 47825 283 T 48159 284 C 54801 285 A 36622 286 T 32411 287 A 15858 288 A 8953 289 T 5896 290 G 3582 291 A 1994 292 C 1887 293 T 1347 294 C 1230 295 C 374 296 T 478 297 G 710 298 T 525 299 T 447 300 G 488 301 A 414 302 T 378 303 A 362 304 G 304 305 A 290 306 T 263 307 C 241 308 C 208 309 A 217 310 G 227 MAX = 54801 MIN = 208 Length from 5'-end 125 A ### 126 A ## 127 G ## 128 C ## 129 A ## 130 G ## 131 C # 132 A ## 133 C ## 134 T ## 135 T ## 136 T ## 137 A ## 138 A ### 139 A ### 140 C ### 141 T ## 142 G ## 143 T ### 144 C #### 145 G #### 146 C ##### 147 T #### 148 T #### 149 G ### 150 G #### 151 T #### 152 C ###### 153 A #### 154 G #### 155 A ##### 156 T #### 157 C ###### 158 T ##### 159 G #### 160 C ####### 161 G ##### 162 C ####### 163 C ####### 164 C ######### 165 G ####### 166 A ####### 167 A ####### 168 T ######## 169 A ######## 170 A ####### 171 G ######## 172 C ########## 173 C ######### 174 T ######## 175 C ########### 176 A ########## 177 A ########## 178 G ############ 179 C ############## 180 A ######### 181 G ########### 182 C ############ 183 A ########## 184 T ########## 185 A ######### 186 T ######## 187 T ######### 188 T ######### 189 G ########## 190 A ########## 191 T ########### 192 A ########## 193 G ########### 194 T ############ 195 C ################### 196 T ############ 197 G ######## 198 G ############ 199 C ######################## 200 G ########### 201 T ############# 202 A ########## 203 A ######### 204 C ############ 205 C ########### 206 A ######## 207 T ######## 208 C ########## 209 A ####### 210 T ######### 211 C ################ 212 G ########## 213 A ######## 214 G ######### 215 A ######### 216 T ######## 217 C ########### 218 T ####### 219 G ####### 220 C ######## 221 C ####### 222 A ###### 223 C ######## 224 A ###### 225 T ####### 226 T ###### 227 A ####### 228 C ############## 229 G ####### 230 C ########## 231 T ###### 232 C ######## 233 C ########## 234 T ######### 235 G ##### 236 T ###### 237 C ######## 238 C ######### 239 G ##### 240 G ###### 241 C ######### 242 A ###### 243 A ##### 244 A #### 245 G ##### 246 T #### 247 T ##### 248 A ##### 249 C ##### 250 C ##### 251 T #### 252 C ###### 253 T ##### 254 G ##### 255 C ###### 256 C ####### 257 G ##### 258 A ##### 259 A ##### 260 G ##### 261 T ##### 262 T ##### 263 G ###### 264 A ##### 265 G ####### 266 T ####### 267 A ######## 268 T ######### 269 T ########## 270 T ############ 271 T ############## 272 T ############# 273 G ################### 274 C ######################### 275 T ####################### 276 G ############################ 277 T ################################# 278 A ##################################### 279 T ################################################### 280 T ############################################################# 281 T ################################################################ 282 G ###################################################################################### 283 T ####################################################################################### 284 C ################################################################################################### 285 A ################################################################## 286 T ########################################################## 287 A ############################ 288 A ############### 289 T ########## 290 G ###### 291 A ### 292 C ### 293 T ## 294 C # 295 C 296 T 297 G 298 T 299 T 300 G 301 A 302 T 303 A 304 G 305 A 306 T 307 C 308 C 309 A 310 G Length from 3'-end 197 A ### 196 A ## 195 G ## 194 C ## 193 A ## 192 G ## 191 C # 190 A ## 189 C ## 188 T ## 187 T ## 186 T ## 185 A ## 184 A ### 183 A ### 182 C ### 181 T ## 180 G ## 179 T ### 178 C #### 177 G #### 176 C ##### 175 T #### 174 T #### 173 G ### 172 G #### 171 T #### 170 C ###### 169 A #### 168 G #### 167 A ##### 166 T #### 165 C ###### 164 T ##### 163 G #### 162 C ####### 161 G ##### 160 C ####### 159 C ####### 158 C ######### 157 G ####### 156 A ####### 155 A ####### 154 T ######## 153 A ######## 152 A ####### 151 G ######## 150 C ########## 149 C ######### 148 T ######## 147 C ########### 146 A ########## 145 A ########## 144 G ############ 143 C ############## 142 A ######### 141 G ########### 140 C ############ 139 A ########## 138 T ########## 137 A ######### 136 T ######## 135 T ######### 134 T ######### 133 G ########## 132 A ########## 131 T ########### 130 A ########## 129 G ########### 128 T ############ 127 C ################### 126 T ############ 125 G ######## 124 G ############ 123 C ######################## 122 G ########### 121 T ############# 120 A ########## 119 A ######### 118 C ############ 117 C ########### 116 A ######## 115 T ######## 114 C ########## 113 A ####### 112 T ######### 111 C ################ 110 G ########## 109 A ######## 108 G ######### 107 A ######### 106 T ######## 105 C ########### 104 T ####### 103 G ####### 102 C ######## 101 C ####### 100 A ###### 99 C ######## 98 A ###### 97 T ####### 96 T ###### 95 A ####### 94 C ############## 93 G ####### 92 C ########## 91 T ###### 90 C ######## 89 C ########## 88 T ######### 87 G ##### 86 T ###### 85 C ######## 84 C ######### 83 G ##### 82 G ###### 81 C ######### 80 A ###### 79 A ##### 78 A #### 77 G ##### 76 T #### 75 T ##### 74 A ##### 73 C ##### 72 C ##### 71 T #### 70 C ###### 69 T ##### 68 G ##### 67 C ###### 66 C ####### 65 G ##### 64 A ##### 63 A ##### 62 G ##### 61 T ##### 60 T ##### 59 G ###### 58 A ##### 57 G ####### 56 T ####### 55 A ######## 54 T ######### 53 T ########## 52 T ############ 51 T ############## 50 T ############# 49 G ################### 48 C ######################### 47 T ####################### 46 G ############################ 45 T ################################# 44 A ##################################### 43 T ################################################### 42 T ############################################################# 41 T ################################################################ 40 G ###################################################################################### 39 T ####################################################################################### 38 C ################################################################################################### 37 A ################################################################## 36 T ########################################################## 35 A ############################ 34 A ############### 33 T ########## 32 G ###### 31 A ### 30 C ### 29 T ## 28 C # 27 C 26 T 25 G 24 T 23 T 22 G 21 A 20 T 19 A 18 G 17 A 16 T 15 C 14 C 13 A 12 G Length from nick -161 A ### -160 A ## -159 G ## -158 C ## -157 A ## -156 G ## -155 C # -154 A ## -153 C ## -152 T ## -151 T ## -150 T ## -149 A ## -148 A ### -147 A ### -146 C ### -145 T ## -144 G ## -143 T ### -142 C #### -141 G #### -140 C ##### -139 T #### -138 T #### -137 G ### -136 G #### -135 T #### -134 C ###### -133 A #### -132 G #### -131 A ##### -130 T #### -129 C ###### -128 T ##### -127 G #### -126 C ####### -125 G ##### -124 C ####### -123 C ####### -122 C ######### -121 G ####### -120 A ####### -119 A ####### -118 T ######## -117 A ######## -116 A ####### -115 G ######## -114 C ########## -113 C ######### -112 T ######## -111 C ########### -110 A ########## -109 A ########## -108 G ############ -107 C ############## -106 A ######### -105 G ########### -104 C ############ -103 A ########## -102 T ########## -101 A ######### -100 T ######## -99 T ######### -98 T ######### -97 G ########## -96 A ########## -95 T ########### -94 A ########## -93 G ########### -92 T ############ -91 C ################### -90 T ############ -89 G ######## -88 G ############ -87 C ######################## -86 G ########### -85 T ############# -84 A ########## -83 A ######### -82 C ############ -81 C ########### -80 A ######## -79 T ######## -78 C ########## -77 A ####### -76 T ######### -75 C ################ -74 G ########## -73 A ######## -72 G ######### -71 A ######### -70 T ######## -69 C ########### -68 T ####### -67 G ####### -66 C ######## -65 C ####### -64 A ###### -63 C ######## -62 A ###### -61 T ####### -60 T ###### -59 A ####### -58 C ############## -57 G ####### -56 C ########## -55 T ###### -54 C ######## -53 C ########## -52 T ######### -51 G ##### -50 T ###### -49 C ######## -48 C ######### -47 G ##### -46 G ###### -45 C ######### -44 A ###### -43 A ##### -42 A #### -41 G ##### -40 T #### -39 T ##### -38 A ##### -37 C ##### -36 C ##### -35 T #### -34 C ###### -33 T ##### -32 G ##### -31 C ###### -30 C ####### -29 G ##### -28 A ##### -27 A ##### -26 G ##### -25 T ##### -24 T ##### -23 G ###### -22 A ##### -21 G ####### -20 T ####### -19 A ######## -18 T ######### -17 T ########## -16 T ############ -15 T ############## -14 T ############# -13 G ################### -12 C ######################### -11 T ####################### -10 G ############################ -9 T ################################# -8 A ##################################### -7 T ################################################### -6 T ############################################################# -5 T ################################################################ -4 G ###################################################################################### -3 T ####################################################################################### -2 C ################################################################################################### -1 A ################################################################## 1 T ########################################################## 2 A ############################ 3 A ############### 4 T ########## 5 G ###### 6 A ### 7 C ### 8 T ## 9 C # 10 C 11 T 12 G 13 T 14 T 15 G 16 A 17 T 18 A 19 G 20 A 21 T 22 C 23 C 24 A 25 G Name of gel and number of scan = No54 def.136 Name of sequence = Clon No1250 Number of lanes = 13 Lane for analysis = 8 Number of analysing nucleotide = 163 First analysing nucleotide = 115 3'-nucleotide before nik = 204 5'-GCCATTCAGGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGCTATTACGCCAGCTGGCGAAAGGGGGATGTGCTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTGGGCCCGACGTCGCATGCTCCTCTAGACTCGAGGAATTCGGTACCCCCGTATCACCGGCGGTGATACGAATTCGTATCCCTTCGGTGATACGCTAGGGGTTCGCGTATCACCGCCGGTGATACGCGAAATC0 Length of fragment = 314 P(K)=P(K)/100 115 G 18906 116 T 8708 117 T 9611 118 T 7855 119 T 8708 120 C 9648 121 C 10245 122 C 10310 123 A 8746 124 G 9984 125 T 9934 126 C 10470 127 A 10703 128 C 10970 129 G 11415 130 A 10584 131 C 10917 132 G 20016 133 T 9462 134 T 11954 135 G 12585 136 T 12772 137 A 12763 138 A 12734 139 A 14517 140 A 15465 141 C 20097 142 G 19709 143 A 20276 144 C 23653 145 G 24931 146 G 31755 147 C 34272 148 C 36784 149 A 39168 150 G 44732 151 T 46369 152 G 59565 153 A 66246 154 A 93425 155 T 123804 156 T 120395 157 G 157170 158 T 157754 159 A 163117 160 A 175116 161 T 173468 162 A 172770 163 C 156310 164 G 123379 165 A 93710 166 C 93991 167 T 73247 168 C 66094 169 A 51360 170 C 42023 171 T 38892 172 A 32617 173 T 33166 174 A 35808 175 G 40756 176 G 45638 177 G 2372 178 C 14878 179 G 28478 180 A 47076 181 A 40274 182 T 28289 183 T 36259 184 G 40552 185 G 18333 186 G 24386 187 C 21236 188 C 19506 189 C 20550 190 G 21401 191 A 27330 192 C 30315 193 G 27794 194 T 26285 195 C 25542 196 G 36231 197 C 34183 198 A 43536 199 T 46215 200 G 84709 201 C 88550 202 T 90675 203 C 113791 204 C 113910 205 T 141609 206 C 153171 207 T 125592 208 A 114199 209 G 105969 210 A 80785 211 C 66207 212 T 47320 213 C 40043 214 G 36851 215 A 28990 216 G 30990 217 G 23075 218 A 18328 219 A 17965 220 T 16479 221 T 15838 222 C 15381 223 G 16568 224 G 16906 225 T 15041 226 A 17292 227 C 15120 228 C 14149 229 C 14212 230 C 14333 231 C 13254 232 G 15057 233 T 13899 234 A 13002 235 T 14996 236 C 12634 237 A 13670 238 C 13001 239 C 12997 240 G 14712 241 G 15410 242 C 14137 243 G 14583 244 G 16522 245 T 13632 246 G 15711 247 A 14173 248 T 14140 249 A 16382 250 C 14663 251 G 15140 252 A 13268 253 A 13537 254 T 14243 255 T 13936 256 C 16578 257 G 15427 258 T 13919 259 A 14897 260 T 14748 261 C 14465 262 C 14127 263 C 14713 264 T 14369 265 T 15005 266 C 14706 267 G 13909 268 G 15689 269 T 12402 270 G 14687 271 A 11361 272 T 11760 273 A 12175 274 C 12343 275 G 12460 276 C 11269 277 T 12005 MAX = 175116 MIN = 2372 Length from 5'-end 115 G ######### 116 T ### 117 T #### 118 T ### 119 T ### 120 C #### 121 C #### 122 C #### 123 A ### 124 G #### 125 T #### 126 C #### 127 A #### 128 C #### 129 G ##### 130 A #### 131 C #### 132 G ########## 133 T #### 134 T ##### 135 G ##### 136 T ##### 137 A ##### 138 A ##### 139 A ###### 140 A ####### 141 C ########## 142 G ######### 143 A ########## 144 C ############ 145 G ############ 146 G ################ 147 C ################## 148 C ################### 149 A ##################### 150 G ######################## 151 T ######################### 152 G ################################ 153 A #################################### 154 A ################################################### 155 T ##################################################################### 156 T ################################################################### 157 G ######################################################################################## 158 T ######################################################################################## 159 A ########################################################################################### 160 A ################################################################################################## 161 T ################################################################################################# 162 A ################################################################################################# 163 C ####################################################################################### 164 G ##################################################################### 165 A #################################################### 166 C #################################################### 167 T ######################################## 168 C #################################### 169 A ########################### 170 C ###################### 171 T #################### 172 A ################# 173 T ################# 174 A ################### 175 G ##################### 176 G ######################## 177 G 178 C ####### 179 G ############## 180 A ######################### 181 A ##################### 182 T ############## 183 T ################### 184 G ##################### 185 G ######### 186 G ############ 187 C ########## 188 C ######### 189 C ########## 190 G ########## 191 A ############## 192 C ############### 193 G ############## 194 T ############# 195 C ############# 196 G ################### 197 C ################## 198 A ####################### 199 T ######################### 200 G ############################################### 201 C ################################################# 202 T ################################################## 203 C ############################################################### 204 C ############################################################### 205 T ############################################################################### 206 C ###################################################################################### 207 T ###################################################################### 208 A ############################################################### 209 G ########################################################### 210 A ############################################ 211 C #################################### 212 T ######################### 213 C ##################### 214 G ################### 215 A ############### 216 G ################ 217 G ########### 218 A ######### 219 A ######## 220 T ######## 221 T ####### 222 C ####### 223 G ######## 224 G ######## 225 T ####### 226 A ######## 227 C ####### 228 C ###### 229 C ###### 230 C ###### 231 C ###### 232 G ####### 233 T ###### 234 A ###### 235 T ####### 236 C ##### 237 A ###### 238 C ###### 239 C ###### 240 G ####### 241 G ####### 242 C ###### 243 G ###### 244 G ######## 245 T ###### 246 G ####### 247 A ###### 248 T ###### 249 A ######## 250 C ####### 251 G ####### 252 A ###### 253 A ###### 254 T ###### 255 T ###### 256 C ######## 257 G ####### 258 T ###### 259 A ####### 260 T ####### 261 C ###### 262 C ###### 263 C ####### 264 T ###### 265 T ####### 266 C ####### 267 G ###### 268 G ####### 269 T ##### 270 G ####### 271 A ##### 272 T ##### 273 A ##### 274 C ##### 275 G ##### 276 C ##### 277 T ##### Length from 3'-end 200 G ######### 199 T ### 198 T #### 197 T ### 196 T ### 195 C #### 194 C #### 193 C #### 192 A ### 191 G #### 190 T #### 189 C #### 188 A #### 187 C #### 186 G ##### 185 A #### 184 C #### 183 G ########## 182 T #### 181 T ##### 180 G ##### 179 T ##### 178 A ##### 177 A ##### 176 A ###### 175 A ####### 174 C ########## 173 G ######### 172 A ########## 171 C ############ 170 G ############ 169 G ################ 168 C ################## 167 C ################### 166 A ##################### 165 G ######################## 164 T ######################### 163 G ################################ 162 A #################################### 161 A ################################################### 160 T ##################################################################### 159 T ################################################################### 158 G ######################################################################################## 157 T ######################################################################################## 156 A ########################################################################################### 155 A ################################################################################################## 154 T ################################################################################################# 153 A ################################################################################################# 152 C ####################################################################################### 151 G ##################################################################### 150 A #################################################### 149 C #################################################### 148 T ######################################## 147 C #################################### 146 A ########################### 145 C ###################### 144 T #################### 143 A ################# 142 T ################# 141 A ################### 140 G ##################### 139 G ######################## 138 G 137 C ####### 136 G ############## 135 A ######################### 134 A ##################### 133 T ############## 132 T ################### 131 G ##################### 130 G ######### 129 G ############ 128 C ########## 127 C ######### 126 C ########## 125 G ########## 124 A ############## 123 C ############### 122 G ############## 121 T ############# 120 C ############# 119 G ################### 118 C ################## 117 A ####################### 116 T ######################### 115 G ############################################### 114 C ################################################# 113 T ################################################## 112 C ############################################################### 111 C ############################################################### 110 T ############################################################################### 109 C ###################################################################################### 108 T ###################################################################### 107 A ############################################################### 106 G ########################################################### 105 A ############################################ 104 C #################################### 103 T ######################### 102 C ##################### 101 G ################### 100 A ############### 99 G ################ 98 G ########### 97 A ######### 96 A ######## 95 T ######## 94 T ####### 93 C ####### 92 G ######## 91 G ######## 90 T ####### 89 A ######## 88 C ####### 87 C ###### 86 C ###### 85 C ###### 84 C ###### 83 G ####### 82 T ###### 81 A ###### 80 T ####### 79 C ##### 78 A ###### 77 C ###### 76 C ###### 75 G ####### 74 G ####### 73 C ###### 72 G ###### 71 G ######## 70 T ###### 69 G ####### 68 A ###### 67 T ###### 66 A ######## 65 C ####### 64 G ####### 63 A ###### 62 A ###### 61 T ###### 60 T ###### 59 C ######## 58 G ####### 57 T ###### 56 A ####### 55 T ####### 54 C ###### 53 C ###### 52 C ####### 51 T ###### 50 T ####### 49 C ####### 48 G ###### 47 G ####### 46 T ##### 45 G ####### 44 A ##### 43 T ##### 42 A ##### 41 C ##### 40 G ##### 39 C ##### 38 T ##### Length from nick -90 G ######### -89 T ### -88 T #### -87 T ### -86 T ### -85 C #### -84 C #### -83 C #### -82 A ### -81 G #### -80 T #### -79 C #### -78 A #### -77 C #### -76 G ##### -75 A #### -74 C #### -73 G ########## -72 T #### -71 T ##### -70 G ##### -69 T ##### -68 A ##### -67 A ##### -66 A ###### -65 A ####### -64 C ########## -63 G ######### -62 A ########## -61 C ############ -60 G ############ -59 G ################ -58 C ################## -57 C ################### -56 A ##################### -55 G ######################## -54 T ######################### -53 G ################################ -52 A #################################### -51 A ################################################### -50 T ##################################################################### -49 T ################################################################### -48 G ######################################################################################## -47 T ######################################################################################## -46 A ########################################################################################### -45 A ################################################################################################## -44 T ################################################################################################# -43 A ################################################################################################# -42 C ####################################################################################### -41 G ##################################################################### -40 A #################################################### -39 C #################################################### -38 T ######################################## -37 C #################################### -36 A ########################### -35 C ###################### -34 T #################### -33 A ################# -32 T ################# -31 A ################### -30 G ##################### -29 G ######################## -28 G -27 C ####### -26 G ############## -25 A ######################### -24 A ##################### -23 T ############## -22 T ################### -21 G ##################### -20 G ######### -19 G ############ -18 C ########## -17 C ######### -16 C ########## -15 G ########## -14 A ############## -13 C ############### -12 G ############## -11 T ############# -10 C ############# -9 G ################### -8 C ################## -7 A ####################### -6 T ######################### -5 G ############################################### -4 C ################################################# -3 T ################################################## -2 C ############################################################### -1 C ############################################################### 1 T ############################################################################### 2 C ###################################################################################### 3 T ###################################################################### 4 A ############################################################### 5 G ########################################################### 6 A ############################################ 7 C #################################### 8 T ######################### 9 C ##################### 10 G ################### 11 A ############### 12 G ################ 13 G ########### 14 A ######### 15 A ######## 16 T ######## 17 T ####### 18 C ####### 19 G ######## 20 G ######## 21 T ####### 22 A ######## 23 C ####### 24 C ###### 25 C ###### 26 C ###### 27 C ###### 28 G ####### 29 T ###### 30 A ###### 31 T ####### 32 C ##### 33 A ###### 34 C ###### 35 C ###### 36 G ####### 37 G ####### 38 C ###### 39 G ###### 40 G ######## 41 T ###### 42 G ####### 43 A ###### 44 T ###### 45 A ######## 46 C ####### 47 G ####### 48 A ###### 49 A ###### 50 T ###### 51 T ###### 52 C ######## 53 G ####### 54 T ###### 55 A ####### 56 T ####### 57 C ###### 58 C ###### 59 C ####### 60 T ###### 61 T ####### 62 C ####### 63 G ###### 64 G ####### 65 T ##### 66 G ####### 67 A ##### 68 T ##### 69 A ##### 70 C ##### 71 G ##### 72 C ##### 73 T ##### Name of gel and number of scan = No54 def.136 Name of sequence = Clon No 1250 Number of lanes = 13 Lane for analysis = 8 Number of analysing nucleotide = 163 First analysing nucleotide = 115 3'-nucleotide before nik = 159 5'-GCCATTCAGGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGCTATTACGCCAGCTGGCGAAAGGGGGATGTGCTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTGGGCCCGACGTCGCATGCTCCTCTAGACTCGAGGAATTCGGTACCCCCGTATCACCGGCGGTGATACGAATTCGTATCCCTTCGGTGATACGCTAGGGGTTCGCGTATCACCGCCGGTGATACGCGAAATC0 Length of fragment = 314 P(K)=P(K)/100 115 G 18906 116 T 8708 117 T 9611 118 T 7855 119 T 8708 120 C 9648 121 C 10245 122 C 10310 123 A 8746 124 G 9984 125 T 9934 126 C 10470 127 A 10703 128 C 10970 129 G 11415 130 A 10584 131 C 10917 132 G 20016 133 T 9462 134 T 11954 135 G 12585 136 T 12772 137 A 12763 138 A 12734 139 A 14517 140 A 15465 141 C 20097 142 G 19709 143 A 20276 144 C 23653 145 G 24931 146 G 31755 147 C 34272 148 C 36784 149 A 39168 150 G 44732 151 T 46369 152 G 59565 153 A 66246 154 A 93425 155 T 123804 156 T 120395 157 G 157170 158 T 157754 159 A 163117 160 A 175116 161 T 173468 162 A 172770 163 C 156310 164 G 123379 165 A 93710 166 C 93991 167 T 73247 168 C 66094 169 A 51360 170 C 42023 171 T 38892 172 A 32617 173 T 33166 174 A 35808 175 G 40756 176 G 45638 177 G 2372 178 C 14878 179 G 28478 180 A 47076 181 A 40274 182 T 28289 183 T 36259 184 G 40552 185 G 18333 186 G 24386 187 C 21236 188 C 19506 189 C 20550 190 G 21401 191 A 27330 192 C 30315 193 G 27794 194 T 26285 195 C 25542 196 G 36231 197 C 34183 198 A 43536 199 T 46215 200 G 84709 201 C 88550 202 T 90675 203 C 113791 204 C 113910 205 T 141609 206 C 153171 207 T 125592 208 A 114199 209 G 105969 210 A 80785 211 C 66207 212 T 47320 213 C 40043 214 G 36851 215 A 28990 216 G 30990 217 G 23075 218 A 18328 219 A 17965 220 T 16479 221 T 15838 222 C 15381 223 G 16568 224 G 16906 225 T 15041 226 A 17292 227 C 15120 228 C 14149 229 C 14212 230 C 14333 231 C 13254 232 G 15057 233 T 13899 234 A 13002 235 T 14996 236 C 12634 237 A 13670 238 C 13001 239 C 12997 240 G 14712 241 G 15410 242 C 14137 243 G 14583 244 G 16522 245 T 13632 246 G 15711 247 A 14173 248 T 14140 249 A 16382 250 C 14663 251 G 15140 252 A 13268 253 A 13537 254 T 14243 255 T 13936 256 C 16578 257 G 15427 258 T 13919 259 A 14897 260 T 14748 261 C 14465 262 C 14127 263 C 14713 264 T 14369 265 T 15005 266 C 14706 267 G 13909 268 G 15689 269 T 12402 270 G 14687 271 A 11361 272 T 11760 273 A 12175 274 C 12343 275 G 12460 276 C 11269 277 T 12005 MAX = 175116 MIN = 2372 Length from 5'-end 115 G ######### 116 T ### 117 T #### 118 T ### 119 T ### 120 C #### 121 C #### 122 C #### 123 A ### 124 G #### 125 T #### 126 C #### 127 A #### 128 C #### 129 G ##### 130 A #### 131 C #### 132 G ########## 133 T #### 134 T ##### 135 G ##### 136 T ##### 137 A ##### 138 A ##### 139 A ###### 140 A ####### 141 C ########## 142 G ######### 143 A ########## 144 C ############ 145 G ############ 146 G ################ 147 C ################## 148 C ################### 149 A ##################### 150 G ######################## 151 T ######################### 152 G ################################ 153 A #################################### 154 A ################################################### 155 T ##################################################################### 156 T ################################################################### 157 G ######################################################################################## 158 T ######################################################################################## 159 A ########################################################################################### 160 A ################################################################################################## 161 T ################################################################################################# 162 A ################################################################################################# 163 C ####################################################################################### 164 G ##################################################################### 165 A #################################################### 166 C #################################################### 167 T ######################################## 168 C #################################### 169 A ########################### 170 C ###################### 171 T #################### 172 A ################# 173 T ################# 174 A ################### 175 G ##################### 176 G ######################## 177 G 178 C ####### 179 G ############## 180 A ######################### 181 A ##################### 182 T ############## 183 T ################### 184 G ##################### 185 G ######### 186 G ############ 187 C ########## 188 C ######### 189 C ########## 190 G ########## 191 A ############## 192 C ############### 193 G ############## 194 T ############# 195 C ############# 196 G ################### 197 C ################## 198 A ####################### 199 T ######################### 200 G ############################################### 201 C ################################################# 202 T ################################################## 203 C ############################################################### 204 C ############################################################### 205 T ############################################################################### 206 C ###################################################################################### 207 T ###################################################################### 208 A ############################################################### 209 G ########################################################### 210 A ############################################ 211 C #################################### 212 T ######################### 213 C ##################### 214 G ################### 215 A ############### 216 G ################ 217 G ########### 218 A ######### 219 A ######## 220 T ######## 221 T ####### 222 C ####### 223 G ######## 224 G ######## 225 T ####### 226 A ######## 227 C ####### 228 C ###### 229 C ###### 230 C ###### 231 C ###### 232 G ####### 233 T ###### 234 A ###### 235 T ####### 236 C ##### 237 A ###### 238 C ###### 239 C ###### 240 G ####### 241 G ####### 242 C ###### 243 G ###### 244 G ######## 245 T ###### 246 G ####### 247 A ###### 248 T ###### 249 A ######## 250 C ####### 251 G ####### 252 A ###### 253 A ###### 254 T ###### 255 T ###### 256 C ######## 257 G ####### 258 T ###### 259 A ####### 260 T ####### 261 C ###### 262 C ###### 263 C ####### 264 T ###### 265 T ####### 266 C ####### 267 G ###### 268 G ####### 269 T ##### 270 G ####### 271 A ##### 272 T ##### 273 A ##### 274 C ##### 275 G ##### 276 C ##### 277 T ##### Length from 3'-end 200 G ######### 199 T ### 198 T #### 197 T ### 196 T ### 195 C #### 194 C #### 193 C #### 192 A ### 191 G #### 190 T #### 189 C #### 188 A #### 187 C #### 186 G ##### 185 A #### 184 C #### 183 G ########## 182 T #### 181 T ##### 180 G ##### 179 T ##### 178 A ##### 177 A ##### 176 A ###### 175 A ####### 174 C ########## 173 G ######### 172 A ########## 171 C ############ 170 G ############ 169 G ################ 168 C ################## 167 C ################### 166 A ##################### 165 G ######################## 164 T ######################### 163 G ################################ 162 A #################################### 161 A ################################################### 160 T ##################################################################### 159 T ################################################################### 158 G ######################################################################################## 157 T ######################################################################################## 156 A ########################################################################################### 155 A ################################################################################################## 154 T ################################################################################################# 153 A ################################################################################################# 152 C ####################################################################################### 151 G ##################################################################### 150 A #################################################### 149 C #################################################### 148 T ######################################## 147 C #################################### 146 A ########################### 145 C ###################### 144 T #################### 143 A ################# 142 T ################# 141 A ################### 140 G ##################### 139 G ######################## 138 G 137 C ####### 136 G ############## 135 A ######################### 134 A ##################### 133 T ############## 132 T ################### 131 G ##################### 130 G ######### 129 G ############ 128 C ########## 127 C ######### 126 C ########## 125 G ########## 124 A ############## 123 C ############### 122 G ############## 121 T ############# 120 C ############# 119 G ################### 118 C ################## 117 A ####################### 116 T ######################### 115 G ############################################### 114 C ################################################# 113 T ################################################## 112 C ############################################################### 111 C ############################################################### 110 T ############################################################################### 109 C ###################################################################################### 108 T ###################################################################### 107 A ############################################################### 106 G ########################################################### 105 A ############################################ 104 C #################################### 103 T ######################### 102 C ##################### 101 G ################### 100 A ############### 99 G ################ 98 G ########### 97 A ######### 96 A ######## 95 T ######## 94 T ####### 93 C ####### 92 G ######## 91 G ######## 90 T ####### 89 A ######## 88 C ####### 87 C ###### 86 C ###### 85 C ###### 84 C ###### 83 G ####### 82 T ###### 81 A ###### 80 T ####### 79 C ##### 78 A ###### 77 C ###### 76 C ###### 75 G ####### 74 G ####### 73 C ###### 72 G ###### 71 G ######## 70 T ###### 69 G ####### 68 A ###### 67 T ###### 66 A ######## 65 C ####### 64 G ####### 63 A ###### 62 A ###### 61 T ###### 60 T ###### 59 C ######## 58 G ####### 57 T ###### 56 A ####### 55 T ####### 54 C ###### 53 C ###### 52 C ####### 51 T ###### 50 T ####### 49 C ####### 48 G ###### 47 G ####### 46 T ##### 45 G ####### 44 A ##### 43 T ##### 42 A ##### 41 C ##### 40 G ##### 39 C ##### 38 T ##### Length from nick -45 G ######### -44 T ### -43 T #### -42 T ### -41 T ### -40 C #### -39 C #### -38 C #### -37 A ### -36 G #### -35 T #### -34 C #### -33 A #### -32 C #### -31 G ##### -30 A #### -29 C #### -28 G ########## -27 T #### -26 T ##### -25 G ##### -24 T ##### -23 A ##### -22 A ##### -21 A ###### -20 A ####### -19 C ########## -18 G ######### -17 A ########## -16 C ############ -15 G ############ -14 G ################ -13 C ################## -12 C ################### -11 A ##################### -10 G ######################## -9 T ######################### -8 G ################################ -7 A #################################### -6 A ################################################### -5 T ##################################################################### -4 T ################################################################### -3 G ######################################################################################## -2 T ######################################################################################## -1 A ########################################################################################### 1 A ################################################################################################## 2 T ################################################################################################# 3 A ################################################################################################# 4 C ####################################################################################### 5 G ##################################################################### 6 A #################################################### 7 C #################################################### 8 T ######################################## 9 C #################################### 10 A ########################### 11 C ###################### 12 T #################### 13 A ################# 14 T ################# 15 A ################### 16 G ##################### 17 G ######################## 18 G 19 C ####### 20 G ############## 21 A ######################### 22 A ##################### 23 T ############## 24 T ################### 25 G ##################### 26 G ######### 27 G ############ 28 C ########## 29 C ######### 30 C ########## 31 G ########## 32 A ############## 33 C ############### 34 G ############## 35 T ############# 36 C ############# 37 G ################### 38 C ################## 39 A ####################### 40 T ######################### 41 G ############################################### 42 C ################################################# 43 T ################################################## 44 C ############################################################### 45 C ############################################################### 46 T ############################################################################### 47 C ###################################################################################### 48 T ###################################################################### 49 A ############################################################### 50 G ########################################################### 51 A ############################################ 52 C #################################### 53 T ######################### 54 C ##################### 55 G ################### 56 A ############### 57 G ################ 58 G ########### 59 A ######### 60 A ######## 61 T ######## 62 T ####### 63 C ####### 64 G ######## 65 G ######## 66 T ####### 67 A ######## 68 C ####### 69 C ###### 70 C ###### 71 C ###### 72 C ###### 73 G ####### 74 T ###### 75 A ###### 76 T ####### 77 C ##### 78 A ###### 79 C ###### 80 C ###### 81 G ####### 82 G ####### 83 C ###### 84 G ###### 85 G ######## 86 T ###### 87 G ####### 88 A ###### 89 T ###### 90 A ######## 91 C ####### 92 G ####### 93 A ###### 94 A ###### 95 T ###### 96 T ###### 97 C ######## 98 G ####### 99 T ###### 100 A ####### 101 T ####### 102 C ###### 103 C ###### 104 C ####### 105 T ###### 106 T ####### 107 C ####### 108 G ###### 109 G ####### 110 T ##### 111 G ####### 112 A ##### 113 T ##### 114 A ##### 115 C ##### 116 G ##### 117 C ##### 118 T ##### Name of gel and number of scan = No57 def.098 Name of sequence = Clon No 1647 Number of lanes = 15 Lane for analysis = 8 Number of analysing nucleotide = 209 First analysing nucleotide = 72 3'-nucleotide before nik = 196 5'-GGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGCTATTACGCCAGCTGGCGAAAGGGGGATGTGCTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTGGGCCCGACGTCGCATGCTCCTCTAGACTCGAGGAATTCGGTACCCCCGTATCACCGGCGGTGATACGAATTCGTATCCCTTCGGTGATACGCTAGGGGTTCGTATCACCGCCGGTGATACGCGAAATCGCGATAAGCTTGGATC0 Length of fragment = 320 P(K)=P(K)/100 72 T 379 73 G 18 74 T 1747 75 G 406 76 C 432 77 T 462 78 G 495 79 C 520 80 A 464 81 A 474 82 G 536 83 G 635 84 C 631 85 G 517 86 A 460 87 T 407 88 T 390 89 A 377 90 A 628 91 G 747 92 T 699 93 T 621 94 G 581 95 G 606 96 G 640 97 T 650 98 A 668 99 A 650 100 C 740 101 G 644 102 C 531 103 C 597 104 A 680 105 G 778 106 G 832 107 G 735 108 T 702 109 T 616 110 T 641 111 T 676 112 C 693 113 C 688 114 C 712 115 A 834 116 G 827 117 T 837 118 C 785 119 A 754 120 C 728 121 G 508 122 A 189 123 C 436 124 G 872 125 T 650 126 T 2210 127 G 6945 128 T 692 129 A 907 130 A 1530 131 A 1278 132 A 1240 133 C 1387 134 G 2319 135 A 1560 136 C 1813 137 G 2423 138 G 3256 139 C 2391 140 C 2901 141 A 3616 142 G 4310 143 T 4312 144 G 6654 145 A 7409 146 A 9645 147 T 12052 148 T 13296 149 G 16038 150 T 19430 151 A 20872 152 A 20015 153 T 21039 154 A 22223 155 C 20176 156 G 14524 157 A 12279 158 C 11937 159 T 9398 160 C 9002 161 A 8060 162 C 7854 163 T 5575 164 A 3806 165 T 3707 166 A 3439 167 G 3004 168 G 1974 169 G 2286 170 C 2092 171 G 2239 172 A 1706 173 A 1839 174 T 1930 175 T 1629 176 G 1932 177 G 1968 178 G 2006 179 C 1886 180 C 1860 181 C 2041 182 G 2471 183 A 2626 184 C 2958 185 G 3294 186 T 3620 187 C 3819 188 G 6257 189 C 6109 190 A 7176 191 T 8526 192 G 16050 193 C 18963 194 T 18417 195 C 25755 196 C 23735 197 T 35565 198 C 35770 199 T 29241 200 A 28933 201 G 28841 202 A 21310 203 C 15644 204 T 11221 205 C 10095 206 G 8441 207 A 4929 208 G 4569 209 G 3705 210 A 2557 211 A 2195 212 T 1652 213 T 1369 214 C 1496 215 G 1949 216 G 1943 217 T 1267 218 A 1609 219 C 1373 220 C 1508 221 C 1450 222 C 1289 223 C 1229 224 G 1787 225 T 1174 226 A 1447 227 T 1202 228 C 1202 229 A 1504 230 C 1285 231 C 1384 232 G 1721 233 G 1814 234 C 1516 235 G 1934 236 G 1794 237 T 1381 238 G 1969 239 A 1626 240 T 1424 241 A 1835 242 C 1556 243 G 1960 244 A 1583 245 A 1667 246 T 1455 247 T 1490 248 C 1826 249 G 2175 250 T 1792 251 A 1960 252 T 1839 253 C 1900 254 C 1985 255 C 2217 256 T 2084 257 T 2136 258 C 2415 259 G 2540 260 G 2495 261 T 2086 262 G 2550 263 A 2151 264 T 2057 265 A 2298 266 C 2545 267 G 2566 268 C 2277 269 T 2018 270 A 2029 271 G 2165 272 G 2073 273 G 2165 274 G 2192 275 T 1747 276 T 1014 277 C 1406 278 G 3348 279 T 1824 280 A 2429 MAX = 35770 MIN = 18 Length from 5'-end 72 T # 73 G 74 T #### 75 G # 76 C # 77 T # 78 G # 79 C # 80 A # 81 A # 82 G # 83 G # 84 C # 85 G # 86 A # 87 T # 88 T # 89 A # 90 A # 91 G ## 92 T # 93 T # 94 G # 95 G # 96 G # 97 T # 98 A # 99 A # 100 C ## 101 G # 102 C # 103 C # 104 A # 105 G ## 106 G ## 107 G ## 108 T # 109 T # 110 T # 111 T # 112 C # 113 C # 114 C # 115 A ## 116 G ## 117 T ## 118 C ## 119 A ## 120 C # 121 G # 122 A 123 C # 124 G ## 125 T # 126 T ###### 127 G ################### 128 T # 129 A ## 130 A #### 131 A ### 132 A ### 133 C ### 134 G ###### 135 A #### 136 C ##### 137 G ###### 138 G ######### 139 C ###### 140 C ######## 141 A ########## 142 G ########### 143 T ############ 144 G ################## 145 A #################### 146 A ########################## 147 T ################################# 148 T ##################################### 149 G ############################################ 150 T ###################################################### 151 A ########################################################## 152 A ####################################################### 153 T ########################################################## 154 A ############################################################## 155 C ######################################################## 156 G ######################################## 157 A ################################## 158 C ################################# 159 T ########################## 160 C ######################### 161 A ###################### 162 C ##################### 163 T ############### 164 A ########## 165 T ########## 166 A ######### 167 G ######## 168 G ##### 169 G ###### 170 C ##### 171 G ###### 172 A #### 173 A ##### 174 T ##### 175 T #### 176 G ##### 177 G ##### 178 G ##### 179 C ##### 180 C ##### 181 C ##### 182 G ###### 183 A ####### 184 C ######## 185 G ######### 186 T ########## 187 C ########## 188 G ################# 189 C ################# 190 A #################### 191 T ####################### 192 G ############################################ 193 C #################################################### 194 T ################################################### 195 C ####################################################################### 196 C ################################################################## 197 T ################################################################################################### 198 C ################################################################################################### 199 T ################################################################################# 200 A ################################################################################ 201 G ################################################################################ 202 A ########################################################### 203 C ########################################### 204 T ############################### 205 C ############################ 206 G ####################### 207 A ############# 208 G ############ 209 G ########## 210 A ####### 211 A ###### 212 T #### 213 T ### 214 C #### 215 G ##### 216 G ##### 217 T ### 218 A #### 219 C ### 220 C #### 221 C #### 222 C ### 223 C ### 224 G #### 225 T ### 226 A ### 227 T ### 228 C ### 229 A #### 230 C ### 231 C ### 232 G #### 233 G ##### 234 C #### 235 G ##### 236 G #### 237 T ### 238 G ##### 239 A #### 240 T ### 241 A ##### 242 C #### 243 G ##### 244 A #### 245 A #### 246 T #### 247 T #### 248 C ##### 249 G ###### 250 T #### 251 A ##### 252 T ##### 253 C ##### 254 C ##### 255 C ###### 256 T ##### 257 T ##### 258 C ###### 259 G ####### 260 G ###### 261 T ##### 262 G ####### 263 A ##### 264 T ##### 265 A ###### 266 C ####### 267 G ####### 268 C ###### 269 T ##### 270 A ##### 271 G ###### 272 G ##### 273 G ###### 274 G ###### 275 T #### 276 T ## 277 C ### 278 G ######### 279 T ##### 280 A ###### Length from 3'-end 249 T # 248 G 247 T #### 246 G # 245 C # 244 T # 243 G # 242 C # 241 A # 240 A # 239 G # 238 G # 237 C # 236 G # 235 A # 234 T # 233 T # 232 A # 231 A # 230 G ## 229 T # 228 T # 227 G # 226 G # 225 G # 224 T # 223 A # 222 A # 221 C ## 220 G # 219 C # 218 C # 217 A # 216 G ## 215 G ## 214 G ## 213 T # 212 T # 211 T # 210 T # 209 C # 208 C # 207 C # 206 A ## 205 G ## 204 T ## 203 C ## 202 A ## 201 C # 200 G # 199 A 198 C # 197 G ## 196 T # 195 T ###### 194 G ################### 193 T # 192 A ## 191 A #### 190 A ### 189 A ### 188 C ### 187 G ###### 186 A #### 185 C ##### 184 G ###### 183 G ######### 182 C ###### 181 C ######## 180 A ########## 179 G ########### 178 T ############ 177 G ################## 176 A #################### 175 A ########################## 174 T ################################# 173 T ##################################### 172 G ############################################ 171 T ###################################################### 170 A ########################################################## 169 A ####################################################### 168 T ########################################################## 167 A ############################################################## 166 C ######################################################## 165 G ######################################## 164 A ################################## 163 C ################################# 162 T ########################## 161 C ######################### 160 A ###################### 159 C ##################### 158 T ############### 157 A ########## 156 T ########## 155 A ######### 154 G ######## 153 G ##### 152 G ###### 151 C ##### 150 G ###### 149 A #### 148 A ##### 147 T ##### 146 T #### 145 G ##### 144 G ##### 143 G ##### 142 C ##### 141 C ##### 140 C ##### 139 G ###### 138 A ####### 137 C ######## 136 G ######### 135 T ########## 134 C ########## 133 G ################# 132 C ################# 131 A #################### 130 T ####################### 129 G ############################################ 128 C #################################################### 127 T ################################################### 126 C ####################################################################### 125 C ################################################################## 124 T ################################################################################################### 123 C ################################################################################################### 122 T ################################################################################# 121 A ################################################################################ 120 G ################################################################################ 119 A ########################################################### 118 C ########################################### 117 T ############################### 116 C ############################ 115 G ####################### 114 A ############# 113 G ############ 112 G ########## 111 A ####### 110 A ###### 109 T #### 108 T ### 107 C #### 106 G ##### 105 G ##### 104 T ### 103 A #### 102 C ### 101 C #### 100 C #### 99 C ### 98 C ### 97 G #### 96 T ### 95 A ### 94 T ### 93 C ### 92 A #### 91 C ### 90 C ### 89 G #### 88 G ##### 87 C #### 86 G ##### 85 G #### 84 T ### 83 G ##### 82 A #### 81 T ### 80 A ##### 79 C #### 78 G ##### 77 A #### 76 A #### 75 T #### 74 T #### 73 C ##### 72 G ###### 71 T #### 70 A ##### 69 T ##### 68 C ##### 67 C ##### 66 C ###### 65 T ##### 64 T ##### 63 C ###### 62 G ####### 61 G ###### 60 T ##### 59 G ####### 58 A ##### 57 T ##### 56 A ###### 55 C ####### 54 G ####### 53 C ###### 52 T ##### 51 A ##### 50 G ###### 49 G ##### 48 G ###### 47 G ###### 46 T #### 45 T ## 44 C ### 43 G ######### 42 T ##### 41 A ###### Length from nick -125 T # -124 G -123 T #### -122 G # -121 C # -120 T # -119 G # -118 C # -117 A # -116 A # -115 G # -114 G # -113 C # -112 G # -111 A # -110 T # -109 T # -108 A # -107 A # -106 G ## -105 T # -104 T # -103 G # -102 G # -101 G # -100 T # -99 A # -98 A # -97 C ## -96 G # -95 C # -94 C # -93 A # -92 G ## -91 G ## -90 G ## -89 T # -88 T # -87 T # -86 T # -85 C # -84 C # -83 C # -82 A ## -81 G ## -80 T ## -79 C ## -78 A ## -77 C # -76 G # -75 A -74 C # -73 G ## -72 T # -71 T ###### -70 G ################### -69 T # -68 A ## -67 A #### -66 A ### -65 A ### -64 C ### -63 G ###### -62 A #### -61 C ##### -60 G ###### -59 G ######### -58 C ###### -57 C ######## -56 A ########## -55 G ########### -54 T ############ -53 G ################## -52 A #################### -51 A ########################## -50 T ################################# -49 T ##################################### -48 G ############################################ -47 T ###################################################### -46 A ########################################################## -45 A ####################################################### -44 T ########################################################## -43 A ############################################################## -42 C ######################################################## -41 G ######################################## -40 A ################################## -39 C ################################# -38 T ########################## -37 C ######################### -36 A ###################### -35 C ##################### -34 T ############### -33 A ########## -32 T ########## -31 A ######### -30 G ######## -29 G ##### -28 G ###### -27 C ##### -26 G ###### -25 A #### -24 A ##### -23 T ##### -22 T #### -21 G ##### -20 G ##### -19 G ##### -18 C ##### -17 C ##### -16 C ##### -15 G ###### -14 A ####### -13 C ######## -12 G ######### -11 T ########## -10 C ########## -9 G ################# -8 C ################# -7 A #################### -6 T ####################### -5 G ############################################ -4 C #################################################### -3 T ################################################### -2 C ####################################################################### -1 C ################################################################## 1 T ################################################################################################### 2 C ################################################################################################### 3 T ################################################################################# 4 A ################################################################################ 5 G ################################################################################ 6 A ########################################################### 7 C ########################################### 8 T ############################### 9 C ############################ 10 G ####################### 11 A ############# 12 G ############ 13 G ########## 14 A ####### 15 A ###### 16 T #### 17 T ### 18 C #### 19 G ##### 20 G ##### 21 T ### 22 A #### 23 C ### 24 C #### 25 C #### 26 C ### 27 C ### 28 G #### 29 T ### 30 A ### 31 T ### 32 C ### 33 A #### 34 C ### 35 C ### 36 G #### 37 G ##### 38 C #### 39 G ##### 40 G #### 41 T ### 42 G ##### 43 A #### 44 T ### 45 A ##### 46 C #### 47 G ##### 48 A #### 49 A #### 50 T #### 51 T #### 52 C ##### 53 G ###### 54 T #### 55 A ##### 56 T ##### 57 C ##### 58 C ##### 59 C ###### 60 T ##### 61 T ##### 62 C ###### 63 G ####### 64 G ###### 65 T ##### 66 G ####### 67 A ##### 68 T ##### 69 A ###### 70 C ####### 71 G ####### 72 C ###### 73 T ##### 74 A ##### 75 G ###### 76 G ##### 77 G ###### 78 G ###### 79 T #### 80 T ## 81 C ### 82 G ######### 83 T ##### 84 A ###### Name of gel and number of scan = No57 def.098 Name of sequence = Clon No 1647 Number of lanes = 15 Lane for analysis = 8 Number of analysing nucleotide = 209 First analysing nucleotide = 72 3'-nucleotide before nik = 151 5'-GGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGCTATTACGCCAGCTGGCGAAAGGGGGATGTGCTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTGGGCCCGACGTCGCATGCTCCTCTAGACTCGAGGAATTCGGTACCCCCGTATCACCGGCGGTGATACGAATTCGTATCCCTTCGGTGATACGCTAGGGGTTCGTATCACCGCCGGTGATACGCGAAATCGCGATAAGCTTGGATC0 Length of fragment = 320 P(K)=P(K)/100 72 T 379 73 G 18 74 T 1747 75 G 406 76 C 432 77 T 462 78 G 495 79 C 520 80 A 464 81 A 474 82 G 536 83 G 635 84 C 631 85 G 517 86 A 460 87 T 407 88 T 390 89 A 377 90 A 628 91 G 747 92 T 699 93 T 621 94 G 581 95 G 606 96 G 640 97 T 650 98 A 668 99 A 650 100 C 740 101 G 644 102 C 531 103 C 597 104 A 680 105 G 778 106 G 832 107 G 735 108 T 702 109 T 616 110 T 641 111 T 676 112 C 693 113 C 688 114 C 712 115 A 834 116 G 827 117 T 837 118 C 785 119 A 754 120 C 728 121 G 508 122 A 189 123 C 436 124 G 872 125 T 650 126 T 2210 127 G 6945 128 T 692 129 A 907 130 A 1530 131 A 1278 132 A 1240 133 C 1387 134 G 2319 135 A 1560 136 C 1813 137 G 2423 138 G 3256 139 C 2391 140 C 2901 141 A 3616 142 G 4310 143 T 4312 144 G 6654 145 A 7409 146 A 9645 147 T 12052 148 T 13296 149 G 16038 150 T 19430 151 A 20872 152 A 20015 153 T 21039 154 A 22223 155 C 20176 156 G 14524 157 A 12279 158 C 11937 159 T 9398 160 C 9002 161 A 8060 162 C 7854 163 T 5575 164 A 3806 165 T 3707 166 A 3439 167 G 3004 168 G 1974 169 G 2286 170 C 2092 171 G 2239 172 A 1706 173 A 1839 174 T 1930 175 T 1629 176 G 1932 177 G 1968 178 G 2006 179 C 1886 180 C 1860 181 C 2041 182 G 2471 183 A 2626 184 C 2958 185 G 3294 186 T 3620 187 C 3819 188 G 6257 189 C 6109 190 A 7176 191 T 8526 192 G 16050 193 C 18963 194 T 18417 195 C 25755 196 C 23735 197 T 35565 198 C 35770 199 T 29241 200 A 28933 201 G 28841 202 A 21310 203 C 15644 204 T 11221 205 C 10095 206 G 8441 207 A 4929 208 G 4569 209 G 3705 210 A 2557 211 A 2195 212 T 1652 213 T 1369 214 C 1496 215 G 1949 216 G 1943 217 T 1267 218 A 1609 219 C 1373 220 C 1508 221 C 1450 222 C 1289 223 C 1229 224 G 1787 225 T 1174 226 A 1447 227 T 1202 228 C 1202 229 A 1504 230 C 1285 231 C 1384 232 G 1721 233 G 1814 234 C 1516 235 G 1934 236 G 1794 237 T 1381 238 G 1969 239 A 1626 240 T 1424 241 A 1835 242 C 1556 243 G 1960 244 A 1583 245 A 1667 246 T 1455 247 T 1490 248 C 1826 249 G 2175 250 T 1792 251 A 1960 252 T 1839 253 C 1900 254 C 1985 255 C 2217 256 T 2084 257 T 2136 258 C 2415 259 G 2540 260 G 2495 261 T 2086 262 G 2550 263 A 2151 264 T 2057 265 A 2298 266 C 2545 267 G 2566 268 C 2277 269 T 2018 270 A 2029 271 G 2165 272 G 2073 273 G 2165 274 G 2192 275 T 1747 276 T 1014 277 C 1406 278 G 3348 279 T 1824 280 A 2429 MAX = 35770 MIN = 18 Length from 5'-end 72 T # 73 G 74 T #### 75 G # 76 C # 77 T # 78 G # 79 C # 80 A # 81 A # 82 G # 83 G # 84 C # 85 G # 86 A # 87 T # 88 T # 89 A # 90 A # 91 G ## 92 T # 93 T # 94 G # 95 G # 96 G # 97 T # 98 A # 99 A # 100 C ## 101 G # 102 C # 103 C # 104 A # 105 G ## 106 G ## 107 G ## 108 T # 109 T # 110 T # 111 T # 112 C # 113 C # 114 C # 115 A ## 116 G ## 117 T ## 118 C ## 119 A ## 120 C # 121 G # 122 A 123 C # 124 G ## 125 T # 126 T ###### 127 G ################### 128 T # 129 A ## 130 A #### 131 A ### 132 A ### 133 C ### 134 G ###### 135 A #### 136 C ##### 137 G ###### 138 G ######### 139 C ###### 140 C ######## 141 A ########## 142 G ########### 143 T ############ 144 G ################## 145 A #################### 146 A ########################## 147 T ################################# 148 T ##################################### 149 G ############################################ 150 T ###################################################### 151 A ########################################################## 152 A ####################################################### 153 T ########################################################## 154 A ############################################################## 155 C ######################################################## 156 G ######################################## 157 A ################################## 158 C ################################# 159 T ########################## 160 C ######################### 161 A ###################### 162 C ##################### 163 T ############### 164 A ########## 165 T ########## 166 A ######### 167 G ######## 168 G ##### 169 G ###### 170 C ##### 171 G ###### 172 A #### 173 A ##### 174 T ##### 175 T #### 176 G ##### 177 G ##### 178 G ##### 179 C ##### 180 C ##### 181 C ##### 182 G ###### 183 A ####### 184 C ######## 185 G ######### 186 T ########## 187 C ########## 188 G ################# 189 C ################# 190 A #################### 191 T ####################### 192 G ############################################ 193 C #################################################### 194 T ################################################### 195 C ####################################################################### 196 C ################################################################## 197 T ################################################################################################### 198 C ################################################################################################### 199 T ################################################################################# 200 A ################################################################################ 201 G ################################################################################ 202 A ########################################################### 203 C ########################################### 204 T ############################### 205 C ############################ 206 G ####################### 207 A ############# 208 G ############ 209 G ########## 210 A ####### 211 A ###### 212 T #### 213 T ### 214 C #### 215 G ##### 216 G ##### 217 T ### 218 A #### 219 C ### 220 C #### 221 C #### 222 C ### 223 C ### 224 G #### 225 T ### 226 A ### 227 T ### 228 C ### 229 A #### 230 C ### 231 C ### 232 G #### 233 G ##### 234 C #### 235 G ##### 236 G #### 237 T ### 238 G ##### 239 A #### 240 T ### 241 A ##### 242 C #### 243 G ##### 244 A #### 245 A #### 246 T #### 247 T #### 248 C ##### 249 G ###### 250 T #### 251 A ##### 252 T ##### 253 C ##### 254 C ##### 255 C ###### 256 T ##### 257 T ##### 258 C ###### 259 G ####### 260 G ###### 261 T ##### 262 G ####### 263 A ##### 264 T ##### 265 A ###### 266 C ####### 267 G ####### 268 C ###### 269 T ##### 270 A ##### 271 G ###### 272 G ##### 273 G ###### 274 G ###### 275 T #### 276 T ## 277 C ### 278 G ######### 279 T ##### 280 A ###### Length from 3'-end 249 T # 248 G 247 T #### 246 G # 245 C # 244 T # 243 G # 242 C # 241 A # 240 A # 239 G # 238 G # 237 C # 236 G # 235 A # 234 T # 233 T # 232 A # 231 A # 230 G ## 229 T # 228 T # 227 G # 226 G # 225 G # 224 T # 223 A # 222 A # 221 C ## 220 G # 219 C # 218 C # 217 A # 216 G ## 215 G ## 214 G ## 213 T # 212 T # 211 T # 210 T # 209 C # 208 C # 207 C # 206 A ## 205 G ## 204 T ## 203 C ## 202 A ## 201 C # 200 G # 199 A 198 C # 197 G ## 196 T # 195 T ###### 194 G ################### 193 T # 192 A ## 191 A #### 190 A ### 189 A ### 188 C ### 187 G ###### 186 A #### 185 C ##### 184 G ###### 183 G ######### 182 C ###### 181 C ######## 180 A ########## 179 G ########### 178 T ############ 177 G ################## 176 A #################### 175 A ########################## 174 T ################################# 173 T ##################################### 172 G ############################################ 171 T ###################################################### 170 A ########################################################## 169 A ####################################################### 168 T ########################################################## 167 A ############################################################## 166 C ######################################################## 165 G ######################################## 164 A ################################## 163 C ################################# 162 T ########################## 161 C ######################### 160 A ###################### 159 C ##################### 158 T ############### 157 A ########## 156 T ########## 155 A ######### 154 G ######## 153 G ##### 152 G ###### 151 C ##### 150 G ###### 149 A #### 148 A ##### 147 T ##### 146 T #### 145 G ##### 144 G ##### 143 G ##### 142 C ##### 141 C ##### 140 C ##### 139 G ###### 138 A ####### 137 C ######## 136 G ######### 135 T ########## 134 C ########## 133 G ################# 132 C ################# 131 A #################### 130 T ####################### 129 G ############################################ 128 C #################################################### 127 T ################################################### 126 C ####################################################################### 125 C ################################################################## 124 T ################################################################################################### 123 C ################################################################################################### 122 T ################################################################################# 121 A ################################################################################ 120 G ################################################################################ 119 A ########################################################### 118 C ########################################### 117 T ############################### 116 C ############################ 115 G ####################### 114 A ############# 113 G ############ 112 G ########## 111 A ####### 110 A ###### 109 T #### 108 T ### 107 C #### 106 G ##### 105 G ##### 104 T ### 103 A #### 102 C ### 101 C #### 100 C #### 99 C ### 98 C ### 97 G #### 96 T ### 95 A ### 94 T ### 93 C ### 92 A #### 91 C ### 90 C ### 89 G #### 88 G ##### 87 C #### 86 G ##### 85 G #### 84 T ### 83 G ##### 82 A #### 81 T ### 80 A ##### 79 C #### 78 G ##### 77 A #### 76 A #### 75 T #### 74 T #### 73 C ##### 72 G ###### 71 T #### 70 A ##### 69 T ##### 68 C ##### 67 C ##### 66 C ###### 65 T ##### 64 T ##### 63 C ###### 62 G ####### 61 G ###### 60 T ##### 59 G ####### 58 A ##### 57 T ##### 56 A ###### 55 C ####### 54 G ####### 53 C ###### 52 T ##### 51 A ##### 50 G ###### 49 G ##### 48 G ###### 47 G ###### 46 T #### 45 T ## 44 C ### 43 G ######### 42 T ##### 41 A ###### Length from nick -80 T # -79 G -78 T #### -77 G # -76 C # -75 T # -74 G # -73 C # -72 A # -71 A # -70 G # -69 G # -68 C # -67 G # -66 A # -65 T # -64 T # -63 A # -62 A # -61 G ## -60 T # -59 T # -58 G # -57 G # -56 G # -55 T # -54 A # -53 A # -52 C ## -51 G # -50 C # -49 C # -48 A # -47 G ## -46 G ## -45 G ## -44 T # -43 T # -42 T # -41 T # -40 C # -39 C # -38 C # -37 A ## -36 G ## -35 T ## -34 C ## -33 A ## -32 C # -31 G # -30 A -29 C # -28 G ## -27 T # -26 T ###### -25 G ################### -24 T # -23 A ## -22 A #### -21 A ### -20 A ### -19 C ### -18 G ###### -17 A #### -16 C ##### -15 G ###### -14 G ######### -13 C ###### -12 C ######## -11 A ########## -10 G ########### -9 T ############ -8 G ################## -7 A #################### -6 A ########################## -5 T ################################# -4 T ##################################### -3 G ############################################ -2 T ###################################################### -1 A ########################################################## 1 A ####################################################### 2 T ########################################################## 3 A ############################################################## 4 C ######################################################## 5 G ######################################## 6 A ################################## 7 C ################################# 8 T ########################## 9 C ######################### 10 A ###################### 11 C ##################### 12 T ############### 13 A ########## 14 T ########## 15 A ######### 16 G ######## 17 G ##### 18 G ###### 19 C ##### 20 G ###### 21 A #### 22 A ##### 23 T ##### 24 T #### 25 G ##### 26 G ##### 27 G ##### 28 C ##### 29 C ##### 30 C ##### 31 G ###### 32 A ####### 33 C ######## 34 G ######### 35 T ########## 36 C ########## 37 G ################# 38 C ################# 39 A #################### 40 T ####################### 41 G ############################################ 42 C #################################################### 43 T ################################################### 44 C ####################################################################### 45 C ################################################################## 46 T ################################################################################################### 47 C ################################################################################################### 48 T ################################################################################# 49 A ################################################################################ 50 G ################################################################################ 51 A ########################################################### 52 C ########################################### 53 T ############################### 54 C ############################ 55 G ####################### 56 A ############# 57 G ############ 58 G ########## 59 A ####### 60 A ###### 61 T #### 62 T ### 63 C #### 64 G ##### 65 G ##### 66 T ### 67 A #### 68 C ### 69 C #### 70 C #### 71 C ### 72 C ### 73 G #### 74 T ### 75 A ### 76 T ### 77 C ### 78 A #### 79 C ### 80 C ### 81 G #### 82 G ##### 83 C #### 84 G ##### 85 G #### 86 T ### 87 G ##### 88 A #### 89 T ### 90 A ##### 91 C #### 92 G ##### 93 A #### 94 A #### 95 T #### 96 T #### 97 C ##### 98 G ###### 99 T #### 100 A ##### 101 T ##### 102 C ##### 103 C ##### 104 C ###### 105 T ##### 106 T ##### 107 C ###### 108 G ####### 109 G ###### 110 T ##### 111 G ####### 112 A ##### 113 T ##### 114 A ###### 115 C ####### 116 G ####### 117 C ###### 118 T ##### 119 A ##### 120 G ###### 121 G ##### 122 G ###### 123 G ###### 124 T #### 125 T ## 126 C ### 127 G ######### 128 T ##### 129 A ###### Name of gel and number of scan = No57 def.095 Name of sequence = Clon No 1647 Number of lanes = 21 Lane for analysis = 13 Number of analysing nucleotide = 176 First analysing nucleotide = 104 3'-nucleotide before nik = 151 5'-GGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGCTATTACGCCAGCTGGCGAAAGGGGGATGTGCTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTGGGCCCGACGTCGCATGCTCCTCTAGACTCGAGGAATTCGGTACCCCCGTATCACCGGCGGTGATACGAATTCGTATCCCTTCGGTGATACGCTAGGGGTTCGTATCACCGCCGGTGATACGCGAAATCGCGATAAGCTTGGATC0 Length of fragment = 320 P(K)=P(K)/100 104 A 592 105 G 569 106 G 785 107 G 629 108 T 769 109 T 1065 110 T 1055 111 T 763 112 C 843 113 C 1800 114 C 1122 115 A 631 116 G 1152 117 T 1133 118 C 1230 119 A 1088 120 C 1140 121 G 886 122 A 1323 123 C 1704 124 G 1360 125 T 1269 126 T 1194 127 G 938 128 T 1572 129 A 1661 130 A 2183 131 A 2150 132 A 2106 133 C 1387 134 G 2389 135 A 1892 136 C 6860 137 G 4779 138 G 4590 139 C 6271 140 C 7428 141 A 12794 142 G 20259 143 T 23257 144 G 29463 145 A 32552 146 A 39300 147 T 39982 148 T 39510 149 G 52025 150 T 44297 151 A 39521 152 A 28051 153 T 26769 154 A 16274 155 C 21255 156 G 16027 157 A 15672 158 C 13919 159 T 14080 160 C 13264 161 A 12612 162 C 10219 163 T 5642 164 A 5399 165 T 4899 166 A 5170 167 G 4248 168 G 4266 169 G 3345 170 C 3448 171 G 3060 172 A 2932 173 A 3331 174 T 2858 175 T 2948 176 G 3375 177 G 3007 178 G 2349 179 C 3255 180 C 3242 181 C 3767 182 G 5216 183 A 5791 184 C 5881 185 G 5721 186 T 10004 187 C 10099 188 G 11514 189 C 14088 190 A 34301 191 T 35228 192 G 37027 193 C 48332 194 T 43154 195 C 56393 196 C 26816 197 T 36374 198 C 54371 199 T 53520 200 A 51517 201 G 36327 202 A 38199 203 C 29185 204 T 31952 205 C 23378 206 G 9228 207 A 10037 208 G 7932 209 G 5956 210 A 3644 211 A 3484 212 T 2644 213 T 2686 214 C 3041 215 G 2905 216 G 2061 217 T 2830 218 A 2140 219 C 2459 220 C 2522 221 C 2085 222 C 1769 223 C 2882 224 G 2046 225 T 2111 226 A 1962 227 T 1790 228 C 2329 229 A 2142 230 C 2341 231 C 2739 232 G 2700 233 G 2705 234 C 2768 235 G 2959 236 G 2148 237 T 3071 238 G 2606 239 A 2374 240 T 2943 241 A 2596 242 C 3071 243 G 2462 244 A 2717 245 A 2576 246 T 2432 247 T 3372 248 C 3671 249 G 2993 250 T 3275 251 A 3071 252 T 3430 253 C 3680 254 C 3951 255 C 3990 256 T 2776 257 T 3352 258 C 0 259 G 9232 260 G 0 261 T 6418 262 G 4800 263 A 4168 264 T 3701 265 A 3580 266 C 5618 267 G 2618 268 C 4214 269 T 2807 270 A 3525 271 G 3358 272 G 3071 273 G 2961 274 G 3706 275 T 5066 276 T 3907 277 C 5450 278 G 2853 279 T 2770 MAX = 56393 MIN = 0 Length from 5'-end 104 A # 105 G # 106 G # 107 G # 108 T # 109 T # 110 T # 111 T # 112 C # 113 C ### 114 C # 115 A # 116 G ## 117 T ## 118 C ## 119 A # 120 C ## 121 G # 122 A ## 123 C ### 124 G ## 125 T ## 126 T ## 127 G # 128 T ## 129 A ## 130 A ### 131 A ### 132 A ### 133 C ## 134 G #### 135 A ### 136 C ############ 137 G ######## 138 G ######## 139 C ########### 140 C ############# 141 A ###################### 142 G ################################### 143 T ######################################### 144 G #################################################### 145 A ######################################################### 146 A ##################################################################### 147 T ###################################################################### 148 T ###################################################################### 149 G ############################################################################################ 150 T ############################################################################## 151 A ###################################################################### 152 A ################################################# 153 T ############################################### 154 A ############################ 155 C ##################################### 156 G ############################ 157 A ########################### 158 C ######################## 159 T ######################## 160 C ####################### 161 A ###################### 162 C ################## 163 T ########## 164 A ######### 165 T ######## 166 A ######### 167 G ####### 168 G ####### 169 G ##### 170 C ###### 171 G ##### 172 A ##### 173 A ##### 174 T ##### 175 T ##### 176 G ##### 177 G ##### 178 G #### 179 C ##### 180 C ##### 181 C ###### 182 G ######### 183 A ########## 184 C ########## 185 G ########## 186 T ################# 187 C ################# 188 G #################### 189 C ######################## 190 A ############################################################ 191 T ############################################################## 192 G ################################################################# 193 C ##################################################################################### 194 T ############################################################################ 195 C #################################################################################################### 196 C ############################################### 197 T ################################################################ 198 C ################################################################################################ 199 T ############################################################################################## 200 A ########################################################################################### 201 G ################################################################ 202 A ################################################################### 203 C ################################################### 204 T ######################################################## 205 C ######################################### 206 G ################ 207 A ################# 208 G ############## 209 G ########## 210 A ###### 211 A ###### 212 T #### 213 T #### 214 C ##### 215 G ##### 216 G ### 217 T ##### 218 A ### 219 C #### 220 C #### 221 C ### 222 C ### 223 C ##### 224 G ### 225 T ### 226 A ### 227 T ### 228 C #### 229 A ### 230 C #### 231 C #### 232 G #### 233 G #### 234 C #### 235 G ##### 236 G ### 237 T ##### 238 G #### 239 A #### 240 T ##### 241 A #### 242 C ##### 243 G #### 244 A #### 245 A #### 246 T #### 247 T ##### 248 C ###### 249 G ##### 250 T ##### 251 A ##### 252 T ###### 253 C ###### 254 C ####### 255 C ####### 256 T #### 257 T ##### 258 C 259 G ################ 260 G 261 T ########### 262 G ######## 263 A ####### 264 T ###### 265 A ###### 266 C ######### 267 G #### 268 C ####### 269 T #### 270 A ###### 271 G ##### 272 G ##### 273 G ##### 274 G ###### 275 T ######## 276 T ###### 277 C ######### 278 G ##### 279 T #### Length from 3'-end 217 A # 216 G # 215 G # 214 G # 213 T # 212 T # 211 T # 210 T # 209 C # 208 C ### 207 C # 206 A # 205 G ## 204 T ## 203 C ## 202 A # 201 C ## 200 G # 199 A ## 198 C ### 197 G ## 196 T ## 195 T ## 194 G # 193 T ## 192 A ## 191 A ### 190 A ### 189 A ### 188 C ## 187 G #### 186 A ### 185 C ############ 184 G ######## 183 G ######## 182 C ########### 181 C ############# 180 A ###################### 179 G ################################### 178 T ######################################### 177 G #################################################### 176 A ######################################################### 175 A ##################################################################### 174 T ###################################################################### 173 T ###################################################################### 172 G ############################################################################################ 171 T ############################################################################## 170 A ###################################################################### 169 A ################################################# 168 T ############################################### 167 A ############################ 166 C ##################################### 165 G ############################ 164 A ########################### 163 C ######################## 162 T ######################## 161 C ####################### 160 A ###################### 159 C ################## 158 T ########## 157 A ######### 156 T ######## 155 A ######### 154 G ####### 153 G ####### 152 G ##### 151 C ###### 150 G ##### 149 A ##### 148 A ##### 147 T ##### 146 T ##### 145 G ##### 144 G ##### 143 G #### 142 C ##### 141 C ##### 140 C ###### 139 G ######### 138 A ########## 137 C ########## 136 G ########## 135 T ################# 134 C ################# 133 G #################### 132 C ######################## 131 A ############################################################ 130 T ############################################################## 129 G ################################################################# 128 C ##################################################################################### 127 T ############################################################################ 126 C #################################################################################################### 125 C ############################################### 124 T ################################################################ 123 C ################################################################################################ 122 T ############################################################################################## 121 A ########################################################################################### 120 G ################################################################ 119 A ################################################################### 118 C ################################################### 117 T ######################################################## 116 C ######################################### 115 G ################ 114 A ################# 113 G ############## 112 G ########## 111 A ###### 110 A ###### 109 T #### 108 T #### 107 C ##### 106 G ##### 105 G ### 104 T ##### 103 A ### 102 C #### 101 C #### 100 C ### 99 C ### 98 C ##### 97 G ### 96 T ### 95 A ### 94 T ### 93 C #### 92 A ### 91 C #### 90 C #### 89 G #### 88 G #### 87 C #### 86 G ##### 85 G ### 84 T ##### 83 G #### 82 A #### 81 T ##### 80 A #### 79 C ##### 78 G #### 77 A #### 76 A #### 75 T #### 74 T ##### 73 C ###### 72 G ##### 71 T ##### 70 A ##### 69 T ###### 68 C ###### 67 C ####### 66 C ####### 65 T #### 64 T ##### 63 C 62 G ################ 61 G 60 T ########### 59 G ######## 58 A ####### 57 T ###### 56 A ###### 55 C ######### 54 G #### 53 C ####### 52 T #### 51 A ###### 50 G ##### 49 G ##### 48 G ##### 47 G ###### 46 T ######## 45 T ###### 44 C ######### 43 G ##### 42 T #### Length from nick -48 A # -47 G # -46 G # -45 G # -44 T # -43 T # -42 T # -41 T # -40 C # -39 C ### -38 C # -37 A # -36 G ## -35 T ## -34 C ## -33 A # -32 C ## -31 G # -30 A ## -29 C ### -28 G ## -27 T ## -26 T ## -25 G # -24 T ## -23 A ## -22 A ### -21 A ### -20 A ### -19 C ## -18 G #### -17 A ### -16 C ############ -15 G ######## -14 G ######## -13 C ########### -12 C ############# -11 A ###################### -10 G ################################### -9 T ######################################### -8 G #################################################### -7 A ######################################################### -6 A ##################################################################### -5 T ###################################################################### -4 T ###################################################################### -3 G ############################################################################################ -2 T ############################################################################## -1 A ###################################################################### 1 A ################################################# 2 T ############################################### 3 A ############################ 4 C ##################################### 5 G ############################ 6 A ########################### 7 C ######################## 8 T ######################## 9 C ####################### 10 A ###################### 11 C ################## 12 T ########## 13 A ######### 14 T ######## 15 A ######### 16 G ####### 17 G ####### 18 G ##### 19 C ###### 20 G ##### 21 A ##### 22 A ##### 23 T ##### 24 T ##### 25 G ##### 26 G ##### 27 G #### 28 C ##### 29 C ##### 30 C ###### 31 G ######### 32 A ########## 33 C ########## 34 G ########## 35 T ################# 36 C ################# 37 G #################### 38 C ######################## 39 A ############################################################ 40 T ############################################################## 41 G ################################################################# 42 C ##################################################################################### 43 T ############################################################################ 44 C #################################################################################################### 45 C ############################################### 46 T ################################################################ 47 C ################################################################################################ 48 T ############################################################################################## 49 A ########################################################################################### 50 G ################################################################ 51 A ################################################################### 52 C ################################################### 53 T ######################################################## 54 C ######################################### 55 G ################ 56 A ################# 57 G ############## 58 G ########## 59 A ###### 60 A ###### 61 T #### 62 T #### 63 C ##### 64 G ##### 65 G ### 66 T ##### 67 A ### 68 C #### 69 C #### 70 C ### 71 C ### 72 C ##### 73 G ### 74 T ### 75 A ### 76 T ### 77 C #### 78 A ### 79 C #### 80 C #### 81 G #### 82 G #### 83 C #### 84 G ##### 85 G ### 86 T ##### 87 G #### 88 A #### 89 T ##### 90 A #### 91 C ##### 92 G #### 93 A #### 94 A #### 95 T #### 96 T ##### 97 C ###### 98 G ##### 99 T ##### 100 A ##### 101 T ###### 102 C ###### 103 C ####### 104 C ####### 105 T #### 106 T ##### 107 C 108 G ################ 109 G 110 T ########### 111 G ######## 112 A ####### 113 T ###### 114 A ###### 115 C ######### 116 G #### 117 C ####### 118 T #### 119 A ###### 120 G ##### 121 G ##### 122 G ##### 123 G ###### 124 T ######## 125 T ###### 126 C ######### 127 G ##### 128 T #### Name of gel and number of scan = No57 def.095 Name of sequence = Clon No 1647 Number of lanes = 21 Lane for analysis = 13 Number of analysing nucleotide = 176 First analysing nucleotide = 104 3'-nucleotide before nik = 196 5'-GGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGCTATTACGCCAGCTGGCGAAAGGGGGATGTGCTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTGGGCCCGACGTCGCATGCTCCTCTAGACTCGAGGAATTCGGTACCCCCGTATCACCGGCGGTGATACGAATTCGTATCCCTTCGGTGATACGCTAGGGGTTCGTATCACCGCCGGTGATACGCGAAATCGCGATAAGCTTGGATC0 Length of fragment = 320 P(K)=P(K)/100 104 A 592 105 G 569 106 G 785 107 G 629 108 T 769 109 T 1065 110 T 1055 111 T 763 112 C 843 113 C 1800 114 C 1122 115 A 631 116 G 1152 117 T 1133 118 C 1230 119 A 1088 120 C 1140 121 G 886 122 A 1323 123 C 1704 124 G 1360 125 T 1269 126 T 1194 127 G 938 128 T 1572 129 A 1661 130 A 2183 131 A 2150 132 A 2106 133 C 1387 134 G 2389 135 A 1892 136 C 6860 137 G 4779 138 G 4590 139 C 6271 140 C 7428 141 A 12794 142 G 20259 143 T 23257 144 G 29463 145 A 32552 146 A 39300 147 T 39982 148 T 39510 149 G 52025 150 T 44297 151 A 39521 152 A 28051 153 T 26769 154 A 16274 155 C 21255 156 G 16027 157 A 15672 158 C 13919 159 T 14080 160 C 13264 161 A 12612 162 C 10219 163 T 5642 164 A 5399 165 T 4899 166 A 5170 167 G 4248 168 G 4266 169 G 3345 170 C 3448 171 G 3060 172 A 2932 173 A 3331 174 T 2858 175 T 2948 176 G 3375 177 G 3007 178 G 2349 179 C 3255 180 C 3242 181 C 3767 182 G 5216 183 A 5791 184 C 5881 185 G 5721 186 T 10004 187 C 10099 188 G 11514 189 C 14088 190 A 34301 191 T 35228 192 G 37027 193 C 48332 194 T 43154 195 C 56393 196 C 26816 197 T 36374 198 C 54371 199 T 53520 200 A 51517 201 G 36327 202 A 38199 203 C 29185 204 T 31952 205 C 23378 206 G 9228 207 A 10037 208 G 7932 209 G 5956 210 A 3644 211 A 3484 212 T 2644 213 T 2686 214 C 3041 215 G 2905 216 G 2061 217 T 2830 218 A 2140 219 C 2459 220 C 2522 221 C 2085 222 C 1769 223 C 2882 224 G 2046 225 T 2111 226 A 1962 227 T 1790 228 C 2329 229 A 2142 230 C 2341 231 C 2739 232 G 2700 233 G 2705 234 C 2768 235 G 2959 236 G 2148 237 T 3071 238 G 2606 239 A 2374 240 T 2943 241 A 2596 242 C 3071 243 G 2462 244 A 2717 245 A 2576 246 T 2432 247 T 3372 248 C 3671 249 G 2993 250 T 3275 251 A 3071 252 T 3430 253 C 3680 254 C 3951 255 C 3990 256 T 2776 257 T 3352 258 C 0 259 G 9232 260 G 0 261 T 6418 262 G 4800 263 A 4168 264 T 3701 265 A 3580 266 C 5618 267 G 2618 268 C 4214 269 T 2807 270 A 3525 271 G 3358 272 G 3071 273 G 2961 274 G 3706 275 T 5066 276 T 3907 277 C 5450 278 G 2853 279 T 2770 MAX = 56393 MIN = 0 Length from 5'-end 104 A # 105 G # 106 G # 107 G # 108 T # 109 T # 110 T # 111 T # 112 C # 113 C ### 114 C # 115 A # 116 G ## 117 T ## 118 C ## 119 A # 120 C ## 121 G # 122 A ## 123 C ### 124 G ## 125 T ## 126 T ## 127 G # 128 T ## 129 A ## 130 A ### 131 A ### 132 A ### 133 C ## 134 G #### 135 A ### 136 C ############ 137 G ######## 138 G ######## 139 C ########### 140 C ############# 141 A ###################### 142 G ################################### 143 T ######################################### 144 G #################################################### 145 A ######################################################### 146 A ##################################################################### 147 T ###################################################################### 148 T ###################################################################### 149 G ############################################################################################ 150 T ############################################################################## 151 A ###################################################################### 152 A ################################################# 153 T ############################################### 154 A ############################ 155 C ##################################### 156 G ############################ 157 A ########################### 158 C ######################## 159 T ######################## 160 C ####################### 161 A ###################### 162 C ################## 163 T ########## 164 A ######### 165 T ######## 166 A ######### 167 G ####### 168 G ####### 169 G ##### 170 C ###### 171 G ##### 172 A ##### 173 A ##### 174 T ##### 175 T ##### 176 G ##### 177 G ##### 178 G #### 179 C ##### 180 C ##### 181 C ###### 182 G ######### 183 A ########## 184 C ########## 185 G ########## 186 T ################# 187 C ################# 188 G #################### 189 C ######################## 190 A ############################################################ 191 T ############################################################## 192 G ################################################################# 193 C ##################################################################################### 194 T ############################################################################ 195 C #################################################################################################### 196 C ############################################### 197 T ################################################################ 198 C ################################################################################################ 199 T ############################################################################################## 200 A ########################################################################################### 201 G ################################################################ 202 A ################################################################### 203 C ################################################### 204 T ######################################################## 205 C ######################################### 206 G ################ 207 A ################# 208 G ############## 209 G ########## 210 A ###### 211 A ###### 212 T #### 213 T #### 214 C ##### 215 G ##### 216 G ### 217 T ##### 218 A ### 219 C #### 220 C #### 221 C ### 222 C ### 223 C ##### 224 G ### 225 T ### 226 A ### 227 T ### 228 C #### 229 A ### 230 C #### 231 C #### 232 G #### 233 G #### 234 C #### 235 G ##### 236 G ### 237 T ##### 238 G #### 239 A #### 240 T ##### 241 A #### 242 C ##### 243 G #### 244 A #### 245 A #### 246 T #### 247 T ##### 248 C ###### 249 G ##### 250 T ##### 251 A ##### 252 T ###### 253 C ###### 254 C ####### 255 C ####### 256 T #### 257 T ##### 258 C 259 G ################ 260 G 261 T ########### 262 G ######## 263 A ####### 264 T ###### 265 A ###### 266 C ######### 267 G #### 268 C ####### 269 T #### 270 A ###### 271 G ##### 272 G ##### 273 G ##### 274 G ###### 275 T ######## 276 T ###### 277 C ######### 278 G ##### 279 T #### Length from 3'-end 217 A # 216 G # 215 G # 214 G # 213 T # 212 T # 211 T # 210 T # 209 C # 208 C ### 207 C # 206 A # 205 G ## 204 T ## 203 C ## 202 A # 201 C ## 200 G # 199 A ## 198 C ### 197 G ## 196 T ## 195 T ## 194 G # 193 T ## 192 A ## 191 A ### 190 A ### 189 A ### 188 C ## 187 G #### 186 A ### 185 C ############ 184 G ######## 183 G ######## 182 C ########### 181 C ############# 180 A ###################### 179 G ################################### 178 T ######################################### 177 G #################################################### 176 A ######################################################### 175 A ##################################################################### 174 T ###################################################################### 173 T ###################################################################### 172 G ############################################################################################ 171 T ############################################################################## 170 A ###################################################################### 169 A ################################################# 168 T ############################################### 167 A ############################ 166 C ##################################### 165 G ############################ 164 A ########################### 163 C ######################## 162 T ######################## 161 C ####################### 160 A ###################### 159 C ################## 158 T ########## 157 A ######### 156 T ######## 155 A ######### 154 G ####### 153 G ####### 152 G ##### 151 C ###### 150 G ##### 149 A ##### 148 A ##### 147 T ##### 146 T ##### 145 G ##### 144 G ##### 143 G #### 142 C ##### 141 C ##### 140 C ###### 139 G ######### 138 A ########## 137 C ########## 136 G ########## 135 T ################# 134 C ################# 133 G #################### 132 C ######################## 131 A ############################################################ 130 T ############################################################## 129 G ################################################################# 128 C ##################################################################################### 127 T ############################################################################ 126 C #################################################################################################### 125 C ############################################### 124 T ################################################################ 123 C ################################################################################################ 122 T ############################################################################################## 121 A ########################################################################################### 120 G ################################################################ 119 A ################################################################### 118 C ################################################### 117 T ######################################################## 116 C ######################################### 115 G ################ 114 A ################# 113 G ############## 112 G ########## 111 A ###### 110 A ###### 109 T #### 108 T #### 107 C ##### 106 G ##### 105 G ### 104 T ##### 103 A ### 102 C #### 101 C #### 100 C ### 99 C ### 98 C ##### 97 G ### 96 T ### 95 A ### 94 T ### 93 C #### 92 A ### 91 C #### 90 C #### 89 G #### 88 G #### 87 C #### 86 G ##### 85 G ### 84 T ##### 83 G #### 82 A #### 81 T ##### 80 A #### 79 C ##### 78 G #### 77 A #### 76 A #### 75 T #### 74 T ##### 73 C ###### 72 G ##### 71 T ##### 70 A ##### 69 T ###### 68 C ###### 67 C ####### 66 C ####### 65 T #### 64 T ##### 63 C 62 G ################ 61 G 60 T ########### 59 G ######## 58 A ####### 57 T ###### 56 A ###### 55 C ######### 54 G #### 53 C ####### 52 T #### 51 A ###### 50 G ##### 49 G ##### 48 G ##### 47 G ###### 46 T ######## 45 T ###### 44 C ######### 43 G ##### 42 T #### Length from nick -93 A # -92 G # -91 G # -90 G # -89 T # -88 T # -87 T # -86 T # -85 C # -84 C ### -83 C # -82 A # -81 G ## -80 T ## -79 C ## -78 A # -77 C ## -76 G # -75 A ## -74 C ### -73 G ## -72 T ## -71 T ## -70 G # -69 T ## -68 A ## -67 A ### -66 A ### -65 A ### -64 C ## -63 G #### -62 A ### -61 C ############ -60 G ######## -59 G ######## -58 C ########### -57 C ############# -56 A ###################### -55 G ################################### -54 T ######################################### -53 G #################################################### -52 A ######################################################### -51 A ##################################################################### -50 T ###################################################################### -49 T ###################################################################### -48 G ############################################################################################ -47 T ############################################################################## -46 A ###################################################################### -45 A ################################################# -44 T ############################################### -43 A ############################ -42 C ##################################### -41 G ############################ -40 A ########################### -39 C ######################## -38 T ######################## -37 C ####################### -36 A ###################### -35 C ################## -34 T ########## -33 A ######### -32 T ######## -31 A ######### -30 G ####### -29 G ####### -28 G ##### -27 C ###### -26 G ##### -25 A ##### -24 A ##### -23 T ##### -22 T ##### -21 G ##### -20 G ##### -19 G #### -18 C ##### -17 C ##### -16 C ###### -15 G ######### -14 A ########## -13 C ########## -12 G ########## -11 T ################# -10 C ################# -9 G #################### -8 C ######################## -7 A ############################################################ -6 T ############################################################## -5 G ################################################################# -4 C ##################################################################################### -3 T ############################################################################ -2 C #################################################################################################### -1 C ############################################### 1 T ################################################################ 2 C ################################################################################################ 3 T ############################################################################################## 4 A ########################################################################################### 5 G ################################################################ 6 A ################################################################### 7 C ################################################### 8 T ######################################################## 9 C ######################################### 10 G ################ 11 A ################# 12 G ############## 13 G ########## 14 A ###### 15 A ###### 16 T #### 17 T #### 18 C ##### 19 G ##### 20 G ### 21 T ##### 22 A ### 23 C #### 24 C #### 25 C ### 26 C ### 27 C ##### 28 G ### 29 T ### 30 A ### 31 T ### 32 C #### 33 A ### 34 C #### 35 C #### 36 G #### 37 G #### 38 C #### 39 G ##### 40 G ### 41 T ##### 42 G #### 43 A #### 44 T ##### 45 A #### 46 C ##### 47 G #### 48 A #### 49 A #### 50 T #### 51 T ##### 52 C ###### 53 G ##### 54 T ##### 55 A ##### 56 T ###### 57 C ###### 58 C ####### 59 C ####### 60 T #### 61 T ##### 62 C 63 G ################ 64 G 65 T ########### 66 G ######## 67 A ####### 68 T ###### 69 A ###### 70 C ######### 71 G #### 72 C ####### 73 T #### 74 A ###### 75 G ##### 76 G ##### 77 G ##### 78 G ###### 79 T ######## 80 T ###### 81 C ######### 82 G ##### 83 T #### Name of gel and number of scan = No60 def.115 Name of sequence = Clon No 1646 Number of lanes = 21 Lane for analysis = 13 Number of analysing nucleotide = 176 First analysing nucleotide = 133 3'-nucleotide before nik = 152 5'-AGGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGCTATTACGCCAGCTGGCGAAAGGGGGATGTGCTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTGGGCCCGACGTCGCATGCTCCTCTAGACTCGAGGAATTCGGTACCCCCGTATCACCGGCGGTGATACGAATTCGTATCCCTTCGGTGATACGCTAGGGGTTCGCGTATCACCGCCGGTGATACGCGAAATCGGTATCCCTTGCGGTGATAGGCCCAAGCGCATAGTGGCGGCCACTATGCGCTTTAGCCATAGGGAACGCCACTATCC0 Length of fragment = 384 P(K)=P(K)/100 133 A 8522 134 C 4116 135 G 3166 136 A 3810 137 C 2440 138 G 5528 139 G 5277 140 C 6636 141 C 5820 142 A 5419 143 G 8521 144 T 14940 145 G 20258 146 A 31444 147 A 45185 148 T 55319 149 T 48596 150 G 85906 151 T 78999 152 A 70303 153 A 90081 154 T 66010 155 A 76453 156 C 50131 157 G 42081 158 A 41853 159 C 34528 160 T 38147 161 C 30799 162 A 32973 163 C 46138 164 T 31992 165 A 30952 166 T 24259 167 A 30178 168 G 17336 169 G 13665 170 G 14011 171 C 9821 172 G 9496 173 A 10205 174 A 9925 175 T 9128 176 T 7784 177 G 6751 178 G 9006 179 G 13600 180 C 3518 181 C 6626 182 C 10936 183 G 10283 184 A 11222 185 C 13913 186 G 18225 187 T 12910 188 C 37338 189 G 33081 190 C 34598 191 A 48314 192 T 100109 193 G 97034 194 C 89469 195 T 112982 196 C 54851 197 C 254652 198 T 138681 199 C 140164 200 T 120713 201 A 123818 202 G 105738 203 A 76748 204 C 70338 205 T 119012 206 C 117643 207 G 77758 208 A 51591 209 G 38708 210 G 43433 211 A 21684 212 A 18250 213 T 5556 214 T 9902 215 C 7758 216 G 7943 217 G 4409 218 T 7562 219 A 6757 220 C 8467 221 C 8416 222 C 97 223 C 9404 224 C 6601 225 G 5073 226 T 4526 227 A 4874 228 T 4083 229 C 6000 230 A 5587 231 C 5960 232 C 6075 233 G 7379 234 G 7106 235 C 7102 236 G 6524 237 G 6042 238 T 5982 239 G 6549 240 A 8806 241 T 4085 242 A 6130 243 C 4260 244 G 7850 245 A 8849 246 A 6627 247 T 2379 248 T 7067 249 C 8755 250 G 9165 251 T 8219 252 A 6795 253 T 8516 254 C 7561 255 C 7958 256 C 8914 257 T 9093 258 T 9844 259 C 15216 260 G 11511 261 G 16337 262 T 13363 263 G 11346 264 A 10992 265 T 9887 266 A 13249 267 C 9229 268 G 15508 269 C 693 270 T 15361 271 A 13636 272 G 11218 273 G 9051 274 G 320 275 G 15855 276 T 14877 277 T 17548 278 C 861 279 G 15323 280 C 11491 281 G 8028 282 T 6004 283 A 7102 284 T 11432 285 C 8286 286 A 11695 287 C 11577 288 C 19228 289 G 13364 290 C 5154 291 C 9148 292 G 8843 293 G 13432 294 T 5847 295 G 10605 296 A 8482 297 T 1897 298 A 5659 299 C 7528 300 G 7787 301 C 14404 302 G 10410 303 A 0 304 A 7789 305 A 5844 306 T 14566 307 C 6705 308 G 15550 MAX = 254652 MIN = 0 Length from 5'-end 133 A ### 134 C # 135 G # 136 A # 137 C 138 G ## 139 G ## 140 C ## 141 C ## 142 A ## 143 G ### 144 T ##### 145 G ####### 146 A ############ 147 A ################# 148 T ##################### 149 T ################### 150 G ################################# 151 T ############################### 152 A ########################### 153 A ################################### 154 T ######################### 155 A ############################## 156 C ################### 157 G ################ 158 A ################ 159 C ############# 160 T ############## 161 C ############ 162 A ############ 163 C ################## 164 T ############ 165 A ############ 166 T ######### 167 A ########### 168 G ###### 169 G ##### 170 G ##### 171 C ### 172 G ### 173 A #### 174 A ### 175 T ### 176 T ### 177 G ## 178 G ### 179 G ##### 180 C # 181 C ## 182 C #### 183 G #### 184 A #### 185 C ##### 186 G ####### 187 T ##### 188 C ############## 189 G ############ 190 C ############# 191 A ################## 192 T ####################################### 193 G ###################################### 194 C ################################### 195 T ############################################ 196 C ##################### 197 C #################################################################################################### 198 T ###################################################### 199 C ####################################################### 200 T ############################################### 201 A ################################################ 202 G ######################################### 203 A ############################## 204 C ########################### 205 T ############################################## 206 C ############################################## 207 G ############################## 208 A #################### 209 G ############### 210 G ################# 211 A ######## 212 A ####### 213 T ## 214 T ### 215 C ### 216 G ### 217 G # 218 T ## 219 A ## 220 C ### 221 C ### 222 C 223 C ### 224 C ## 225 G # 226 T # 227 A # 228 T # 229 C ## 230 A ## 231 C ## 232 C ## 233 G ## 234 G ## 235 C ## 236 G ## 237 G ## 238 T ## 239 G ## 240 A ### 241 T # 242 A ## 243 C # 244 G ### 245 A ### 246 A ## 247 T 248 T ## 249 C ### 250 G ### 251 T ### 252 A ## 253 T ### 254 C ## 255 C ### 256 C ### 257 T ### 258 T ### 259 C ##### 260 G #### 261 G ###### 262 T ##### 263 G #### 264 A #### 265 T ### 266 A ##### 267 C ### 268 G ###### 269 C 270 T ###### 271 A ##### 272 G #### 273 G ### 274 G 275 G ###### 276 T ##### 277 T ###### 278 C 279 G ###### 280 C #### 281 G ### 282 T ## 283 A ## 284 T #### 285 C ### 286 A #### 287 C #### 288 C ####### 289 G ##### 290 C ## 291 C ### 292 G ### 293 G ##### 294 T ## 295 G #### 296 A ### 297 T 298 A ## 299 C ## 300 G ### 301 C ##### 302 G #### 303 A 304 A ### 305 A ## 306 T ##### 307 C ## 308 G ###### Length from 3'-end 252 A ### 251 C # 250 G # 249 A # 248 C 247 G ## 246 G ## 245 C ## 244 C ## 243 A ## 242 G ### 241 T ##### 240 G ####### 239 A ############ 238 A ################# 237 T ##################### 236 T ################### 235 G ################################# 234 T ############################### 233 A ########################### 232 A ################################### 231 T ######################### 230 A ############################## 229 C ################### 228 G ################ 227 A ################ 226 C ############# 225 T ############## 224 C ############ 223 A ############ 222 C ################## 221 T ############ 220 A ############ 219 T ######### 218 A ########### 217 G ###### 216 G ##### 215 G ##### 214 C ### 213 G ### 212 A #### 211 A ### 210 T ### 209 T ### 208 G ## 207 G ### 206 G ##### 205 C # 204 C ## 203 C #### 202 G #### 201 A #### 200 C ##### 199 G ####### 198 T ##### 197 C ############## 196 G ############ 195 C ############# 194 A ################## 193 T ####################################### 192 G ###################################### 191 C ################################### 190 T ############################################ 189 C ##################### 188 C #################################################################################################### 187 T ###################################################### 186 C ####################################################### 185 T ############################################### 184 A ################################################ 183 G ######################################### 182 A ############################## 181 C ########################### 180 T ############################################## 179 C ############################################## 178 G ############################## 177 A #################### 176 G ############### 175 G ################# 174 A ######## 173 A ####### 172 T ## 171 T ### 170 C ### 169 G ### 168 G # 167 T ## 166 A ## 165 C ### 164 C ### 163 C 162 C ### 161 C ## 160 G # 159 T # 158 A # 157 T # 156 C ## 155 A ## 154 C ## 153 C ## 152 G ## 151 G ## 150 C ## 149 G ## 148 G ## 147 T ## 146 G ## 145 A ### 144 T # 143 A ## 142 C # 141 G ### 140 A ### 139 A ## 138 T 137 T ## 136 C ### 135 G ### 134 T ### 133 A ## 132 T ### 131 C ## 130 C ### 129 C ### 128 T ### 127 T ### 126 C ##### 125 G #### 124 G ###### 123 T ##### 122 G #### 121 A #### 120 T ### 119 A ##### 118 C ### 117 G ###### 116 C 115 T ###### 114 A ##### 113 G #### 112 G ### 111 G 110 G ###### 109 T ##### 108 T ###### 107 C 106 G ###### 105 C #### 104 G ### 103 T ## 102 A ## 101 T #### 100 C ### 99 A #### 98 C #### 97 C ####### 96 G ##### 95 C ## 94 C ### 93 G ### 92 G ##### 91 T ## 90 G #### 89 A ### 88 T 87 A ## 86 C ## 85 G ### 84 C ##### 83 G #### 82 A 81 A ### 80 A ## 79 T ##### 78 C ## 77 G ###### Length from nick -20 A ### -19 C # -18 G # -17 A # -16 C -15 G ## -14 G ## -13 C ## -12 C ## -11 A ## -10 G ### -9 T ##### -8 G ####### -7 A ############ -6 A ################# -5 T ##################### -4 T ################### -3 G ################################# -2 T ############################### -1 A ########################### 1 A ################################### 2 T ######################### 3 A ############################## 4 C ################### 5 G ################ 6 A ################ 7 C ############# 8 T ############## 9 C ############ 10 A ############ 11 C ################## 12 T ############ 13 A ############ 14 T ######### 15 A ########### 16 G ###### 17 G ##### 18 G ##### 19 C ### 20 G ### 21 A #### 22 A ### 23 T ### 24 T ### 25 G ## 26 G ### 27 G ##### 28 C # 29 C ## 30 C #### 31 G #### 32 A #### 33 C ##### 34 G ####### 35 T ##### 36 C ############## 37 G ############ 38 C ############# 39 A ################## 40 T ####################################### 41 G ###################################### 42 C ################################### 43 T ############################################ 44 C ##################### 45 C #################################################################################################### 46 T ###################################################### 47 C ####################################################### 48 T ############################################### 49 A ################################################ 50 G ######################################### 51 A ############################## 52 C ########################### 53 T ############################################## 54 C ############################################## 55 G ############################## 56 A #################### 57 G ############### 58 G ################# 59 A ######## 60 A ####### 61 T ## 62 T ### 63 C ### 64 G ### 65 G # 66 T ## 67 A ## 68 C ### 69 C ### 70 C 71 C ### 72 C ## 73 G # 74 T # 75 A # 76 T # 77 C ## 78 A ## 79 C ## 80 C ## 81 G ## 82 G ## 83 C ## 84 G ## 85 G ## 86 T ## 87 G ## 88 A ### 89 T # 90 A ## 91 C # 92 G ### 93 A ### 94 A ## 95 T 96 T ## 97 C ### 98 G ### 99 T ### 100 A ## 101 T ### 102 C ## 103 C ### 104 C ### 105 T ### 106 T ### 107 C ##### 108 G #### 109 G ###### 110 T ##### 111 G #### 112 A #### 113 T ### 114 A ##### 115 C ### 116 G ###### 117 C 118 T ###### 119 A ##### 120 G #### 121 G ### 122 G 123 G ###### 124 T ##### 125 T ###### 126 C 127 G ###### 128 C #### 129 G ### 130 T ## 131 A ## 132 T #### 133 C ### 134 A #### 135 C #### 136 C ####### 137 G ##### 138 C ## 139 C ### 140 G ### 141 G ##### 142 T ## 143 G #### 144 A ### 145 T 146 A ## 147 C ## 148 G ### 149 C ##### 150 G #### 151 A 152 A ### 153 A ## 154 T ##### 155 C ## 156 G ###### Name of gel and number of scan = No65 def.193 - 4 sec Name of sequence = Clon No 1670 Number of lanes = 11 Lane for analysis = 4 Number of analysing nucleotide = 241 First analysing nucleotide = 142 3'-nucleotide before nik = 197 5'-AGGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGCTATTACGCCAGCTGGCGAAAGGGGGATGTGCTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTGGGCCCGACGTCGCATGCTCCTCTAGACTCGAGGAATTCGGTACCCCCGTATCACCGGCGGTGATACGAATTCGTATCCCTTCGGTGATACGCTAGGGGTTCGCGTATCACCGCCGGTGATACGCGAAATCCTATCACCGCAAGGGATACCGGTATCCCTTGCGGTGATAGGGGTATCCCTTGCGGTGATAGGGGTATCACCGCGGTGATAGG0 Length of fragment = 389 P(K)=P(K)/100 142 A 736 143 G 136 144 T 290 145 G 99 146 A 780 147 A 362 148 T 317 149 T 272 150 G 240 151 T 481 152 A 721 153 A 646 154 T 821 155 A 870 156 C 1178 157 G 1391 158 A 906 159 C 1121 160 T 734 161 C 841 162 A 1161 163 C 773 164 T 541 165 A 817 166 T 727 167 A 481 168 G 332 169 G 366 170 G 268 171 C 308 172 G 365 173 A 192 174 A 234 175 T 227 176 T 168 177 G 200 178 G 163 179 G 242 180 C 279 181 C 222 182 C 343 183 G 298 184 A 199 185 C 260 186 G 335 187 T 687 188 C 619 189 G 710 190 C 681 191 A 852 192 T 716 193 G 1666 194 C 1025 195 T 1454 196 C 1726 197 C 1407 198 T 1930 199 C 1929 200 T 1811 201 A 1593 202 G 1644 203 A 955 204 C 1122 205 T 610 206 C 754 207 G 408 208 A 430 209 G 676 210 G 559 211 A 366 212 A 413 213 T 290 214 T 278 215 C 195 216 G 63 217 G 228 218 T 230 219 A 197 220 C 295 221 C 230 222 C 227 223 C 244 224 C 217 225 G 228 226 T 213 227 A 241 228 T 244 229 C 186 230 A 216 231 C 298 232 C 257 233 G 165 234 G 256 235 C 252 236 G 110 237 G 198 238 T 234 239 G 232 240 A 291 241 T 260 242 A 243 243 C 299 244 G 240 245 A 262 246 A 232 247 T 214 248 T 170 249 C 237 250 G 288 251 T 210 252 A 238 253 T 271 254 C 236 255 C 212 256 C 250 257 T 257 258 T 263 259 C 278 260 G 233 261 G 233 262 T 282 263 G 293 264 A 225 265 T 240 266 A 261 267 C 297 268 G 268 269 C 252 270 T 198 271 A 248 272 G 321 273 G 328 274 G 272 275 G 262 276 T 270 277 T 284 278 C 237 279 G 375 280 C 283 281 G 315 282 T 311 283 A 319 284 T 285 285 C 326 286 A 295 287 C 369 288 C 374 289 G 331 290 C 337 291 C 342 292 G 371 293 G 367 294 T 373 295 G 396 296 A 315 297 T 352 298 A 356 299 C 438 300 G 376 301 C 360 302 G 346 303 A 359 304 A 356 305 A 327 306 T 303 307 C 344 308 C 328 309 T 315 310 A 349 311 T 360 312 C 396 313 A 309 314 C 276 315 C 402 316 G 365 317 C 362 318 A 331 319 A 327 320 G 369 321 G 366 322 G 365 323 A 321 324 T 343 325 A 331 326 C 382 327 C 368 328 G 322 329 G 408 330 T 412 331 A 304 332 T 348 333 C 352 334 C 331 335 C 364 336 T 353 337 T 359 338 G 391 339 C 395 340 G 429 341 G 357 342 T 347 343 G 440 344 A 313 345 T 373 346 A 349 347 G 352 348 G 382 349 G 397 350 G 375 351 T 381 352 A 309 353 T 317 354 C 371 355 C 328 356 C 371 357 T 330 358 T 377 359 G 368 360 C 373 361 G 382 362 G 354 363 T 354 364 G 403 365 A 307 366 T 364 367 A 372 368 G 415 369 G 423 370 G 433 371 G 401 372 T 330 373 A 394 374 T 350 375 C 409 376 A 339 377 C 300 378 C 373 379 G 334 380 C 415 381 G 444 382 G 675 MAX = 1930 MIN = 63 Length from 5'-end 142 A ################################## 143 G ### 144 T ########### 145 G # 146 A ##################################### 147 A ############### 148 T ############# 149 T ########## 150 G ######### 151 T ##################### 152 A ################################## 153 A ############################## 154 T ####################################### 155 A ######################################### 156 C ######################################################### 157 G #################################################################### 158 A ########################################### 159 C ###################################################### 160 T ################################## 161 C ######################################## 162 A ######################################################## 163 C #################################### 164 T ######################## 165 A ####################################### 166 T ################################## 167 A ##################### 168 G ############# 169 G ############### 170 G ########## 171 C ############ 172 G ############### 173 A ###### 174 A ######## 175 T ######## 176 T ##### 177 G ####### 178 G ##### 179 G ######### 180 C ########### 181 C ######## 182 C ############## 183 G ############ 184 A ####### 185 C ########## 186 G ############## 187 T ################################ 188 C ############################ 189 G ################################# 190 C ################################ 191 A ######################################## 192 T ################################# 193 G ################################################################################### 194 C ################################################# 195 T ######################################################################## 196 C ###################################################################################### 197 C ##################################################################### 198 T ################################################################################################ 199 C ################################################################################################ 200 T ########################################################################################## 201 A ############################################################################### 202 G ################################################################################# 203 A ############################################## 204 C ###################################################### 205 T ############################ 206 C ################################### 207 G ################# 208 A ################### 209 G ############################### 210 G ######################### 211 A ############### 212 A ################## 213 T ########### 214 T ########### 215 C ###### 216 G 217 G ######## 218 T ######## 219 A ###### 220 C ############ 221 C ######## 222 C ######## 223 C ######### 224 C ####### 225 G ######## 226 T ####### 227 A ######### 228 T ######### 229 C ###### 230 A ####### 231 C ############ 232 C ########## 233 G ##### 234 G ########## 235 C ######### 236 G ## 237 G ###### 238 T ######## 239 G ######## 240 A ########### 241 T ########## 242 A ######### 243 C ############ 244 G ######### 245 A ########## 246 A ######## 247 T ####### 248 T ##### 249 C ######### 250 G ########### 251 T ####### 252 A ######### 253 T ########## 254 C ######## 255 C ####### 256 C ######### 257 T ########## 258 T ########## 259 C ########### 260 G ######## 261 G ######## 262 T ########### 263 G ########### 264 A ######## 265 T ######### 266 A ########## 267 C ############ 268 G ########## 269 C ######### 270 T ###### 271 A ######### 272 G ############# 273 G ############# 274 G ########## 275 G ########## 276 T ########## 277 T ########### 278 C ######### 279 G ################ 280 C ########### 281 G ############# 282 T ############ 283 A ############# 284 T ########### 285 C ############# 286 A ############ 287 C ############### 288 C ################ 289 G ############# 290 C ############## 291 C ############## 292 G ############### 293 G ############### 294 T ################ 295 G ################# 296 A ############# 297 T ############## 298 A ############### 299 C ################### 300 G ################ 301 C ############### 302 G ############## 303 A ############### 304 A ############### 305 A ############# 306 T ############ 307 C ############## 308 C ############# 309 T ############# 310 A ############## 311 T ############### 312 C ################# 313 A ############ 314 C ########### 315 C ################# 316 G ############### 317 C ############### 318 A ############# 319 A ############# 320 G ############### 321 G ############### 322 G ############### 323 A ############# 324 T ############## 325 A ############# 326 C ################ 327 C ############### 328 G ############# 329 G ################# 330 T ################## 331 A ############ 332 T ############## 333 C ############## 334 C ############# 335 C ############### 336 T ############### 337 T ############### 338 G ################ 339 C ################# 340 G ################## 341 G ############### 342 T ############## 343 G ################### 344 A ############ 345 T ################ 346 A ############## 347 G ############## 348 G ################ 349 G ################# 350 G ################ 351 T ################ 352 A ############ 353 T ############# 354 C ############### 355 C ############# 356 C ############### 357 T ############# 358 T ################ 359 G ############### 360 C ################ 361 G ################ 362 G ############### 363 T ############### 364 G ################# 365 A ############ 366 T ############### 367 A ################ 368 G ################## 369 G ################## 370 G ################### 371 G ################# 372 T ############# 373 A ################# 374 T ############## 375 C ################# 376 A ############## 377 C ############ 378 C ################ 379 G ############## 380 C ################## 381 G ################### 382 G ############################### Length from 3'-end 248 A ################################## 247 G ### 246 T ########### 245 G # 244 A ##################################### 243 A ############### 242 T ############# 241 T ########## 240 G ######### 239 T ##################### 238 A ################################## 237 A ############################## 236 T ####################################### 235 A ######################################### 234 C ######################################################### 233 G #################################################################### 232 A ########################################### 231 C ###################################################### 230 T ################################## 229 C ######################################## 228 A ######################################################## 227 C #################################### 226 T ######################## 225 A ####################################### 224 T ################################## 223 A ##################### 222 G ############# 221 G ############### 220 G ########## 219 C ############ 218 G ############### 217 A ###### 216 A ######## 215 T ######## 214 T ##### 213 G ####### 212 G ##### 211 G ######### 210 C ########### 209 C ######## 208 C ############## 207 G ############ 206 A ####### 205 C ########## 204 G ############## 203 T ################################ 202 C ############################ 201 G ################################# 200 C ################################ 199 A ######################################## 198 T ################################# 197 G ################################################################################### 196 C ################################################# 195 T ######################################################################## 194 C ###################################################################################### 193 C ##################################################################### 192 T ################################################################################################ 191 C ################################################################################################ 190 T ########################################################################################## 189 A ############################################################################### 188 G ################################################################################# 187 A ############################################## 186 C ###################################################### 185 T ############################ 184 C ################################### 183 G ################# 182 A ################### 181 G ############################### 180 G ######################### 179 A ############### 178 A ################## 177 T ########### 176 T ########### 175 C ###### 174 G 173 G ######## 172 T ######## 171 A ###### 170 C ############ 169 C ######## 168 C ######## 167 C ######### 166 C ####### 165 G ######## 164 T ####### 163 A ######### 162 T ######### 161 C ###### 160 A ####### 159 C ############ 158 C ########## 157 G ##### 156 G ########## 155 C ######### 154 G ## 153 G ###### 152 T ######## 151 G ######## 150 A ########### 149 T ########## 148 A ######### 147 C ############ 146 G ######### 145 A ########## 144 A ######## 143 T ####### 142 T ##### 141 C ######### 140 G ########### 139 T ####### 138 A ######### 137 T ########## 136 C ######## 135 C ####### 134 C ######### 133 T ########## 132 T ########## 131 C ########### 130 G ######## 129 G ######## 128 T ########### 127 G ########### 126 A ######## 125 T ######### 124 A ########## 123 C ############ 122 G ########## 121 C ######### 120 T ###### 119 A ######### 118 G ############# 117 G ############# 116 G ########## 115 G ########## 114 T ########## 113 T ########### 112 C ######### 111 G ################ 110 C ########### 109 G ############# 108 T ############ 107 A ############# 106 T ########### 105 C ############# 104 A ############ 103 C ############### 102 C ################ 101 G ############# 100 C ############## 99 C ############## 98 G ############### 97 G ############### 96 T ################ 95 G ################# 94 A ############# 93 T ############## 92 A ############### 91 C ################### 90 G ################ 89 C ############### 88 G ############## 87 A ############### 86 A ############### 85 A ############# 84 T ############ 83 C ############## 82 C ############# 81 T ############# 80 A ############## 79 T ############### 78 C ################# 77 A ############ 76 C ########### 75 C ################# 74 G ############### 73 C ############### 72 A ############# 71 A ############# 70 G ############### 69 G ############### 68 G ############### 67 A ############# 66 T ############## 65 A ############# 64 C ################ 63 C ############### 62 G ############# 61 G ################# 60 T ################## 59 A ############ 58 T ############## 57 C ############## 56 C ############# 55 C ############### 54 T ############### 53 T ############### 52 G ################ 51 C ################# 50 G ################## 49 G ############### 48 T ############## 47 G ################### 46 A ############ 45 T ################ 44 A ############## 43 G ############## 42 G ################ 41 G ################# 40 G ################ 39 T ################ 38 A ############ 37 T ############# 36 C ############### 35 C ############# 34 C ############### 33 T ############# 32 T ################ 31 G ############### 30 C ################ 29 G ################ 28 G ############### 27 T ############### 26 G ################# 25 A ############ 24 T ############### 23 A ################ 22 G ################## 21 G ################## 20 G ################### 19 G ################# 18 T ############# 17 A ################# 16 T ############## 15 C ################# 14 A ############## 13 C ############ 12 C ################ 11 G ############## 10 C ################## 9 G ################### 8 G ############################### Length from nick -56 A ################################## -55 G ### -54 T ########### -53 G # -52 A ##################################### -51 A ############### -50 T ############# -49 T ########## -48 G ######### -47 T ##################### -46 A ################################## -45 A ############################## -44 T ####################################### -43 A ######################################### -42 C ######################################################### -41 G #################################################################### -40 A ########################################### -39 C ###################################################### -38 T ################################## -37 C ######################################## -36 A ######################################################## -35 C #################################### -34 T ######################## -33 A ####################################### -32 T ################################## -31 A ##################### -30 G ############# -29 G ############### -28 G ########## -27 C ############ -26 G ############### -25 A ###### -24 A ######## -23 T ######## -22 T ##### -21 G ####### -20 G ##### -19 G ######### -18 C ########### -17 C ######## -16 C ############## -15 G ############ -14 A ####### -13 C ########## -12 G ############## -11 T ################################ -10 C ############################ -9 G ################################# -8 C ################################ -7 A ######################################## -6 T ################################# -5 G ################################################################################### -4 C ################################################# -3 T ######################################################################## -2 C ###################################################################################### -1 C ##################################################################### 1 T ################################################################################################ 2 C ################################################################################################ 3 T ########################################################################################## 4 A ############################################################################### 5 G ################################################################################# 6 A ############################################## 7 C ###################################################### 8 T ############################ 9 C ################################### 10 G ################# 11 A ################### 12 G ############################### 13 G ######################### 14 A ############### 15 A ################## 16 T ########### 17 T ########### 18 C ###### 19 G 20 G ######## 21 T ######## 22 A ###### 23 C ############ 24 C ######## 25 C ######## 26 C ######### 27 C ####### 28 G ######## 29 T ####### 30 A ######### 31 T ######### 32 C ###### 33 A ####### 34 C ############ 35 C ########## 36 G ##### 37 G ########## 38 C ######### 39 G ## 40 G ###### 41 T ######## 42 G ######## 43 A ########### 44 T ########## 45 A ######### 46 C ############ 47 G ######### 48 A ########## 49 A ######## 50 T ####### 51 T ##### 52 C ######### 53 G ########### 54 T ####### 55 A ######### 56 T ########## 57 C ######## 58 C ####### 59 C ######### 60 T ########## 61 T ########## 62 C ########### 63 G ######## 64 G ######## 65 T ########### 66 G ########### 67 A ######## 68 T ######### 69 A ########## 70 C ############ 71 G ########## 72 C ######### 73 T ###### 74 A ######### 75 G ############# 76 G ############# 77 G ########## 78 G ########## 79 T ########## 80 T ########### 81 C ######### 82 G ################ 83 C ########### 84 G ############# 85 T ############ 86 A ############# 87 T ########### 88 C ############# 89 A ############ 90 C ############### 91 C ################ 92 G ############# 93 C ############## 94 C ############## 95 G ############### 96 G ############### 97 T ################ 98 G ################# 99 A ############# 100 T ############## 101 A ############### 102 C ################### 103 G ################ 104 C ############### 105 G ############## 106 A ############### 107 A ############### 108 A ############# 109 T ############ 110 C ############## 111 C ############# 112 T ############# 113 A ############## 114 T ############### 115 C ################# 116 A ############ 117 C ########### 118 C ################# 119 G ############### 120 C ############### 121 A ############# 122 A ############# 123 G ############### 124 G ############### 125 G ############### 126 A ############# 127 T ############## 128 A ############# 129 C ################ 130 C ############### 131 G ############# 132 G ################# 133 T ################## 134 A ############ 135 T ############## 136 C ############## 137 C ############# 138 C ############### 139 T ############### 140 T ############### 141 G ################ 142 C ################# 143 G ################## 144 G ############### 145 T ############## 146 G ################### 147 A ############ 148 T ################ 149 A ############## 150 G ############## 151 G ################ 152 G ################# 153 G ################ 154 T ################ 155 A ############ 156 T ############# 157 C ############### 158 C ############# 159 C ############### 160 T ############# 161 T ################ 162 G ############### 163 C ################ 164 G ################ 165 G ############### 166 T ############### 167 G ################# 168 A ############ 169 T ############### 170 A ################ 171 G ################## 172 G ################## 173 G ################### 174 G ################# 175 T ############# 176 A ################# 177 T ############## 178 C ################# 179 A ############## 180 C ############ 181 C ################ 182 G ############## 183 C ################## 184 G ################### 185 G ############################### Name of gel and number of scan = No65 def.193 - 8 sec Name of sequence = Clon No 1670 Number of lanes = 11 Lane for analysis = 5 Number of analysing nucleotide = 241 First analysing nucleotide = 142 3'-nucleotide before nik = 197 5'-AGGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGCTATTACGCCAGCTGGCGAAAGGGGGATGTGCTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTGGGCCCGACGTCGCATGCTCCTCTAGACTCGAGGAATTCGGTACCCCCGTATCACCGGCGGTGATACGAATTCGTATCCCTTCGGTGATACGCTAGGGGTTCGCGTATCACCGCCGGTGATACGCGAAATCCTATCACCGCAAGGGATACCGGTATCCCTTGCGGTGATAGGGGTATCCCTTGCGGTGATAGGGGTATCACCGCGGTGATAGG0 Length of fragment = 389 P(K)=P(K)/100 142 A 1402 143 G 16 144 T 4616 145 G 33 146 A 1072 147 A 526 148 T 531 149 T 786 150 G 637 151 T 686 152 A 2085 153 A 2540 154 T 3333 155 A 2884 156 C 4892 157 G 6555 158 A 3711 159 C 3809 160 T 3715 161 C 3711 162 A 4298 163 C 1632 164 T 1543 165 A 3115 166 T 1847 167 A 1291 168 G 594 169 G 890 170 G 530 171 C 539 172 G 602 173 A 662 174 A 530 175 T 305 176 T 334 177 G 239 178 G 447 179 G 310 180 C 515 181 C 556 182 C 599 183 G 565 184 A 400 185 C 684 186 G 911 187 T 1369 188 C 1569 189 G 2846 190 C 2421 191 A 2483 192 T 2896 193 G 1612 194 C 2752 195 T 7478 196 C 2409 197 C 6377 198 T 7601 199 C 17626 200 T 8028 201 A 6738 202 G 4632 203 A 2658 204 C 4722 205 T 3350 206 C 2874 207 G 2378 208 A 1526 209 G 1393 210 G 1153 211 A 815 212 A 924 213 T 535 214 T 599 215 C 580 216 G 166 217 G 225 218 T 672 219 A 448 220 C 591 221 C 447 222 C 428 223 C 451 224 C 430 225 G 299 226 T 588 227 A 529 228 T 493 229 C 487 230 A 459 231 C 565 232 C 466 233 G 359 234 G 344 235 C 520 236 G 105 237 G 485 238 T 376 239 G 392 240 A 850 241 T 521 242 A 528 243 C 480 244 G 613 245 A 402 246 A 368 247 T 325 248 T 577 249 C 418 250 G 460 251 T 454 252 A 474 253 T 478 254 C 470 255 C 449 256 C 468 257 T 499 258 T 444 259 C 753 260 G 520 261 G 486 262 T 536 263 G 546 264 A 556 265 T 500 266 A 510 267 C 659 268 G 596 269 C 539 270 T 484 271 A 562 272 G 539 273 G 630 274 G 606 275 G 557 276 T 526 277 T 579 278 C 294 279 G 1170 280 C 621 281 G 629 282 T 600 283 A 589 284 T 675 285 C 623 286 A 444 287 C 759 288 C 814 289 G 626 290 C 594 291 C 764 292 G 645 293 G 729 294 T 654 295 G 1020 296 A 410 297 T 666 298 A 658 299 C 680 300 G 691 301 C 782 302 G 616 303 A 593 304 A 761 305 A 579 306 T 558 307 C 625 308 C 708 309 T 670 310 A 609 311 T 624 312 C 985 313 A 469 314 C 704 315 C 883 316 G 635 317 C 947 318 A 811 319 A 604 320 G 687 321 G 644 322 G 652 323 A 544 324 T 779 325 A 586 326 C 758 327 C 751 328 G 632 329 G 730 330 T 780 331 A 539 332 T 676 333 C 660 334 C 681 335 C 697 336 T 678 337 T 650 338 G 785 339 C 785 340 G 707 341 G 652 342 T 648 343 G 890 344 A 507 345 T 667 346 A 583 347 G 695 348 G 629 349 G 727 350 G 586 351 T 677 352 A 596 353 T 529 354 C 699 355 C 588 356 C 576 357 T 576 358 T 588 359 G 736 360 C 642 361 G 647 362 G 622 363 T 478 364 G 828 365 A 431 366 T 628 367 A 612 368 G 649 369 G 590 370 G 664 371 G 642 372 T 552 373 A 583 374 T 484 375 C 716 376 A 493 377 C 501 378 C 563 379 G 489 380 C 593 381 G 628 382 G 1199 MAX = 17626 MIN = 16 Length from 5'-end 142 A ####### 143 G 144 T ########################## 145 G 146 A ##### 147 A ## 148 T ## 149 T #### 150 G ### 151 T ### 152 A ########### 153 A ############## 154 T ################## 155 A ################ 156 C ########################### 157 G ##################################### 158 A #################### 159 C ##################### 160 T #################### 161 C #################### 162 A ######################## 163 C ######### 164 T ######## 165 A ################# 166 T ########## 167 A ####### 168 G ### 169 G #### 170 G ## 171 C ## 172 G ### 173 A ### 174 A ## 175 T # 176 T # 177 G # 178 G ## 179 G # 180 C ## 181 C ### 182 C ### 183 G ### 184 A ## 185 C ### 186 G ##### 187 T ####### 188 C ######## 189 G ################ 190 C ############# 191 A ############# 192 T ################ 193 G ######### 194 C ############### 195 T ########################################## 196 C ############# 197 C #################################### 198 T ########################################### 199 C ################################################################################################### 200 T ############################################# 201 A ###################################### 202 G ########################## 203 A ############## 204 C ########################## 205 T ################## 206 C ################ 207 G ############# 208 A ######## 209 G ####### 210 G ###### 211 A #### 212 A ##### 213 T ## 214 T ### 215 C ### 216 G 217 G # 218 T ### 219 A ## 220 C ### 221 C ## 222 C ## 223 C ## 224 C ## 225 G # 226 T ### 227 A ## 228 T ## 229 C ## 230 A ## 231 C ### 232 C ## 233 G # 234 G # 235 C ## 236 G 237 G ## 238 T ## 239 G ## 240 A #### 241 T ## 242 A ## 243 C ## 244 G ### 245 A ## 246 A # 247 T # 248 T ### 249 C ## 250 G ## 251 T ## 252 A ## 253 T ## 254 C ## 255 C ## 256 C ## 257 T ## 258 T ## 259 C #### 260 G ## 261 G ## 262 T ## 263 G ### 264 A ### 265 T ## 266 A ## 267 C ### 268 G ### 269 C ## 270 T ## 271 A ### 272 G ## 273 G ### 274 G ### 275 G ### 276 T ## 277 T ### 278 C # 279 G ###### 280 C ### 281 G ### 282 T ### 283 A ### 284 T ### 285 C ### 286 A ## 287 C #### 288 C #### 289 G ### 290 C ### 291 C #### 292 G ### 293 G #### 294 T ### 295 G ##### 296 A ## 297 T ### 298 A ### 299 C ### 300 G ### 301 C #### 302 G ### 303 A ### 304 A #### 305 A ### 306 T ### 307 C ### 308 C ### 309 T ### 310 A ### 311 T ### 312 C ##### 313 A ## 314 C ### 315 C #### 316 G ### 317 C ##### 318 A #### 319 A ### 320 G ### 321 G ### 322 G ### 323 A ## 324 T #### 325 A ### 326 C #### 327 C #### 328 G ### 329 G #### 330 T #### 331 A ## 332 T ### 333 C ### 334 C ### 335 C ### 336 T ### 337 T ### 338 G #### 339 C #### 340 G ### 341 G ### 342 T ### 343 G #### 344 A ## 345 T ### 346 A ### 347 G ### 348 G ### 349 G #### 350 G ### 351 T ### 352 A ### 353 T ## 354 C ### 355 C ### 356 C ### 357 T ### 358 T ### 359 G #### 360 C ### 361 G ### 362 G ### 363 T ## 364 G #### 365 A ## 366 T ### 367 A ### 368 G ### 369 G ### 370 G ### 371 G ### 372 T ### 373 A ### 374 T ## 375 C ### 376 A ## 377 C ## 378 C ### 379 G ## 380 C ### 381 G ### 382 G ###### Length from 3'-end 248 A ####### 247 G 246 T ########################## 245 G 244 A ##### 243 A ## 242 T ## 241 T #### 240 G ### 239 T ### 238 A ########### 237 A ############## 236 T ################## 235 A ################ 234 C ########################### 233 G ##################################### 232 A #################### 231 C ##################### 230 T #################### 229 C #################### 228 A ######################## 227 C ######### 226 T ######## 225 A ################# 224 T ########## 223 A ####### 222 G ### 221 G #### 220 G ## 219 C ## 218 G ### 217 A ### 216 A ## 215 T # 214 T # 213 G # 212 G ## 211 G # 210 C ## 209 C ### 208 C ### 207 G ### 206 A ## 205 C ### 204 G ##### 203 T ####### 202 C ######## 201 G ################ 200 C ############# 199 A ############# 198 T ################ 197 G ######### 196 C ############### 195 T ########################################## 194 C ############# 193 C #################################### 192 T ########################################### 191 C ################################################################################################### 190 T ############################################# 189 A ###################################### 188 G ########################## 187 A ############## 186 C ########################## 185 T ################## 184 C ################ 183 G ############# 182 A ######## 181 G ####### 180 G ###### 179 A #### 178 A ##### 177 T ## 176 T ### 175 C ### 174 G 173 G # 172 T ### 171 A ## 170 C ### 169 C ## 168 C ## 167 C ## 166 C ## 165 G # 164 T ### 163 A ## 162 T ## 161 C ## 160 A ## 159 C ### 158 C ## 157 G # 156 G # 155 C ## 154 G 153 G ## 152 T ## 151 G ## 150 A #### 149 T ## 148 A ## 147 C ## 146 G ### 145 A ## 144 A # 143 T # 142 T ### 141 C ## 140 G ## 139 T ## 138 A ## 137 T ## 136 C ## 135 C ## 134 C ## 133 T ## 132 T ## 131 C #### 130 G ## 129 G ## 128 T ## 127 G ### 126 A ### 125 T ## 124 A ## 123 C ### 122 G ### 121 C ## 120 T ## 119 A ### 118 G ## 117 G ### 116 G ### 115 G ### 114 T ## 113 T ### 112 C # 111 G ###### 110 C ### 109 G ### 108 T ### 107 A ### 106 T ### 105 C ### 104 A ## 103 C #### 102 C #### 101 G ### 100 C ### 99 C #### 98 G ### 97 G #### 96 T ### 95 G ##### 94 A ## 93 T ### 92 A ### 91 C ### 90 G ### 89 C #### 88 G ### 87 A ### 86 A #### 85 A ### 84 T ### 83 C ### 82 C ### 81 T ### 80 A ### 79 T ### 78 C ##### 77 A ## 76 C ### 75 C #### 74 G ### 73 C ##### 72 A #### 71 A ### 70 G ### 69 G ### 68 G ### 67 A ## 66 T #### 65 A ### 64 C #### 63 C #### 62 G ### 61 G #### 60 T #### 59 A ## 58 T ### 57 C ### 56 C ### 55 C ### 54 T ### 53 T ### 52 G #### 51 C #### 50 G ### 49 G ### 48 T ### 47 G #### 46 A ## 45 T ### 44 A ### 43 G ### 42 G ### 41 G #### 40 G ### 39 T ### 38 A ### 37 T ## 36 C ### 35 C ### 34 C ### 33 T ### 32 T ### 31 G #### 30 C ### 29 G ### 28 G ### 27 T ## 26 G #### 25 A ## 24 T ### 23 A ### 22 G ### 21 G ### 20 G ### 19 G ### 18 T ### 17 A ### 16 T ## 15 C ### 14 A ## 13 C ## 12 C ### 11 G ## 10 C ### 9 G ### 8 G ###### Length from nick -56 A ####### -55 G -54 T ########################## -53 G -52 A ##### -51 A ## -50 T ## -49 T #### -48 G ### -47 T ### -46 A ########### -45 A ############## -44 T ################## -43 A ################ -42 C ########################### -41 G ##################################### -40 A #################### -39 C ##################### -38 T #################### -37 C #################### -36 A ######################## -35 C ######### -34 T ######## -33 A ################# -32 T ########## -31 A ####### -30 G ### -29 G #### -28 G ## -27 C ## -26 G ### -25 A ### -24 A ## -23 T # -22 T # -21 G # -20 G ## -19 G # -18 C ## -17 C ### -16 C ### -15 G ### -14 A ## -13 C ### -12 G ##### -11 T ####### -10 C ######## -9 G ################ -8 C ############# -7 A ############# -6 T ################ -5 G ######### -4 C ############### -3 T ########################################## -2 C ############# -1 C #################################### 1 T ########################################### 2 C ################################################################################################### 3 T ############################################# 4 A ###################################### 5 G ########################## 6 A ############## 7 C ########################## 8 T ################## 9 C ################ 10 G ############# 11 A ######## 12 G ####### 13 G ###### 14 A #### 15 A ##### 16 T ## 17 T ### 18 C ### 19 G 20 G # 21 T ### 22 A ## 23 C ### 24 C ## 25 C ## 26 C ## 27 C ## 28 G # 29 T ### 30 A ## 31 T ## 32 C ## 33 A ## 34 C ### 35 C ## 36 G # 37 G # 38 C ## 39 G 40 G ## 41 T ## 42 G ## 43 A #### 44 T ## 45 A ## 46 C ## 47 G ### 48 A ## 49 A # 50 T # 51 T ### 52 C ## 53 G ## 54 T ## 55 A ## 56 T ## 57 C ## 58 C ## 59 C ## 60 T ## 61 T ## 62 C #### 63 G ## 64 G ## 65 T ## 66 G ### 67 A ### 68 T ## 69 A ## 70 C ### 71 G ### 72 C ## 73 T ## 74 A ### 75 G ## 76 G ### 77 G ### 78 G ### 79 T ## 80 T ### 81 C # 82 G ###### 83 C ### 84 G ### 85 T ### 86 A ### 87 T ### 88 C ### 89 A ## 90 C #### 91 C #### 92 G ### 93 C ### 94 C #### 95 G ### 96 G #### 97 T ### 98 G ##### 99 A ## 100 T ### 101 A ### 102 C ### 103 G ### 104 C #### 105 G ### 106 A ### 107 A #### 108 A ### 109 T ### 110 C ### 111 C ### 112 T ### 113 A ### 114 T ### 115 C ##### 116 A ## 117 C ### 118 C #### 119 G ### 120 C ##### 121 A #### 122 A ### 123 G ### 124 G ### 125 G ### 126 A ## 127 T #### 128 A ### 129 C #### 130 C #### 131 G ### 132 G #### 133 T #### 134 A ## 135 T ### 136 C ### 137 C ### 138 C ### 139 T ### 140 T ### 141 G #### 142 C #### 143 G ### 144 G ### 145 T ### 146 G #### 147 A ## 148 T ### 149 A ### 150 G ### 151 G ### 152 G #### 153 G ### 154 T ### 155 A ### 156 T ## 157 C ### 158 C ### 159 C ### 160 T ### 161 T ### 162 G #### 163 C ### 164 G ### 165 G ### 166 T ## 167 G #### 168 A ## 169 T ### 170 A ### 171 G ### 172 G ### 173 G ### 174 G ### 175 T ### 176 A ### 177 T ## 178 C ### 179 A ## 180 C ## 181 C ### 182 G ## 183 C ### 184 G ### 185 G ###### Name of gel and number of scan = No65 def.193 - 16 sec Name of sequence = Clon No 1670 Number of lanes = 11 Lane for analysis = 6 Number of analysing nucleotide = 241 First analysing nucleotide = 142 3'-nucleotide before nik = 197 5'-AGGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGCTATTACGCCAGCTGGCGAAAGGGGGATGTGCTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTGGGCCCGACGTCGCATGCTCCTCTAGACTCGAGGAATTCGGTACCCCCGTATCACCGGCGGTGATACGAATTCGTATCCCTTCGGTGATACGCTAGGGGTTCGCGTATCACCGCCGGTGATACGCGAAATCCTATCACCGCAAGGGATACCGGTATCCCTTGCGGTGATAGGGGTATCCCTTGCGGTGATAGGGGTATCACCGCGGTGATAGG0 Length of fragment = 389 P(K)=P(K)/100 142 A 1295 143 G 569 144 T 743 145 G 626 146 A 881 147 A 773 148 T 839 149 T 1028 150 G 1181 151 T 1406 152 A 1610 153 A 2464 154 T 3195 155 A 3259 156 C 4691 157 G 4399 158 A 4678 159 C 3421 160 T 3434 161 C 2777 162 A 2975 163 C 2487 164 T 2451 165 A 2193 166 T 1870 167 A 1575 168 G 1174 169 G 1105 170 G 938 171 C 864 172 G 695 173 A 572 174 A 500 175 T 543 176 T 475 177 G 642 178 G 416 179 G 663 180 C 537 181 C 580 182 C 582 183 G 693 184 A 901 185 C 840 186 G 1105 187 T 1130 188 C 1078 189 G 2237 190 C 2195 191 A 2456 192 T 2893 193 G 5021 194 C 5297 195 T 5008 196 C 5543 197 C 4867 198 T 6507 199 C 7352 200 T 6859 201 A 5915 202 G 5583 203 A 4053 204 C 3937 205 T 2520 206 C 2568 207 G 2447 208 A 2038 209 G 1771 210 G 1663 211 A 1460 212 A 970 213 T 930 214 T 802 215 C 678 216 G 685 217 G 505 218 T 342 219 A 284 220 C 469 221 C 453 222 C 532 223 C 582 224 C 534 225 G 477 226 T 571 227 A 553 228 T 445 229 C 445 230 A 460 231 C 449 232 C 447 233 G 470 234 G 452 235 C 473 236 G 512 237 G 487 238 T 453 239 G 303 240 A 376 241 T 535 242 A 523 243 C 420 244 G 456 245 A 449 246 A 429 247 T 390 248 T 429 249 C 428 250 G 457 251 T 464 252 A 444 253 T 455 254 C 475 255 C 478 256 C 458 257 T 491 258 T 466 259 C 557 260 G 527 261 G 508 262 T 496 263 G 517 264 A 482 265 T 529 266 A 521 267 C 553 268 G 493 269 C 561 270 T 460 271 A 512 272 G 525 273 G 552 274 G 558 275 G 516 276 T 546 277 T 530 278 C 397 279 G 775 280 C 635 281 G 585 282 T 573 283 A 544 284 T 539 285 C 606 286 A 562 287 C 607 288 C 653 289 G 605 290 C 624 291 C 690 292 G 752 293 G 698 294 T 683 295 G 814 296 A 472 297 T 658 298 A 640 299 C 698 300 G 698 301 C 688 302 G 621 303 A 600 304 A 644 305 A 583 306 T 586 307 C 611 308 C 657 309 T 614 310 A 638 311 T 661 312 C 728 313 A 564 314 C 657 315 C 780 316 G 697 317 C 777 318 A 599 319 A 650 320 G 640 321 G 664 322 G 668 323 A 566 324 T 635 325 A 581 326 C 673 327 C 727 328 G 649 329 G 642 330 T 641 331 A 568 332 T 614 333 C 642 334 C 613 335 C 651 336 T 626 337 T 593 338 G 712 339 C 695 340 G 661 341 G 649 342 T 579 343 G 669 344 A 538 345 T 568 346 A 581 347 G 601 348 G 611 349 G 592 350 G 605 351 T 610 352 A 523 353 T 551 354 C 599 355 C 528 356 C 573 357 T 582 358 T 556 359 G 624 360 C 626 361 G 593 362 G 566 363 T 531 364 G 639 365 A 463 366 T 534 367 A 554 368 G 593 369 G 581 370 G 586 371 G 575 372 T 544 373 A 541 374 T 522 375 C 529 376 A 477 377 C 464 378 C 539 379 G 484 380 C 534 381 G 580 382 G 736 MAX = 7352 MIN = 284 Length from 5'-end 142 A ############# 143 G ### 144 T ###### 145 G #### 146 A ######## 147 A ###### 148 T ####### 149 T ########## 150 G ############ 151 T ############### 152 A ################## 153 A ############################# 154 T ####################################### 155 A ######################################## 156 C ########################################################### 157 G ####################################################### 158 A ########################################################### 159 C ########################################## 160 T ########################################## 161 C ################################# 162 A #################################### 163 C ############################# 164 T ############################# 165 A ######################### 166 T ##################### 167 A ################# 168 G ############ 169 G ########### 170 G ######## 171 C ####### 172 G ##### 173 A ### 174 A ## 175 T ### 176 T ## 177 G #### 178 G # 179 G ##### 180 C ### 181 C #### 182 C #### 183 G ##### 184 A ######## 185 C ####### 186 G ########### 187 T ########### 188 C ########## 189 G ########################## 190 C ######################### 191 A ############################# 192 T ################################### 193 G ################################################################ 194 C #################################################################### 195 T ################################################################ 196 C ####################################################################### 197 C ############################################################## 198 T #################################################################################### 199 C ################################################################################################ 200 T ######################################################################################### 201 A ############################################################################ 202 G ######################################################################## 203 A ################################################### 204 C ################################################# 205 T ############################## 206 C ############################### 207 G ############################# 208 A ####################### 209 G #################### 210 G ################## 211 A ############### 212 A ######### 213 T ######## 214 T ####### 215 C ##### 216 G ##### 217 G ### 218 T 219 A 220 C ## 221 C ## 222 C ### 223 C #### 224 C ### 225 G ## 226 T ### 227 A ### 228 T ## 229 C ## 230 A ## 231 C ## 232 C ## 233 G ## 234 G ## 235 C ## 236 G ### 237 G ## 238 T ## 239 G 240 A # 241 T ### 242 A ### 243 C # 244 G ## 245 A ## 246 A # 247 T # 248 T # 249 C # 250 G ## 251 T ## 252 A ## 253 T ## 254 C ## 255 C ## 256 C ## 257 T ## 258 T ## 259 C ### 260 G ### 261 G ### 262 T ## 263 G ### 264 A ## 265 T ### 266 A ### 267 C ### 268 G ## 269 C ### 270 T ## 271 A ### 272 G ### 273 G ### 274 G ### 275 G ### 276 T ### 277 T ### 278 C # 279 G ###### 280 C #### 281 G #### 282 T ### 283 A ### 284 T ### 285 C #### 286 A ### 287 C #### 288 C ##### 289 G #### 290 C #### 291 C ##### 292 G ###### 293 G ##### 294 T ##### 295 G ####### 296 A ## 297 T ##### 298 A #### 299 C ##### 300 G ##### 301 C ##### 302 G #### 303 A #### 304 A #### 305 A #### 306 T #### 307 C #### 308 C ##### 309 T #### 310 A #### 311 T ##### 312 C ###### 313 A ### 314 C ##### 315 C ###### 316 G ##### 317 C ###### 318 A #### 319 A #### 320 G #### 321 G ##### 322 G ##### 323 A ### 324 T #### 325 A #### 326 C ##### 327 C ###### 328 G #### 329 G #### 330 T #### 331 A ### 332 T #### 333 C #### 334 C #### 335 C #### 336 T #### 337 T #### 338 G ##### 339 C ##### 340 G ##### 341 G #### 342 T #### 343 G ##### 344 A ### 345 T ### 346 A #### 347 G #### 348 G #### 349 G #### 350 G #### 351 T #### 352 A ### 353 T ### 354 C #### 355 C ### 356 C ### 357 T #### 358 T ### 359 G #### 360 C #### 361 G #### 362 G ### 363 T ### 364 G #### 365 A ## 366 T ### 367 A ### 368 G #### 369 G #### 370 G #### 371 G ### 372 T ### 373 A ### 374 T ### 375 C ### 376 A ## 377 C ## 378 C ### 379 G ## 380 C ### 381 G #### 382 G ###### Length from 3'-end 248 A ############# 247 G ### 246 T ###### 245 G #### 244 A ######## 243 A ###### 242 T ####### 241 T ########## 240 G ############ 239 T ############### 238 A ################## 237 A ############################# 236 T ####################################### 235 A ######################################## 234 C ########################################################### 233 G ####################################################### 232 A ########################################################### 231 C ########################################## 230 T ########################################## 229 C ################################# 228 A #################################### 227 C ############################# 226 T ############################# 225 A ######################### 224 T ##################### 223 A ################# 222 G ############ 221 G ########### 220 G ######## 219 C ####### 218 G ##### 217 A ### 216 A ## 215 T ### 214 T ## 213 G #### 212 G # 211 G ##### 210 C ### 209 C #### 208 C #### 207 G ##### 206 A ######## 205 C ####### 204 G ########### 203 T ########### 202 C ########## 201 G ########################## 200 C ######################### 199 A ############################# 198 T ################################### 197 G ################################################################ 196 C #################################################################### 195 T ################################################################ 194 C ####################################################################### 193 C ############################################################## 192 T #################################################################################### 191 C ################################################################################################ 190 T ######################################################################################### 189 A ############################################################################ 188 G ######################################################################## 187 A ################################################### 186 C ################################################# 185 T ############################## 184 C ############################### 183 G ############################# 182 A ####################### 181 G #################### 180 G ################## 179 A ############### 178 A ######### 177 T ######## 176 T ####### 175 C ##### 174 G ##### 173 G ### 172 T 171 A 170 C ## 169 C ## 168 C ### 167 C #### 166 C ### 165 G ## 164 T ### 163 A ### 162 T ## 161 C ## 160 A ## 159 C ## 158 C ## 157 G ## 156 G ## 155 C ## 154 G ### 153 G ## 152 T ## 151 G 150 A # 149 T ### 148 A ### 147 C # 146 G ## 145 A ## 144 A # 143 T # 142 T # 141 C # 140 G ## 139 T ## 138 A ## 137 T ## 136 C ## 135 C ## 134 C ## 133 T ## 132 T ## 131 C ### 130 G ### 129 G ### 128 T ## 127 G ### 126 A ## 125 T ### 124 A ### 123 C ### 122 G ## 121 C ### 120 T ## 119 A ### 118 G ### 117 G ### 116 G ### 115 G ### 114 T ### 113 T ### 112 C # 111 G ###### 110 C #### 109 G #### 108 T ### 107 A ### 106 T ### 105 C #### 104 A ### 103 C #### 102 C ##### 101 G #### 100 C #### 99 C ##### 98 G ###### 97 G ##### 96 T ##### 95 G ####### 94 A ## 93 T ##### 92 A #### 91 C ##### 90 G ##### 89 C ##### 88 G #### 87 A #### 86 A #### 85 A #### 84 T #### 83 C #### 82 C ##### 81 T #### 80 A #### 79 T ##### 78 C ###### 77 A ### 76 C ##### 75 C ###### 74 G ##### 73 C ###### 72 A #### 71 A #### 70 G #### 69 G ##### 68 G ##### 67 A ### 66 T #### 65 A #### 64 C ##### 63 C ###### 62 G #### 61 G #### 60 T #### 59 A ### 58 T #### 57 C #### 56 C #### 55 C #### 54 T #### 53 T #### 52 G ##### 51 C ##### 50 G ##### 49 G #### 48 T #### 47 G ##### 46 A ### 45 T ### 44 A #### 43 G #### 42 G #### 41 G #### 40 G #### 39 T #### 38 A ### 37 T ### 36 C #### 35 C ### 34 C ### 33 T #### 32 T ### 31 G #### 30 C #### 29 G #### 28 G ### 27 T ### 26 G #### 25 A ## 24 T ### 23 A ### 22 G #### 21 G #### 20 G #### 19 G ### 18 T ### 17 A ### 16 T ### 15 C ### 14 A ## 13 C ## 12 C ### 11 G ## 10 C ### 9 G #### 8 G ###### Length from nick -56 A ############# -55 G ### -54 T ###### -53 G #### -52 A ######## -51 A ###### -50 T ####### -49 T ########## -48 G ############ -47 T ############### -46 A ################## -45 A ############################# -44 T ####################################### -43 A ######################################## -42 C ########################################################### -41 G ####################################################### -40 A ########################################################### -39 C ########################################## -38 T ########################################## -37 C ################################# -36 A #################################### -35 C ############################# -34 T ############################# -33 A ######################### -32 T ##################### -31 A ################# -30 G ############ -29 G ########### -28 G ######## -27 C ####### -26 G ##### -25 A ### -24 A ## -23 T ### -22 T ## -21 G #### -20 G # -19 G ##### -18 C ### -17 C #### -16 C #### -15 G ##### -14 A ######## -13 C ####### -12 G ########### -11 T ########### -10 C ########## -9 G ########################## -8 C ######################### -7 A ############################# -6 T ################################### -5 G ################################################################ -4 C #################################################################### -3 T ################################################################ -2 C ####################################################################### -1 C ############################################################## 1 T #################################################################################### 2 C ################################################################################################ 3 T ######################################################################################### 4 A ############################################################################ 5 G ######################################################################## 6 A ################################################### 7 C ################################################# 8 T ############################## 9 C ############################### 10 G ############################# 11 A ####################### 12 G #################### 13 G ################## 14 A ############### 15 A ######### 16 T ######## 17 T ####### 18 C ##### 19 G ##### 20 G ### 21 T 22 A 23 C ## 24 C ## 25 C ### 26 C #### 27 C ### 28 G ## 29 T ### 30 A ### 31 T ## 32 C ## 33 A ## 34 C ## 35 C ## 36 G ## 37 G ## 38 C ## 39 G ### 40 G ## 41 T ## 42 G 43 A # 44 T ### 45 A ### 46 C # 47 G ## 48 A ## 49 A # 50 T # 51 T # 52 C # 53 G ## 54 T ## 55 A ## 56 T ## 57 C ## 58 C ## 59 C ## 60 T ## 61 T ## 62 C ### 63 G ### 64 G ### 65 T ## 66 G ### 67 A ## 68 T ### 69 A ### 70 C ### 71 G ## 72 C ### 73 T ## 74 A ### 75 G ### 76 G ### 77 G ### 78 G ### 79 T ### 80 T ### 81 C # 82 G ###### 83 C #### 84 G #### 85 T ### 86 A ### 87 T ### 88 C #### 89 A ### 90 C #### 91 C ##### 92 G #### 93 C #### 94 C ##### 95 G ###### 96 G ##### 97 T ##### 98 G ####### 99 A ## 100 T ##### 101 A #### 102 C ##### 103 G ##### 104 C ##### 105 G #### 106 A #### 107 A #### 108 A #### 109 T #### 110 C #### 111 C ##### 112 T #### 113 A #### 114 T ##### 115 C ###### 116 A ### 117 C ##### 118 C ###### 119 G ##### 120 C ###### 121 A #### 122 A #### 123 G #### 124 G ##### 125 G ##### 126 A ### 127 T #### 128 A #### 129 C ##### 130 C ###### 131 G #### 132 G #### 133 T #### 134 A ### 135 T #### 136 C #### 137 C #### 138 C #### 139 T #### 140 T #### 141 G ##### 142 C ##### 143 G ##### 144 G #### 145 T #### 146 G ##### 147 A ### 148 T ### 149 A #### 150 G #### 151 G #### 152 G #### 153 G #### 154 T #### 155 A ### 156 T ### 157 C #### 158 C ### 159 C ### 160 T #### 161 T ### 162 G #### 163 C #### 164 G #### 165 G ### 166 T ### 167 G #### 168 A ## 169 T ### 170 A ### 171 G #### 172 G #### 173 G #### 174 G ### 175 T ### 176 A ### 177 T ### 178 C ### 179 A ## 180 C ## 181 C ### 182 G ## 183 C ### 184 G #### 185 G ###### Name of gel and number of scan = No65 def.193 - 32 sec Name of sequence = Clon No 1670 Number of lanes = 11 Lane for analysis = 7 Number of analysing nucleotide = 241 First analysing nucleotide = 142 3'-nucleotide before nik = 197 5'-AGGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGCTATTACGCCAGCTGGCGAAAGGGGGATGTGCTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTGGGCCCGACGTCGCATGCTCCTCTAGACTCGAGGAATTCGGTACCCCCGTATCACCGGCGGTGATACGAATTCGTATCCCTTCGGTGATACGCTAGGGGTTCGCGTATCACCGCCGGTGATACGCGAAATCCTATCACCGCAAGGGATACCGGTATCCCTTGCGGTGATAGGGGTATCCCTTGCGGTGATAGGGGTATCACCGCGGTGATAGG0 Length of fragment = 389 P(K)=P(K)/100 142 A 1421 143 G 579 144 T 722 145 G 658 146 A 683 147 A 759 148 T 727 149 T 651 150 G 1336 151 T 929 152 A 1761 153 A 2233 154 T 2905 155 A 2563 156 C 3134 157 G 3738 158 A 4122 159 C 3053 160 T 2814 161 C 2549 162 A 2277 163 C 2351 164 T 1963 165 A 2673 166 T 2798 167 A 2073 168 G 2007 169 G 1876 170 G 1387 171 C 1269 172 G 1217 173 A 769 174 A 590 175 T 531 176 T 388 177 G 606 178 G 653 179 G 649 180 C 762 181 C 671 182 C 535 183 G 742 184 A 943 185 C 1050 186 G 1060 187 T 1019 188 C 1144 189 G 2129 190 C 2093 191 A 2389 192 T 2537 193 G 4578 194 C 4463 195 T 4293 196 C 4854 197 C 4443 198 T 5986 199 C 6147 200 T 6316 201 A 5500 202 G 5188 203 A 3738 204 C 4257 205 T 3075 206 C 2935 207 G 3173 208 A 2993 209 G 3649 210 G 2581 211 A 2418 212 A 2236 213 T 1122 214 T 1482 215 C 1002 216 G 817 217 G 630 218 T 680 219 A 620 220 C 546 221 C 477 222 C 487 223 C 476 224 C 580 225 G 590 226 T 402 227 A 425 228 T 391 229 C 490 230 A 501 231 C 438 232 C 454 233 G 437 234 G 430 235 C 478 236 G 537 237 G 460 238 T 397 239 G 364 240 A 445 241 T 577 242 A 530 243 C 443 244 G 465 245 A 483 246 A 386 247 T 352 248 T 453 249 C 460 250 G 498 251 T 481 252 A 461 253 T 464 254 C 533 255 C 412 256 C 514 257 T 453 258 T 419 259 C 625 260 G 584 261 G 524 262 T 515 263 G 549 264 A 479 265 T 489 266 A 512 267 C 557 268 G 547 269 C 572 270 T 472 271 A 493 272 G 533 273 G 605 274 G 590 275 G 599 276 T 534 277 T 240 278 C 342 279 G 1135 280 C 650 281 G 642 282 T 603 283 A 528 284 T 587 285 C 647 286 A 535 287 C 640 288 C 726 289 G 614 290 C 670 291 C 704 292 G 700 293 G 671 294 T 99 295 G 484 296 A 989 297 T 1034 298 A 753 299 C 806 300 G 736 301 C 677 302 G 733 303 A 671 304 A 598 305 A 580 306 T 603 307 C 678 308 C 669 309 T 652 310 A 700 311 T 716 312 C 771 313 A 576 314 C 737 315 C 776 316 G 707 317 C 870 318 A 651 319 A 614 320 G 663 321 G 703 322 G 781 323 A 1035 324 T 544 325 A 623 326 C 645 327 C 765 328 G 680 329 G 710 330 T 713 331 A 586 332 T 637 333 C 632 334 C 675 335 C 687 336 T 670 337 T 619 338 G 738 339 C 760 340 G 701 341 G 704 342 T 630 343 G 735 344 A 560 345 T 625 346 A 591 347 G 645 348 G 634 349 G 685 350 G 611 351 T 675 352 A 560 353 T 584 354 C 621 355 C 580 356 C 574 357 T 617 358 T 616 359 G 677 360 C 676 361 G 647 362 G 593 363 T 559 364 G 722 365 A 522 366 T 568 367 A 577 368 G 646 369 G 622 370 G 656 371 G 619 372 T 573 373 A 622 374 T 548 375 C 654 376 A 539 377 C 517 378 C 603 379 G 546 380 C 570 381 G 662 382 G 973 MAX = 6316 MIN = 99 Length from 5'-end 142 A #################### 143 G ####### 144 T ######### 145 G ######## 146 A ######### 147 A ########## 148 T ######### 149 T ######## 150 G ################### 151 T ############# 152 A ########################## 153 A ################################# 154 T ############################################ 155 A ####################################### 156 C ################################################ 157 G ######################################################### 158 A ############################################################### 159 C ############################################## 160 T ########################################## 161 C ###################################### 162 A ################################## 163 C ################################### 164 T ############################# 165 A ######################################## 166 T ########################################## 167 A ############################### 168 G ############################## 169 G ############################ 170 G #################### 171 C ################## 172 G ################# 173 A ########## 174 A ####### 175 T ###### 176 T #### 177 G ######## 178 G ######## 179 G ######## 180 C ########## 181 C ######### 182 C ###### 183 G ########## 184 A ############# 185 C ############### 186 G ############### 187 T ############## 188 C ################ 189 G ################################ 190 C ############################### 191 A #################################### 192 T ###################################### 193 G ###################################################################### 194 C ##################################################################### 195 T ################################################################## 196 C ########################################################################### 197 C #################################################################### 198 T ############################################################################################# 199 C ############################################################################################### 200 T ################################################################################################## 201 A ##################################################################################### 202 G ################################################################################ 203 A ######################################################### 204 C ################################################################# 205 T ############################################### 206 C ############################################ 207 G ################################################ 208 A ############################################# 209 G ######################################################## 210 G ####################################### 211 A #################################### 212 A ################################# 213 T ################ 214 T ##################### 215 C ############## 216 G ########### 217 G ######## 218 T ######### 219 A ######## 220 C ####### 221 C ##### 222 C ###### 223 C ##### 224 C ####### 225 G ####### 226 T #### 227 A ##### 228 T #### 229 C ###### 230 A ###### 231 C ##### 232 C ##### 233 G ##### 234 G ##### 235 C ###### 236 G ###### 237 G ##### 238 T #### 239 G #### 240 A ##### 241 T ####### 242 A ###### 243 C ##### 244 G ##### 245 A ###### 246 A #### 247 T #### 248 T ##### 249 C ##### 250 G ###### 251 T ###### 252 A ##### 253 T ##### 254 C ###### 255 C #### 256 C ###### 257 T ##### 258 T ##### 259 C ######## 260 G ####### 261 G ###### 262 T ###### 263 G ####### 264 A ###### 265 T ###### 266 A ###### 267 C ####### 268 G ####### 269 C ####### 270 T ##### 271 A ###### 272 G ###### 273 G ######## 274 G ####### 275 G ####### 276 T ###### 277 T ## 278 C ### 279 G ################ 280 C ######## 281 G ######## 282 T ####### 283 A ###### 284 T ####### 285 C ######## 286 A ###### 287 C ######## 288 C ######### 289 G ######## 290 C ######### 291 C ######### 292 G ######### 293 G ######### 294 T 295 G ###### 296 A ############## 297 T ############## 298 A ########## 299 C ########### 300 G ########## 301 C ######### 302 G ########## 303 A ######### 304 A ####### 305 A ####### 306 T ####### 307 C ######### 308 C ######### 309 T ######## 310 A ######### 311 T ######### 312 C ########## 313 A ####### 314 C ########## 315 C ########## 316 G ######### 317 C ############ 318 A ######## 319 A ######## 320 G ######## 321 G ######### 322 G ########## 323 A ############## 324 T ####### 325 A ######## 326 C ######## 327 C ########## 328 G ######### 329 G ######### 330 T ######### 331 A ####### 332 T ######## 333 C ######## 334 C ######### 335 C ######### 336 T ######### 337 T ######## 338 G ########## 339 C ########## 340 G ######### 341 G ######### 342 T ######## 343 G ########## 344 A ####### 345 T ######## 346 A ####### 347 G ######## 348 G ######## 349 G ######### 350 G ######## 351 T ######### 352 A ####### 353 T ####### 354 C ######## 355 C ####### 356 C ####### 357 T ######## 358 T ######## 359 G ######### 360 C ######### 361 G ######## 362 G ####### 363 T ####### 364 G ######### 365 A ###### 366 T ####### 367 A ####### 368 G ######## 369 G ######## 370 G ######## 371 G ######## 372 T ####### 373 A ######## 374 T ####### 375 C ######## 376 A ###### 377 C ###### 378 C ####### 379 G ####### 380 C ####### 381 G ######## 382 G ############# Length from 3'-end 248 A #################### 247 G ####### 246 T ######### 245 G ######## 244 A ######### 243 A ########## 242 T ######### 241 T ######## 240 G ################### 239 T ############# 238 A ########################## 237 A ################################# 236 T ############################################ 235 A ####################################### 234 C ################################################ 233 G ######################################################### 232 A ############################################################### 231 C ############################################## 230 T ########################################## 229 C ###################################### 228 A ################################## 227 C ################################### 226 T ############################# 225 A ######################################## 224 T ########################################## 223 A ############################### 222 G ############################## 221 G ############################ 220 G #################### 219 C ################## 218 G ################# 217 A ########## 216 A ####### 215 T ###### 214 T #### 213 G ######## 212 G ######## 211 G ######## 210 C ########## 209 C ######### 208 C ###### 207 G ########## 206 A ############# 205 C ############### 204 G ############### 203 T ############## 202 C ################ 201 G ################################ 200 C ############################### 199 A #################################### 198 T ###################################### 197 G ###################################################################### 196 C ##################################################################### 195 T ################################################################## 194 C ########################################################################### 193 C #################################################################### 192 T ############################################################################################# 191 C ############################################################################################### 190 T ################################################################################################## 189 A ##################################################################################### 188 G ################################################################################ 187 A ######################################################### 186 C ################################################################# 185 T ############################################### 184 C ############################################ 183 G ################################################ 182 A ############################################# 181 G ######################################################## 180 G ####################################### 179 A #################################### 178 A ################################# 177 T ################ 176 T ##################### 175 C ############## 174 G ########### 173 G ######## 172 T ######### 171 A ######## 170 C ####### 169 C ##### 168 C ###### 167 C ##### 166 C ####### 165 G ####### 164 T #### 163 A ##### 162 T #### 161 C ###### 160 A ###### 159 C ##### 158 C ##### 157 G ##### 156 G ##### 155 C ###### 154 G ###### 153 G ##### 152 T #### 151 G #### 150 A ##### 149 T ####### 148 A ###### 147 C ##### 146 G ##### 145 A ###### 144 A #### 143 T #### 142 T ##### 141 C ##### 140 G ###### 139 T ###### 138 A ##### 137 T ##### 136 C ###### 135 C #### 134 C ###### 133 T ##### 132 T ##### 131 C ######## 130 G ####### 129 G ###### 128 T ###### 127 G ####### 126 A ###### 125 T ###### 124 A ###### 123 C ####### 122 G ####### 121 C ####### 120 T ##### 119 A ###### 118 G ###### 117 G ######## 116 G ####### 115 G ####### 114 T ###### 113 T ## 112 C ### 111 G ################ 110 C ######## 109 G ######## 108 T ####### 107 A ###### 106 T ####### 105 C ######## 104 A ###### 103 C ######## 102 C ######### 101 G ######## 100 C ######### 99 C ######### 98 G ######### 97 G ######### 96 T 95 G ###### 94 A ############## 93 T ############## 92 A ########## 91 C ########### 90 G ########## 89 C ######### 88 G ########## 87 A ######### 86 A ####### 85 A ####### 84 T ####### 83 C ######### 82 C ######### 81 T ######## 80 A ######### 79 T ######### 78 C ########## 77 A ####### 76 C ########## 75 C ########## 74 G ######### 73 C ############ 72 A ######## 71 A ######## 70 G ######## 69 G ######### 68 G ########## 67 A ############## 66 T ####### 65 A ######## 64 C ######## 63 C ########## 62 G ######### 61 G ######### 60 T ######### 59 A ####### 58 T ######## 57 C ######## 56 C ######### 55 C ######### 54 T ######### 53 T ######## 52 G ########## 51 C ########## 50 G ######### 49 G ######### 48 T ######## 47 G ########## 46 A ####### 45 T ######## 44 A ####### 43 G ######## 42 G ######## 41 G ######### 40 G ######## 39 T ######### 38 A ####### 37 T ####### 36 C ######## 35 C ####### 34 C ####### 33 T ######## 32 T ######## 31 G ######### 30 C ######### 29 G ######## 28 G ####### 27 T ####### 26 G ######### 25 A ###### 24 T ####### 23 A ####### 22 G ######## 21 G ######## 20 G ######## 19 G ######## 18 T ####### 17 A ######## 16 T ####### 15 C ######## 14 A ###### 13 C ###### 12 C ####### 11 G ####### 10 C ####### 9 G ######## 8 G ############# Length from nick -56 A #################### -55 G ####### -54 T ######### -53 G ######## -52 A ######### -51 A ########## -50 T ######### -49 T ######## -48 G ################### -47 T ############# -46 A ########################## -45 A ################################# -44 T ############################################ -43 A ####################################### -42 C ################################################ -41 G ######################################################### -40 A ############################################################### -39 C ############################################## -38 T ########################################## -37 C ###################################### -36 A ################################## -35 C ################################### -34 T ############################# -33 A ######################################## -32 T ########################################## -31 A ############################### -30 G ############################## -29 G ############################ -28 G #################### -27 C ################## -26 G ################# -25 A ########## -24 A ####### -23 T ###### -22 T #### -21 G ######## -20 G ######## -19 G ######## -18 C ########## -17 C ######### -16 C ###### -15 G ########## -14 A ############# -13 C ############### -12 G ############### -11 T ############## -10 C ################ -9 G ################################ -8 C ############################### -7 A #################################### -6 T ###################################### -5 G ###################################################################### -4 C ##################################################################### -3 T ################################################################## -2 C ########################################################################### -1 C #################################################################### 1 T ############################################################################################# 2 C ############################################################################################### 3 T ################################################################################################## 4 A ##################################################################################### 5 G ################################################################################ 6 A ######################################################### 7 C ################################################################# 8 T ############################################### 9 C ############################################ 10 G ################################################ 11 A ############################################# 12 G ######################################################## 13 G ####################################### 14 A #################################### 15 A ################################# 16 T ################ 17 T ##################### 18 C ############## 19 G ########### 20 G ######## 21 T ######### 22 A ######## 23 C ####### 24 C ##### 25 C ###### 26 C ##### 27 C ####### 28 G ####### 29 T #### 30 A ##### 31 T #### 32 C ###### 33 A ###### 34 C ##### 35 C ##### 36 G ##### 37 G ##### 38 C ###### 39 G ###### 40 G ##### 41 T #### 42 G #### 43 A ##### 44 T ####### 45 A ###### 46 C ##### 47 G ##### 48 A ###### 49 A #### 50 T #### 51 T ##### 52 C ##### 53 G ###### 54 T ###### 55 A ##### 56 T ##### 57 C ###### 58 C #### 59 C ###### 60 T ##### 61 T ##### 62 C ######## 63 G ####### 64 G ###### 65 T ###### 66 G ####### 67 A ###### 68 T ###### 69 A ###### 70 C ####### 71 G ####### 72 C ####### 73 T ##### 74 A ###### 75 G ###### 76 G ######## 77 G ####### 78 G ####### 79 T ###### 80 T ## 81 C ### 82 G ################ 83 C ######## 84 G ######## 85 T ####### 86 A ###### 87 T ####### 88 C ######## 89 A ###### 90 C ######## 91 C ######### 92 G ######## 93 C ######### 94 C ######### 95 G ######### 96 G ######### 97 T 98 G ###### 99 A ############## 100 T ############## 101 A ########## 102 C ########### 103 G ########## 104 C ######### 105 G ########## 106 A ######### 107 A ####### 108 A ####### 109 T ####### 110 C ######### 111 C ######### 112 T ######## 113 A ######### 114 T ######### 115 C ########## 116 A ####### 117 C ########## 118 C ########## 119 G ######### 120 C ############ 121 A ######## 122 A ######## 123 G ######## 124 G ######### 125 G ########## 126 A ############## 127 T ####### 128 A ######## 129 C ######## 130 C ########## 131 G ######### 132 G ######### 133 T ######### 134 A ####### 135 T ######## 136 C ######## 137 C ######### 138 C ######### 139 T ######### 140 T ######## 141 G ########## 142 C ########## 143 G ######### 144 G ######### 145 T ######## 146 G ########## 147 A ####### 148 T ######## 149 A ####### 150 G ######## 151 G ######## 152 G ######### 153 G ######## 154 T ######### 155 A ####### 156 T ####### 157 C ######## 158 C ####### 159 C ####### 160 T ######## 161 T ######## 162 G ######### 163 C ######### 164 G ######## 165 G ####### 166 T ####### 167 G ######### 168 A ###### 169 T ####### 170 A ####### 171 G ######## 172 G ######## 173 G ######## 174 G ######## 175 T ####### 176 A ######## 177 T ####### 178 C ######## 179 A ###### 180 C ###### 181 C ####### 182 G ####### 183 C ####### 184 G ######## 185 G ############# Name of gel and number of scan = No65 def.193 - 1 min Name of sequence = Clon No 1670 Number of lanes = 11 Lane for analysis = 8 Number of analysing nucleotide = 241 First analysing nucleotide = 142 3'-nucleotide before nik = 197 5'-AGGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGCTATTACGCCAGCTGGCGAAAGGGGGATGTGCTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTGGGCCCGACGTCGCATGCTCCTCTAGACTCGAGGAATTCGGTACCCCCGTATCACCGGCGGTGATACGAATTCGTATCCCTTCGGTGATACGCTAGGGGTTCGCGTATCACCGCCGGTGATACGCGAAATCCTATCACCGCAAGGGATACCGGTATCCCTTGCGGTGATAGGGGTATCCCTTGCGGTGATAGGGGTATCACCGCGGTGATAGG0 Length of fragment = 389 P(K)=P(K)/100 142 A 1207 143 G 327 144 T 407 145 G 484 146 A 402 147 A 497 148 T 419 149 T 258 150 G 826 151 T 522 152 A 595 153 A 1019 154 T 1478 155 A 1616 156 C 1186 157 G 932 158 A 1156 159 C 1265 160 T 1188 161 C 1006 162 A 990 163 C 932 164 T 1119 165 A 1277 166 T 1011 167 A 474 168 G 798 169 G 609 170 G 648 171 C 367 172 G 432 173 A 326 174 A 403 175 T 432 176 T 272 177 G 357 178 G 399 179 G 682 180 C 339 181 C 331 182 C 447 183 G 694 184 A 351 185 C 205 186 G 611 187 T 924 188 C 802 189 G 745 190 C 1215 191 A 1183 192 T 1180 193 G 1974 194 C 2251 195 T 2089 196 C 2144 197 C 2167 198 T 2566 199 C 2355 200 T 2418 201 A 2510 202 G 2272 203 A 1651 204 C 1584 205 T 1204 206 C 1093 207 G 1448 208 A 725 209 G 831 210 G 948 211 A 928 212 A 826 213 T 518 214 T 527 215 C 306 216 G 449 217 G 370 218 T 311 219 A 320 220 C 447 221 C 270 222 C 292 223 C 307 224 C 308 225 G 335 226 T 294 227 A 300 228 T 220 229 C 214 230 A 223 231 C 344 232 C 314 233 G 268 234 G 252 235 C 317 236 G 331 237 G 259 238 T 303 239 G 294 240 A 315 241 T 341 242 A 298 243 C 250 244 G 190 245 A 321 246 A 393 247 T 327 248 T 320 249 C 315 250 G 307 251 T 274 252 A 302 253 T 273 254 C 309 255 C 323 256 C 388 257 T 311 258 T 371 259 C 326 260 G 394 261 G 361 262 T 324 263 G 361 264 A 310 265 T 317 266 A 368 267 C 336 268 G 366 269 C 388 270 T 245 271 A 405 272 G 397 273 G 382 274 G 403 275 G 342 276 T 333 277 T 246 278 C 227 279 G 590 280 C 365 281 G 456 282 T 401 283 A 377 284 T 381 285 C 400 286 A 360 287 C 455 288 C 504 289 G 415 290 C 440 291 C 513 292 G 456 293 G 436 294 T 335 295 G 147 296 A 592 297 T 688 298 A 480 299 C 561 300 G 552 301 C 459 302 G 475 303 A 474 304 A 380 305 A 416 306 T 387 307 C 497 308 C 512 309 T 431 310 A 428 311 T 504 312 C 507 313 A 331 314 C 433 315 C 535 316 G 448 317 C 510 318 A 452 319 A 449 320 G 509 321 G 465 322 G 480 323 A 421 324 T 423 325 A 465 326 C 504 327 C 461 328 G 443 329 G 460 330 T 488 331 A 414 332 T 388 333 C 438 334 C 451 335 C 437 336 T 344 337 T 450 338 G 497 339 C 448 340 G 462 341 G 423 342 T 406 343 G 465 344 A 359 345 T 370 346 A 437 347 G 456 348 G 409 349 G 438 350 G 400 351 T 451 352 A 366 353 T 360 354 C 434 355 C 394 356 C 456 357 T 334 358 T 371 359 G 427 360 C 463 361 G 495 362 G 394 363 T 402 364 G 469 365 A 345 366 T 373 367 A 418 368 G 414 369 G 472 370 G 428 371 G 457 372 T 352 373 A 407 374 T 349 375 C 421 376 A 341 377 C 348 378 C 348 379 G 323 380 C 390 381 G 467 382 G 826 MAX = 2566 MIN = 147 Length from 5'-end 142 A ######################################### 143 G ####### 144 T ########## 145 G ############# 146 A ######### 147 A ############# 148 T ########## 149 T #### 150 G ########################## 151 T ############## 152 A ################# 153 A ################################# 154 T ################################################### 155 A ######################################################### 156 C ######################################## 157 G ############################## 158 A ####################################### 159 C ########################################### 160 T ######################################## 161 C ################################# 162 A ################################ 163 C ############################## 164 T ##################################### 165 A ############################################ 166 T ################################# 167 A ############ 168 G ######################### 169 G ################## 170 G ################### 171 C ######## 172 G ########### 173 A ###### 174 A ######### 175 T ########### 176 T #### 177 G ######## 178 G ######### 179 G #################### 180 C ####### 181 C ####### 182 C ########### 183 G ##################### 184 A ####### 185 C ## 186 G ################## 187 T ############################## 188 C ######################### 189 G ####################### 190 C ######################################### 191 A ######################################## 192 T ######################################## 193 G ####################################################################### 194 C ################################################################################# 195 T ########################################################################### 196 C ############################################################################# 197 C ############################################################################## 198 T ############################################################################################## 199 C ###################################################################################### 200 T ######################################################################################## 201 A ############################################################################################ 202 G ################################################################################## 203 A ########################################################## 204 C ######################################################## 205 T ######################################### 206 C #################################### 207 G ################################################## 208 A ###################### 209 G ########################## 210 G ############################### 211 A ############################## 212 A ########################## 213 T ############## 214 T ############## 215 C ###### 216 G ########### 217 G ######## 218 T ###### 219 A ###### 220 C ########### 221 C #### 222 C ##### 223 C ###### 224 C ###### 225 G ####### 226 T ##### 227 A ##### 228 T ## 229 C ## 230 A ## 231 C ####### 232 C ###### 233 G #### 234 G #### 235 C ###### 236 G ####### 237 G #### 238 T ###### 239 G ##### 240 A ###### 241 T ####### 242 A ##### 243 C #### 244 G # 245 A ###### 246 A ######### 247 T ####### 248 T ###### 249 C ###### 250 G ###### 251 T #### 252 A ###### 253 T #### 254 C ###### 255 C ###### 256 C ######### 257 T ###### 258 T ######## 259 C ###### 260 G ######### 261 G ######## 262 T ###### 263 G ######## 264 A ###### 265 T ###### 266 A ######## 267 C ####### 268 G ######## 269 C ######### 270 T ### 271 A ########## 272 G ######### 273 G ######### 274 G ######### 275 G ####### 276 T ####### 277 T ### 278 C ### 279 G ################# 280 C ######## 281 G ############ 282 T ######### 283 A ######## 284 T ######### 285 C ######### 286 A ######## 287 C ############ 288 C ############# 289 G ########## 290 C ########### 291 C ############## 292 G ############ 293 G ########### 294 T ####### 295 G 296 A ################# 297 T ##################### 298 A ############ 299 C ################ 300 G ############### 301 C ############ 302 G ############ 303 A ############ 304 A ######### 305 A ########## 306 T ######### 307 C ############# 308 C ############## 309 T ########### 310 A ########## 311 T ############# 312 C ############## 313 A ####### 314 C ########### 315 C ############### 316 G ########### 317 C ############## 318 A ########### 319 A ########### 320 G ############## 321 G ############ 322 G ############ 323 A ########## 324 T ########## 325 A ############ 326 C ############# 327 C ############ 328 G ########### 329 G ############ 330 T ############# 331 A ########## 332 T ######### 333 C ########### 334 C ########### 335 C ########### 336 T ####### 337 T ########### 338 G ############# 339 C ########### 340 G ############ 341 G ########## 342 T ########## 343 G ############ 344 A ######## 345 T ######## 346 A ########### 347 G ############ 348 G ########## 349 G ########### 350 G ######### 351 T ########### 352 A ######## 353 T ######## 354 C ########### 355 C ######### 356 C ############ 357 T ####### 358 T ######## 359 G ########## 360 C ############ 361 G ############# 362 G ######### 363 T ######### 364 G ############ 365 A ####### 366 T ######## 367 A ########## 368 G ########## 369 G ############ 370 G ########## 371 G ############ 372 T ####### 373 A ########## 374 T ####### 375 C ########## 376 A ####### 377 C ####### 378 C ####### 379 G ###### 380 C ######### 381 G ############ 382 G ########################## Length from 3'-end 248 A ######################################### 247 G ####### 246 T ########## 245 G ############# 244 A ######### 243 A ############# 242 T ########## 241 T #### 240 G ########################## 239 T ############## 238 A ################# 237 A ################################# 236 T ################################################### 235 A ######################################################### 234 C ######################################## 233 G ############################## 232 A ####################################### 231 C ########################################### 230 T ######################################## 229 C ################################# 228 A ################################ 227 C ############################## 226 T ##################################### 225 A ############################################ 224 T ################################# 223 A ############ 222 G ######################### 221 G ################## 220 G ################### 219 C ######## 218 G ########### 217 A ###### 216 A ######### 215 T ########### 214 T #### 213 G ######## 212 G ######### 211 G #################### 210 C ####### 209 C ####### 208 C ########### 207 G ##################### 206 A ####### 205 C ## 204 G ################## 203 T ############################## 202 C ######################### 201 G ####################### 200 C ######################################### 199 A ######################################## 198 T ######################################## 197 G ####################################################################### 196 C ################################################################################# 195 T ########################################################################### 194 C ############################################################################# 193 C ############################################################################## 192 T ############################################################################################## 191 C ###################################################################################### 190 T ######################################################################################## 189 A ############################################################################################ 188 G ################################################################################## 187 A ########################################################## 186 C ######################################################## 185 T ######################################### 184 C #################################### 183 G ################################################## 182 A ###################### 181 G ########################## 180 G ############################### 179 A ############################## 178 A ########################## 177 T ############## 176 T ############## 175 C ###### 174 G ########### 173 G ######## 172 T ###### 171 A ###### 170 C ########### 169 C #### 168 C ##### 167 C ###### 166 C ###### 165 G ####### 164 T ##### 163 A ##### 162 T ## 161 C ## 160 A ## 159 C ####### 158 C ###### 157 G #### 156 G #### 155 C ###### 154 G ####### 153 G #### 152 T ###### 151 G ##### 150 A ###### 149 T ####### 148 A ##### 147 C #### 146 G # 145 A ###### 144 A ######### 143 T ####### 142 T ###### 141 C ###### 140 G ###### 139 T #### 138 A ###### 137 T #### 136 C ###### 135 C ###### 134 C ######### 133 T ###### 132 T ######## 131 C ###### 130 G ######### 129 G ######## 128 T ###### 127 G ######## 126 A ###### 125 T ###### 124 A ######## 123 C ####### 122 G ######## 121 C ######### 120 T ### 119 A ########## 118 G ######### 117 G ######### 116 G ######### 115 G ####### 114 T ####### 113 T ### 112 C ### 111 G ################# 110 C ######## 109 G ############ 108 T ######### 107 A ######## 106 T ######### 105 C ######### 104 A ######## 103 C ############ 102 C ############# 101 G ########## 100 C ########### 99 C ############## 98 G ############ 97 G ########### 96 T ####### 95 G 94 A ################# 93 T ##################### 92 A ############ 91 C ################ 90 G ############### 89 C ############ 88 G ############ 87 A ############ 86 A ######### 85 A ########## 84 T ######### 83 C ############# 82 C ############## 81 T ########### 80 A ########## 79 T ############# 78 C ############## 77 A ####### 76 C ########### 75 C ############### 74 G ########### 73 C ############## 72 A ########### 71 A ########### 70 G ############## 69 G ############ 68 G ############ 67 A ########## 66 T ########## 65 A ############ 64 C ############# 63 C ############ 62 G ########### 61 G ############ 60 T ############# 59 A ########## 58 T ######### 57 C ########### 56 C ########### 55 C ########### 54 T ####### 53 T ########### 52 G ############# 51 C ########### 50 G ############ 49 G ########## 48 T ########## 47 G ############ 46 A ######## 45 T ######## 44 A ########### 43 G ############ 42 G ########## 41 G ########### 40 G ######### 39 T ########### 38 A ######## 37 T ######## 36 C ########### 35 C ######### 34 C ############ 33 T ####### 32 T ######## 31 G ########## 30 C ############ 29 G ############# 28 G ######### 27 T ######### 26 G ############ 25 A ####### 24 T ######## 23 A ########## 22 G ########## 21 G ############ 20 G ########## 19 G ############ 18 T ####### 17 A ########## 16 T ####### 15 C ########## 14 A ####### 13 C ####### 12 C ####### 11 G ###### 10 C ######### 9 G ############ 8 G ########################## Length from nick -56 A ######################################### -55 G ####### -54 T ########## -53 G ############# -52 A ######### -51 A ############# -50 T ########## -49 T #### -48 G ########################## -47 T ############## -46 A ################# -45 A ################################# -44 T ################################################### -43 A ######################################################### -42 C ######################################## -41 G ############################## -40 A ####################################### -39 C ########################################### -38 T ######################################## -37 C ################################# -36 A ################################ -35 C ############################## -34 T ##################################### -33 A ############################################ -32 T ################################# -31 A ############ -30 G ######################### -29 G ################## -28 G ################### -27 C ######## -26 G ########### -25 A ###### -24 A ######### -23 T ########### -22 T #### -21 G ######## -20 G ######### -19 G #################### -18 C ####### -17 C ####### -16 C ########### -15 G ##################### -14 A ####### -13 C ## -12 G ################## -11 T ############################## -10 C ######################### -9 G ####################### -8 C ######################################### -7 A ######################################## -6 T ######################################## -5 G ####################################################################### -4 C ################################################################################# -3 T ########################################################################### -2 C ############################################################################# -1 C ############################################################################## 1 T ############################################################################################## 2 C ###################################################################################### 3 T ######################################################################################## 4 A ############################################################################################ 5 G ################################################################################## 6 A ########################################################## 7 C ######################################################## 8 T ######################################### 9 C #################################### 10 G ################################################## 11 A ###################### 12 G ########################## 13 G ############################### 14 A ############################## 15 A ########################## 16 T ############## 17 T ############## 18 C ###### 19 G ########### 20 G ######## 21 T ###### 22 A ###### 23 C ########### 24 C #### 25 C ##### 26 C ###### 27 C ###### 28 G ####### 29 T ##### 30 A ##### 31 T ## 32 C ## 33 A ## 34 C ####### 35 C ###### 36 G #### 37 G #### 38 C ###### 39 G ####### 40 G #### 41 T ###### 42 G ##### 43 A ###### 44 T ####### 45 A ##### 46 C #### 47 G # 48 A ###### 49 A ######### 50 T ####### 51 T ###### 52 C ###### 53 G ###### 54 T #### 55 A ###### 56 T #### 57 C ###### 58 C ###### 59 C ######### 60 T ###### 61 T ######## 62 C ###### 63 G ######### 64 G ######## 65 T ###### 66 G ######## 67 A ###### 68 T ###### 69 A ######## 70 C ####### 71 G ######## 72 C ######### 73 T ### 74 A ########## 75 G ######### 76 G ######### 77 G ######### 78 G ####### 79 T ####### 80 T ### 81 C ### 82 G ################# 83 C ######## 84 G ############ 85 T ######### 86 A ######## 87 T ######### 88 C ######### 89 A ######## 90 C ############ 91 C ############# 92 G ########## 93 C ########### 94 C ############## 95 G ############ 96 G ########### 97 T ####### 98 G 99 A ################# 100 T ##################### 101 A ############ 102 C ################ 103 G ############### 104 C ############ 105 G ############ 106 A ############ 107 A ######### 108 A ########## 109 T ######### 110 C ############# 111 C ############## 112 T ########### 113 A ########## 114 T ############# 115 C ############## 116 A ####### 117 C ########### 118 C ############### 119 G ########### 120 C ############## 121 A ########### 122 A ########### 123 G ############## 124 G ############ 125 G ############ 126 A ########## 127 T ########## 128 A ############ 129 C ############# 130 C ############ 131 G ########### 132 G ############ 133 T ############# 134 A ########## 135 T ######### 136 C ########### 137 C ########### 138 C ########### 139 T ####### 140 T ########### 141 G ############# 142 C ########### 143 G ############ 144 G ########## 145 T ########## 146 G ############ 147 A ######## 148 T ######## 149 A ########### 150 G ############ 151 G ########## 152 G ########### 153 G ######### 154 T ########### 155 A ######## 156 T ######## 157 C ########### 158 C ######### 159 C ############ 160 T ####### 161 T ######## 162 G ########## 163 C ############ 164 G ############# 165 G ######### 166 T ######### 167 G ############ 168 A ####### 169 T ######## 170 A ########## 171 G ########## 172 G ############ 173 G ########## 174 G ############ 175 T ####### 176 A ########## 177 T ####### 178 C ########## 179 A ####### 180 C ####### 181 C ####### 182 G ###### 183 C ######### 184 G ############ 185 G ########################## Name of gel and number of scan = No65 def.193 - 2 min Name of sequence = Clon No 1670 Number of lanes = 11 Lane for analysis = 9 Number of analysing nucleotide = 241 First analysing nucleotide = 142 3'-nucleotide before nik = 197 5'-AGGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGCTATTACGCCAGCTGGCGAAAGGGGGATGTGCTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTGGGCCCGACGTCGCATGCTCCTCTAGACTCGAGGAATTCGGTACCCCCGTATCACCGGCGGTGATACGAATTCGTATCCCTTCGGTGATACGCTAGGGGTTCGCGTATCACCGCCGGTGATACGCGAAATCCTATCACCGCAAGGGATACCGGTATCCCTTGCGGTGATAGGGGTATCCCTTGCGGTGATAGGGGTATCACCGCGGTGATAGG0 Length of fragment = 389 P(K)=P(K)/100 142 A 5631 143 G 1581 144 T 1766 145 G 815 146 A 6211 147 A 17336 148 T 5305 149 T 2405 150 G 3466 151 T 11239 152 A 11332 153 A 17599 154 T 23732 155 A 23992 156 C 26797 157 G 25133 158 A 29049 159 C 24304 160 T 21737 161 C 16222 162 A 13218 163 C 13495 164 T 9539 165 A 10820 166 T 10006 167 A 8464 168 G 7296 169 G 5741 170 G 5251 171 C 5047 172 G 5230 173 A 4005 174 A 2794 175 T 2725 176 T 3721 177 G 4323 178 G 4047 179 G 4889 180 C 4247 181 C 4562 182 C 4803 183 G 5444 184 A 6848 185 C 6778 186 G 10710 187 T 12901 188 C 13665 189 G 21221 190 C 20800 191 A 24124 192 T 27646 193 G 43625 194 C 44122 195 T 40633 196 C 45511 197 C 43062 198 T 54985 199 C 54721 200 T 54347 201 A 46921 202 G 42959 203 A 32410 204 C 32354 205 T 21305 206 C 19521 207 G 16778 208 A 10407 209 G 11554 210 G 9972 211 A 8865 212 A 7740 213 T 5288 214 T 4938 215 C 3070 216 G 3685 217 G 3140 218 T 2594 219 A 2539 220 C 2201 221 C 2064 222 C 1904 223 C 1729 224 C 1800 225 G 2134 226 T 1687 227 A 1830 228 T 1820 229 C 1640 230 A 1873 231 C 1680 232 C 1821 233 G 1959 234 G 1968 235 C 2114 236 G 2240 237 G 2109 238 T 1953 239 G 2231 240 A 1926 241 T 1952 242 A 2022 243 C 1997 244 G 2146 245 A 1832 246 A 1897 247 T 1813 248 T 1861 249 C 2083 250 G 2346 251 T 2187 252 A 2298 253 T 2260 254 C 2299 255 C 2424 256 C 2680 257 T 2531 258 T 2580 259 C 3167 260 G 2735 261 G 2835 262 T 2771 263 G 2948 264 A 2607 265 T 2849 266 A 2891 267 C 3455 268 G 3152 269 C 3496 270 T 2911 271 A 2664 272 G 3411 273 G 2861 274 G 3040 275 G 3259 276 T 3260 277 T 2871 278 C 2709 279 G 4195 280 C 4775 281 G 3582 282 T 3524 283 A 3117 284 T 3519 285 C 3913 286 A 3302 287 C 4082 288 C 4759 289 G 3807 290 C 4397 291 C 5049 292 G 4281 293 G 4354 294 T 1310 295 G 2348 296 A 6456 297 T 6104 298 A 5133 299 C 5451 300 G 4704 301 C 4910 302 G 4065 303 A 3551 304 A 3747 305 A 3824 306 T 3546 307 C 3965 308 C 4400 309 T 4114 310 A 4157 311 T 4367 312 C 4894 313 A 3978 314 C 4702 315 C 5287 316 G 4723 317 C 5876 318 A 4443 319 A 4973 320 G 4215 321 G 3820 322 G 4315 323 A 3778 324 T 4131 325 A 3790 326 C 4449 327 C 4959 328 G 3582 329 G 3957 330 T 3993 331 A 3400 332 T 3654 333 C 3640 334 C 3731 335 C 4148 336 T 4013 337 T 3574 338 G 4179 339 C 4680 340 G 3533 341 G 3687 342 T 3404 343 G 3620 344 A 3048 345 T 3465 346 A 3482 347 G 3309 348 G 2898 349 G 2896 350 G 3039 351 T 3171 352 A 2690 353 T 2772 354 C 2863 355 C 2795 356 C 3170 357 T 3338 358 T 2998 359 G 3356 360 C 3573 361 G 2964 362 G 2848 363 T 2630 364 G 2834 365 A 2470 366 T 2608 367 A 3179 368 G 2598 369 G 2467 370 G 2361 371 G 2413 372 T 2210 373 A 2188 374 T 2027 375 C 2418 376 A 1950 377 C 1939 378 C 2464 379 G 1924 380 C 2286 381 G 1890 382 G 2391 MAX = 54985 MIN = 815 Length from 5'-end 142 A ######## 143 G # 144 T # 145 G 146 A ######### 147 A ############################## 148 T ######## 149 T ## 150 G #### 151 T ################## 152 A ################### 153 A ############################## 154 T ######################################### 155 A ########################################## 156 C ############################################### 157 G ############################################ 158 A ################################################### 159 C ########################################## 160 T ###################################### 161 C ############################ 162 A ###################### 163 C ####################### 164 T ############### 165 A ################## 166 T ################ 167 A ############# 168 G ########### 169 G ######## 170 G ######## 171 C ####### 172 G ######## 173 A ##### 174 A ### 175 T ### 176 T ##### 177 G ###### 178 G ##### 179 G ####### 180 C ###### 181 C ###### 182 C ####### 183 G ######## 184 A ########## 185 C ########## 186 G ################# 187 T ##################### 188 C ####################### 189 G ##################################### 190 C #################################### 191 A ########################################## 192 T ################################################ 193 G ############################################################################# 194 C ############################################################################## 195 T ######################################################################## 196 C ################################################################################# 197 C ############################################################################ 198 T ################################################################################################## 199 C ################################################################################################## 200 T ################################################################################################# 201 A ################################################################################### 202 G ############################################################################ 203 A ######################################################### 204 C ######################################################### 205 T ##################################### 206 C ################################## 207 G ############################# 208 A ################# 209 G ################### 210 G ################ 211 A ############## 212 A ############ 213 T ######## 214 T ####### 215 C #### 216 G ##### 217 G #### 218 T ### 219 A ### 220 C ## 221 C ## 222 C # 223 C # 224 C # 225 G ## 226 T # 227 A # 228 T # 229 C # 230 A # 231 C # 232 C # 233 G ## 234 G ## 235 C ## 236 G ## 237 G ## 238 T ## 239 G ## 240 A ## 241 T ## 242 A ## 243 C ## 244 G ## 245 A # 246 A # 247 T # 248 T # 249 C ## 250 G ## 251 T ## 252 A ## 253 T ## 254 C ## 255 C ## 256 C ### 257 T ### 258 T ### 259 C #### 260 G ### 261 G ### 262 T ### 263 G ### 264 A ### 265 T ### 266 A ### 267 C #### 268 G #### 269 C #### 270 T ### 271 A ### 272 G #### 273 G ### 274 G #### 275 G #### 276 T #### 277 T ### 278 C ### 279 G ###### 280 C ####### 281 G ##### 282 T #### 283 A #### 284 T #### 285 C ##### 286 A #### 287 C ##### 288 C ####### 289 G ##### 290 C ###### 291 C ####### 292 G ###### 293 G ###### 294 T 295 G ## 296 A ########## 297 T ######### 298 A ####### 299 C ######## 300 G ####### 301 C ####### 302 G ##### 303 A #### 304 A ##### 305 A ##### 306 T #### 307 C ##### 308 C ###### 309 T ##### 310 A ###### 311 T ###### 312 C ####### 313 A ##### 314 C ####### 315 C ######## 316 G ####### 317 C ######### 318 A ###### 319 A ####### 320 G ###### 321 G ##### 322 G ###### 323 A ##### 324 T ###### 325 A ##### 326 C ###### 327 C ####### 328 G ##### 329 G ##### 330 T ##### 331 A #### 332 T ##### 333 C ##### 334 C ##### 335 C ###### 336 T ##### 337 T ##### 338 G ###### 339 C ####### 340 G #### 341 G ##### 342 T #### 343 G ##### 344 A #### 345 T #### 346 A #### 347 G #### 348 G ### 349 G ### 350 G #### 351 T #### 352 A ### 353 T ### 354 C ### 355 C ### 356 C #### 357 T #### 358 T ### 359 G #### 360 C ##### 361 G ### 362 G ### 363 T ### 364 G ### 365 A ### 366 T ### 367 A #### 368 G ### 369 G ### 370 G ## 371 G ## 372 T ## 373 A ## 374 T ## 375 C ## 376 A ## 377 C ## 378 C ## 379 G ## 380 C ## 381 G # 382 G ## Length from 3'-end 248 A ######## 247 G # 246 T # 245 G 244 A ######### 243 A ############################## 242 T ######## 241 T ## 240 G #### 239 T ################## 238 A ################### 237 A ############################## 236 T ######################################### 235 A ########################################## 234 C ############################################### 233 G ############################################ 232 A ################################################### 231 C ########################################## 230 T ###################################### 229 C ############################ 228 A ###################### 227 C ####################### 226 T ############### 225 A ################## 224 T ################ 223 A ############# 222 G ########### 221 G ######## 220 G ######## 219 C ####### 218 G ######## 217 A ##### 216 A ### 215 T ### 214 T ##### 213 G ###### 212 G ##### 211 G ####### 210 C ###### 209 C ###### 208 C ####### 207 G ######## 206 A ########## 205 C ########## 204 G ################# 203 T ##################### 202 C ####################### 201 G ##################################### 200 C #################################### 199 A ########################################## 198 T ################################################ 197 G ############################################################################# 196 C ############################################################################## 195 T ######################################################################## 194 C ################################################################################# 193 C ############################################################################ 192 T ################################################################################################## 191 C ################################################################################################## 190 T ################################################################################################# 189 A ################################################################################### 188 G ############################################################################ 187 A ######################################################### 186 C ######################################################### 185 T ##################################### 184 C ################################## 183 G ############################# 182 A ################# 181 G ################### 180 G ################ 179 A ############## 178 A ############ 177 T ######## 176 T ####### 175 C #### 174 G ##### 173 G #### 172 T ### 171 A ### 170 C ## 169 C ## 168 C # 167 C # 166 C # 165 G ## 164 T # 163 A # 162 T # 161 C # 160 A # 159 C # 158 C # 157 G ## 156 G ## 155 C ## 154 G ## 153 G ## 152 T ## 151 G ## 150 A ## 149 T ## 148 A ## 147 C ## 146 G ## 145 A # 144 A # 143 T # 142 T # 141 C ## 140 G ## 139 T ## 138 A ## 137 T ## 136 C ## 135 C ## 134 C ### 133 T ### 132 T ### 131 C #### 130 G ### 129 G ### 128 T ### 127 G ### 126 A ### 125 T ### 124 A ### 123 C #### 122 G #### 121 C #### 120 T ### 119 A ### 118 G #### 117 G ### 116 G #### 115 G #### 114 T #### 113 T ### 112 C ### 111 G ###### 110 C ####### 109 G ##### 108 T #### 107 A #### 106 T #### 105 C ##### 104 A #### 103 C ##### 102 C ####### 101 G ##### 100 C ###### 99 C ####### 98 G ###### 97 G ###### 96 T 95 G ## 94 A ########## 93 T ######### 92 A ####### 91 C ######## 90 G ####### 89 C ####### 88 G ##### 87 A #### 86 A ##### 85 A ##### 84 T #### 83 C ##### 82 C ###### 81 T ##### 80 A ###### 79 T ###### 78 C ####### 77 A ##### 76 C ####### 75 C ######## 74 G ####### 73 C ######### 72 A ###### 71 A ####### 70 G ###### 69 G ##### 68 G ###### 67 A ##### 66 T ###### 65 A ##### 64 C ###### 63 C ####### 62 G ##### 61 G ##### 60 T ##### 59 A #### 58 T ##### 57 C ##### 56 C ##### 55 C ###### 54 T ##### 53 T ##### 52 G ###### 51 C ####### 50 G #### 49 G ##### 48 T #### 47 G ##### 46 A #### 45 T #### 44 A #### 43 G #### 42 G ### 41 G ### 40 G #### 39 T #### 38 A ### 37 T ### 36 C ### 35 C ### 34 C #### 33 T #### 32 T ### 31 G #### 30 C ##### 29 G ### 28 G ### 27 T ### 26 G ### 25 A ### 24 T ### 23 A #### 22 G ### 21 G ### 20 G ## 19 G ## 18 T ## 17 A ## 16 T ## 15 C ## 14 A ## 13 C ## 12 C ## 11 G ## 10 C ## 9 G # 8 G ## Length from nick -56 A ######## -55 G # -54 T # -53 G -52 A ######### -51 A ############################## -50 T ######## -49 T ## -48 G #### -47 T ################## -46 A ################### -45 A ############################## -44 T ######################################### -43 A ########################################## -42 C ############################################### -41 G ############################################ -40 A ################################################### -39 C ########################################## -38 T ###################################### -37 C ############################ -36 A ###################### -35 C ####################### -34 T ############### -33 A ################## -32 T ################ -31 A ############# -30 G ########### -29 G ######## -28 G ######## -27 C ####### -26 G ######## -25 A ##### -24 A ### -23 T ### -22 T ##### -21 G ###### -20 G ##### -19 G ####### -18 C ###### -17 C ###### -16 C ####### -15 G ######## -14 A ########## -13 C ########## -12 G ################# -11 T ##################### -10 C ####################### -9 G ##################################### -8 C #################################### -7 A ########################################## -6 T ################################################ -5 G ############################################################################# -4 C ############################################################################## -3 T ######################################################################## -2 C ################################################################################# -1 C ############################################################################ 1 T ################################################################################################## 2 C ################################################################################################## 3 T ################################################################################################# 4 A ################################################################################### 5 G ############################################################################ 6 A ######################################################### 7 C ######################################################### 8 T ##################################### 9 C ################################## 10 G ############################# 11 A ################# 12 G ################### 13 G ################ 14 A ############## 15 A ############ 16 T ######## 17 T ####### 18 C #### 19 G ##### 20 G #### 21 T ### 22 A ### 23 C ## 24 C ## 25 C # 26 C # 27 C # 28 G ## 29 T # 30 A # 31 T # 32 C # 33 A # 34 C # 35 C # 36 G ## 37 G ## 38 C ## 39 G ## 40 G ## 41 T ## 42 G ## 43 A ## 44 T ## 45 A ## 46 C ## 47 G ## 48 A # 49 A # 50 T # 51 T # 52 C ## 53 G ## 54 T ## 55 A ## 56 T ## 57 C ## 58 C ## 59 C ### 60 T ### 61 T ### 62 C #### 63 G ### 64 G ### 65 T ### 66 G ### 67 A ### 68 T ### 69 A ### 70 C #### 71 G #### 72 C #### 73 T ### 74 A ### 75 G #### 76 G ### 77 G #### 78 G #### 79 T #### 80 T ### 81 C ### 82 G ###### 83 C ####### 84 G ##### 85 T #### 86 A #### 87 T #### 88 C ##### 89 A #### 90 C ##### 91 C ####### 92 G ##### 93 C ###### 94 C ####### 95 G ###### 96 G ###### 97 T 98 G ## 99 A ########## 100 T ######### 101 A ####### 102 C ######## 103 G ####### 104 C ####### 105 G ##### 106 A #### 107 A ##### 108 A ##### 109 T #### 110 C ##### 111 C ###### 112 T ##### 113 A ###### 114 T ###### 115 C ####### 116 A ##### 117 C ####### 118 C ######## 119 G ####### 120 C ######### 121 A ###### 122 A ####### 123 G ###### 124 G ##### 125 G ###### 126 A ##### 127 T ###### 128 A ##### 129 C ###### 130 C ####### 131 G ##### 132 G ##### 133 T ##### 134 A #### 135 T ##### 136 C ##### 137 C ##### 138 C ###### 139 T ##### 140 T ##### 141 G ###### 142 C ####### 143 G #### 144 G ##### 145 T #### 146 G ##### 147 A #### 148 T #### 149 A #### 150 G #### 151 G ### 152 G ### 153 G #### 154 T #### 155 A ### 156 T ### 157 C ### 158 C ### 159 C #### 160 T #### 161 T ### 162 G #### 163 C ##### 164 G ### 165 G ### 166 T ### 167 G ### 168 A ### 169 T ### 170 A #### 171 G ### 172 G ### 173 G ## 174 G ## 175 T ## 176 A ## 177 T ## 178 C ## 179 A ## 180 C ## 181 C ## 182 G ## 183 C ## 184 G # 185 G ## Name of gel and number of scan = No65 def.193 - 4 min Name of sequence = Clon No 1670 Number of lanes = 11 Lane for analysis = 10 Number of analysing nucleotide = 241 First analysing nucleotide = 142 3'-nucleotide before nik = 197 5'-AGGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGCTATTACGCCAGCTGGCGAAAGGGGGATGTGCTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTGGGCCCGACGTCGCATGCTCCTCTAGACTCGAGGAATTCGGTACCCCCGTATCACCGGCGGTGATACGAATTCGTATCCCTTCGGTGATACGCTAGGGGTTCGCGTATCACCGCCGGTGATACGCGAAATCCTATCACCGCAAGGGATACCGGTATCCCTTGCGGTGATAGGGGTATCCCTTGCGGTGATAGGGGTATCACCGCGGTGATAGG0 Length of fragment = 389 P(K)=P(K)/100 142 A 14287 143 G 1741 144 T 7748 145 G 5257 146 A 7574 147 A 5719 148 T 6594 149 T 10624 150 G 13986 151 T 14582 152 A 29291 153 A 40584 154 T 59524 155 A 51651 156 C 74124 157 G 80203 158 A 66483 159 C 61903 160 T 54091 161 C 60643 162 A 57801 163 C 41131 164 T 35550 165 A 46870 166 T 44925 167 A 27205 168 G 27147 169 G 30359 170 G 19493 171 C 15677 172 G 16968 173 A 11771 174 A 12330 175 T 6836 176 T 18950 177 G 334 178 G 16377 179 G 13332 180 C 11154 181 C 10677 182 C 12407 183 G 15294 184 A 20444 185 C 18681 186 G 24011 187 T 25217 188 C 27248 189 G 56528 190 C 49063 191 A 60939 192 T 56807 193 G 142184 194 C 95808 195 T 96686 196 C 139126 197 C 115871 198 T 149243 199 C 158505 200 T 159043 201 A 131913 202 G 129464 203 A 90403 204 C 100616 205 T 64487 206 C 63033 207 G 52435 208 A 48143 209 G 66914 210 G 43828 211 A 30113 212 A 32485 213 T 18948 214 T 17699 215 C 17133 216 G 13976 217 G 5963 218 T 5989 219 A 7836 220 C 5799 221 C 5485 222 C 6035 223 C 5607 224 C 5249 225 G 6649 226 T 4959 227 A 5587 228 T 4777 229 C 4363 230 A 5428 231 C 4920 232 C 5118 233 G 5653 234 G 6208 235 C 6207 236 G 6883 237 G 6372 238 T 5648 239 G 9046 240 A 3682 241 T 5205 242 A 6936 243 C 5687 244 G 6213 245 A 5279 246 A 5752 247 T 4956 248 T 5302 249 C 6125 250 G 7380 251 T 6402 252 A 7319 253 T 6399 254 C 6733 255 C 7158 256 C 8593 257 T 8007 258 T 7836 259 C 10578 260 G 8543 261 G 9479 262 T 8058 263 G 9853 264 A 7675 265 T 8954 266 A 8795 267 C 11905 268 G 8889 269 C 11329 270 T 9288 271 A 7618 272 G 8729 273 G 9203 274 G 8202 275 G 10697 276 T 7062 277 T 9469 278 C 7380 279 G 16504 280 C 17184 281 G 9722 282 T 10806 283 A 8533 284 T 8655 285 C 11836 286 A 6042 287 C 7455 288 C 9995 289 G 6663 290 C 10547 291 C 11736 292 G 6681 293 G 6245 294 T 53242 295 G 26682 296 A 8844 297 T 15923 298 A 13394 299 C 15240 300 G 13918 301 C 14721 302 G 15587 303 A 7046 304 A 10626 305 A 11337 306 T 10793 307 C 12293 308 C 13640 309 T 12611 310 A 12726 311 T 12834 312 C 16488 313 A 12207 314 C 15185 315 C 20502 316 G 11893 317 C 25941 318 A 11895 319 A 9541 320 G 13041 321 G 11351 322 G 14441 323 A 11291 324 T 13044 325 A 11389 326 C 13745 327 C 16842 328 G 10365 329 G 12110 330 T 12655 331 A 10171 332 T 10792 333 C 11736 334 C 11658 335 C 13625 336 T 12278 337 T 10887 338 G 14270 339 C 15757 340 G 11044 341 G 12211 342 T 10475 343 G 12170 344 A 9450 345 T 11738 346 A 8628 347 G 10014 348 G 9391 349 G 9103 350 G 9862 351 T 10199 352 A 8185 353 T 8896 354 C 8970 355 C 8909 356 C 10474 357 T 10523 358 T 9086 359 G 11345 360 C 12488 361 G 9250 362 G 9112 363 T 8187 364 G 9703 365 A 7034 366 T 8904 367 A 7164 368 G 8278 369 G 7475 370 G 7265 371 G 7786 372 T 6299 373 A 6775 374 T 5832 375 C 8270 376 A 5667 377 C 5799 378 C 8355 379 G 5627 380 C 7753 381 G 5299 382 G 10966 MAX = 159043 MIN = 334 Length from 5'-end 142 A ######## 143 G 144 T #### 145 G ### 146 A #### 147 A ### 148 T ### 149 T ###### 150 G ######## 151 T ######## 152 A ################## 153 A ######################### 154 T ##################################### 155 A ################################ 156 C ############################################## 157 G ################################################## 158 A ######################################### 159 C ###################################### 160 T ################################# 161 C ##################################### 162 A #################################### 163 C ######################### 164 T ###################### 165 A ############################# 166 T ############################ 167 A ################ 168 G ################ 169 G ################## 170 G ############ 171 C ######### 172 G ########## 173 A ####### 174 A ####### 175 T #### 176 T ########### 177 G 178 G ########## 179 G ######## 180 C ###### 181 C ###### 182 C ####### 183 G ######### 184 A ############ 185 C ########### 186 G ############## 187 T ############### 188 C ################ 189 G ################################### 190 C ############################## 191 A ###################################### 192 T ################################### 193 G ######################################################################################### 194 C ############################################################ 195 T ############################################################ 196 C ####################################################################################### 197 C ######################################################################## 198 T ############################################################################################# 199 C ################################################################################################### 200 T ################################################################################################### 201 A ################################################################################## 202 G ################################################################################# 203 A ######################################################## 204 C ############################################################### 205 T ######################################## 206 C ####################################### 207 G ################################ 208 A ############################## 209 G ######################################### 210 G ########################### 211 A ################## 212 A #################### 213 T ########### 214 T ########## 215 C ########## 216 G ######## 217 G ### 218 T ### 219 A #### 220 C ### 221 C ### 222 C ### 223 C ### 224 C ### 225 G ### 226 T ## 227 A ### 228 T ## 229 C ## 230 A ### 231 C ## 232 C ### 233 G ### 234 G ### 235 C ### 236 G #### 237 G ### 238 T ### 239 G ##### 240 A ## 241 T ### 242 A #### 243 C ### 244 G ### 245 A ### 246 A ### 247 T ## 248 T ### 249 C ### 250 G #### 251 T ### 252 A #### 253 T ### 254 C #### 255 C #### 256 C ##### 257 T #### 258 T #### 259 C ###### 260 G ##### 261 G ##### 262 T #### 263 G ##### 264 A #### 265 T ##### 266 A ##### 267 C ####### 268 G ##### 269 C ###### 270 T ##### 271 A #### 272 G ##### 273 G ##### 274 G #### 275 G ###### 276 T #### 277 T ##### 278 C #### 279 G ########## 280 C ########## 281 G ##### 282 T ###### 283 A ##### 284 T ##### 285 C ####### 286 A ### 287 C #### 288 C ###### 289 G ### 290 C ###### 291 C ####### 292 G ### 293 G ### 294 T ################################# 295 G ################ 296 A ##### 297 T ######### 298 A ######## 299 C ######### 300 G ######## 301 C ######### 302 G ######### 303 A #### 304 A ###### 305 A ###### 306 T ###### 307 C ####### 308 C ######## 309 T ####### 310 A ####### 311 T ####### 312 C ########## 313 A ####### 314 C ######### 315 C ############ 316 G ####### 317 C ################ 318 A ####### 319 A ##### 320 G ####### 321 G ###### 322 G ######## 323 A ###### 324 T ####### 325 A ###### 326 C ######## 327 C ########## 328 G ###### 329 G ####### 330 T ####### 331 A ###### 332 T ###### 333 C ####### 334 C ####### 335 C ######## 336 T ####### 337 T ###### 338 G ######## 339 C ######### 340 G ###### 341 G ####### 342 T ###### 343 G ####### 344 A ##### 345 T ####### 346 A ##### 347 G ###### 348 G ##### 349 G ##### 350 G ##### 351 T ###### 352 A #### 353 T ##### 354 C ##### 355 C ##### 356 C ###### 357 T ###### 358 T ##### 359 G ###### 360 C ####### 361 G ##### 362 G ##### 363 T #### 364 G ##### 365 A #### 366 T ##### 367 A #### 368 G #### 369 G #### 370 G #### 371 G #### 372 T ### 373 A #### 374 T ### 375 C #### 376 A ### 377 C ### 378 C ##### 379 G ### 380 C #### 381 G ### 382 G ###### Length from 3'-end 248 A ######## 247 G 246 T #### 245 G ### 244 A #### 243 A ### 242 T ### 241 T ###### 240 G ######## 239 T ######## 238 A ################## 237 A ######################### 236 T ##################################### 235 A ################################ 234 C ############################################## 233 G ################################################## 232 A ######################################### 231 C ###################################### 230 T ################################# 229 C ##################################### 228 A #################################### 227 C ######################### 226 T ###################### 225 A ############################# 224 T ############################ 223 A ################ 222 G ################ 221 G ################## 220 G ############ 219 C ######### 218 G ########## 217 A ####### 216 A ####### 215 T #### 214 T ########### 213 G 212 G ########## 211 G ######## 210 C ###### 209 C ###### 208 C ####### 207 G ######### 206 A ############ 205 C ########### 204 G ############## 203 T ############### 202 C ################ 201 G ################################### 200 C ############################## 199 A ###################################### 198 T ################################### 197 G ######################################################################################### 196 C ############################################################ 195 T ############################################################ 194 C ####################################################################################### 193 C ######################################################################## 192 T ############################################################################################# 191 C ################################################################################################### 190 T ################################################################################################### 189 A ################################################################################## 188 G ################################################################################# 187 A ######################################################## 186 C ############################################################### 185 T ######################################## 184 C ####################################### 183 G ################################ 182 A ############################## 181 G ######################################### 180 G ########################### 179 A ################## 178 A #################### 177 T ########### 176 T ########## 175 C ########## 174 G ######## 173 G ### 172 T ### 171 A #### 170 C ### 169 C ### 168 C ### 167 C ### 166 C ### 165 G ### 164 T ## 163 A ### 162 T ## 161 C ## 160 A ### 159 C ## 158 C ### 157 G ### 156 G ### 155 C ### 154 G #### 153 G ### 152 T ### 151 G ##### 150 A ## 149 T ### 148 A #### 147 C ### 146 G ### 145 A ### 144 A ### 143 T ## 142 T ### 141 C ### 140 G #### 139 T ### 138 A #### 137 T ### 136 C #### 135 C #### 134 C ##### 133 T #### 132 T #### 131 C ###### 130 G ##### 129 G ##### 128 T #### 127 G ##### 126 A #### 125 T ##### 124 A ##### 123 C ####### 122 G ##### 121 C ###### 120 T ##### 119 A #### 118 G ##### 117 G ##### 116 G #### 115 G ###### 114 T #### 113 T ##### 112 C #### 111 G ########## 110 C ########## 109 G ##### 108 T ###### 107 A ##### 106 T ##### 105 C ####### 104 A ### 103 C #### 102 C ###### 101 G ### 100 C ###### 99 C ####### 98 G ### 97 G ### 96 T ################################# 95 G ################ 94 A ##### 93 T ######### 92 A ######## 91 C ######### 90 G ######## 89 C ######### 88 G ######### 87 A #### 86 A ###### 85 A ###### 84 T ###### 83 C ####### 82 C ######## 81 T ####### 80 A ####### 79 T ####### 78 C ########## 77 A ####### 76 C ######### 75 C ############ 74 G ####### 73 C ################ 72 A ####### 71 A ##### 70 G ####### 69 G ###### 68 G ######## 67 A ###### 66 T ####### 65 A ###### 64 C ######## 63 C ########## 62 G ###### 61 G ####### 60 T ####### 59 A ###### 58 T ###### 57 C ####### 56 C ####### 55 C ######## 54 T ####### 53 T ###### 52 G ######## 51 C ######### 50 G ###### 49 G ####### 48 T ###### 47 G ####### 46 A ##### 45 T ####### 44 A ##### 43 G ###### 42 G ##### 41 G ##### 40 G ##### 39 T ###### 38 A #### 37 T ##### 36 C ##### 35 C ##### 34 C ###### 33 T ###### 32 T ##### 31 G ###### 30 C ####### 29 G ##### 28 G ##### 27 T #### 26 G ##### 25 A #### 24 T ##### 23 A #### 22 G #### 21 G #### 20 G #### 19 G #### 18 T ### 17 A #### 16 T ### 15 C #### 14 A ### 13 C ### 12 C ##### 11 G ### 10 C #### 9 G ### 8 G ###### Length from nick -56 A ######## -55 G -54 T #### -53 G ### -52 A #### -51 A ### -50 T ### -49 T ###### -48 G ######## -47 T ######## -46 A ################## -45 A ######################### -44 T ##################################### -43 A ################################ -42 C ############################################## -41 G ################################################## -40 A ######################################### -39 C ###################################### -38 T ################################# -37 C ##################################### -36 A #################################### -35 C ######################### -34 T ###################### -33 A ############################# -32 T ############################ -31 A ################ -30 G ################ -29 G ################## -28 G ############ -27 C ######### -26 G ########## -25 A ####### -24 A ####### -23 T #### -22 T ########### -21 G -20 G ########## -19 G ######## -18 C ###### -17 C ###### -16 C ####### -15 G ######### -14 A ############ -13 C ########### -12 G ############## -11 T ############### -10 C ################ -9 G ################################### -8 C ############################## -7 A ###################################### -6 T ################################### -5 G ######################################################################################### -4 C ############################################################ -3 T ############################################################ -2 C ####################################################################################### -1 C ######################################################################## 1 T ############################################################################################# 2 C ################################################################################################### 3 T ################################################################################################### 4 A ################################################################################## 5 G ################################################################################# 6 A ######################################################## 7 C ############################################################### 8 T ######################################## 9 C ####################################### 10 G ################################ 11 A ############################## 12 G ######################################### 13 G ########################### 14 A ################## 15 A #################### 16 T ########### 17 T ########## 18 C ########## 19 G ######## 20 G ### 21 T ### 22 A #### 23 C ### 24 C ### 25 C ### 26 C ### 27 C ### 28 G ### 29 T ## 30 A ### 31 T ## 32 C ## 33 A ### 34 C ## 35 C ### 36 G ### 37 G ### 38 C ### 39 G #### 40 G ### 41 T ### 42 G ##### 43 A ## 44 T ### 45 A #### 46 C ### 47 G ### 48 A ### 49 A ### 50 T ## 51 T ### 52 C ### 53 G #### 54 T ### 55 A #### 56 T ### 57 C #### 58 C #### 59 C ##### 60 T #### 61 T #### 62 C ###### 63 G ##### 64 G ##### 65 T #### 66 G ##### 67 A #### 68 T ##### 69 A ##### 70 C ####### 71 G ##### 72 C ###### 73 T ##### 74 A #### 75 G ##### 76 G ##### 77 G #### 78 G ###### 79 T #### 80 T ##### 81 C #### 82 G ########## 83 C ########## 84 G ##### 85 T ###### 86 A ##### 87 T ##### 88 C ####### 89 A ### 90 C #### 91 C ###### 92 G ### 93 C ###### 94 C ####### 95 G ### 96 G ### 97 T ################################# 98 G ################ 99 A ##### 100 T ######### 101 A ######## 102 C ######### 103 G ######## 104 C ######### 105 G ######### 106 A #### 107 A ###### 108 A ###### 109 T ###### 110 C ####### 111 C ######## 112 T ####### 113 A ####### 114 T ####### 115 C ########## 116 A ####### 117 C ######### 118 C ############ 119 G ####### 120 C ################ 121 A ####### 122 A ##### 123 G ####### 124 G ###### 125 G ######## 126 A ###### 127 T ####### 128 A ###### 129 C ######## 130 C ########## 131 G ###### 132 G ####### 133 T ####### 134 A ###### 135 T ###### 136 C ####### 137 C ####### 138 C ######## 139 T ####### 140 T ###### 141 G ######## 142 C ######### 143 G ###### 144 G ####### 145 T ###### 146 G ####### 147 A ##### 148 T ####### 149 A ##### 150 G ###### 151 G ##### 152 G ##### 153 G ##### 154 T ###### 155 A #### 156 T ##### 157 C ##### 158 C ##### 159 C ###### 160 T ###### 161 T ##### 162 G ###### 163 C ####### 164 G ##### 165 G ##### 166 T #### 167 G ##### 168 A #### 169 T ##### 170 A #### 171 G #### 172 G #### 173 G #### 174 G #### 175 T ### 176 A #### 177 T ### 178 C #### 179 A ### 180 C ### 181 C ##### 182 G ### 183 C #### 184 G ### 185 G ###### Name of gel and number of scan = No67-1681 def.179 Name of sequence = Clon No 1681 Number of lanes = 4 Lane for analysis = 3 Number of analysing nucleotide = 208 First analysing nucleotide = 37 3'-nucleotide before nik = 156 5'-ATTCAGGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGCTATTACGCCAGCTGGCGAAAGGGGGATGTGCTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTGGGCCCGACGTCGCATGCTCCTCTAGACTCGAGGAATTCGGTACTTTTAAAAGACTCGCGATAAGCTTGGATC0 Length of fragment = 253 P(K)=P(K)/100 37 G 5919 38 C 1871 39 G 2233 40 G 1611 41 G 1291 42 C 1122 43 C 1019 44 T 847 45 C 909 46 T 745 47 T 655 48 C 659 49 G 587 50 C 741 51 T 705 52 A 662 53 T 662 54 T 556 55 A 700 56 C 575 57 G 596 58 C 666 59 C 663 60 A 727 61 G 626 62 C 634 63 T 723 64 G 770 65 G 867 66 C 685 67 G 607 68 A 676 69 A 681 70 A 753 71 G 690 72 G 623 73 G 692 74 G 765 75 G 637 76 A 717 77 T 801 78 G 705 79 T 675 80 G 766 81 C 733 82 T 808 83 G 869 84 C 898 85 A 914 86 A 908 87 G 917 88 G 824 89 C 793 90 G 802 91 A 773 92 T 823 93 T 776 94 A 896 95 A 935 96 G 865 97 T 810 98 T 826 99 G 923 100 G 989 101 G 965 102 T 1064 103 A 991 104 A 983 105 C 1652 106 G 1350 107 C 1155 108 C 1095 109 A 1143 110 G 981 111 G 1061 112 G 983 113 T 982 114 T 947 115 T 853 116 T 891 117 C 910 118 C 942 119 C 962 120 A 953 121 G 943 122 T 951 123 C 960 124 A 993 125 C 1090 126 G 994 127 A 969 128 C 989 129 G 1017 130 T 1009 131 T 985 132 G 1036 133 T 987 134 A 1022 135 A 1017 136 A 1086 137 A 1252 138 C 1383 139 G 1463 140 A 1538 141 C 1863 142 G 2150 143 G 2865 144 C 3107 145 C 3201 146 A 3880 147 G 5975 148 T 7344 149 G 10157 150 A 12723 151 A 22334 152 T 31493 153 T 35432 154 G 42707 155 T 48664 156 A 46562 157 A 42675 158 T 41690 159 A 36591 160 C 30123 161 G 19832 162 A 11835 163 C 10244 164 T 7426 165 C 5584 166 A 3768 167 C 3105 168 T 2454 169 A 1833 170 T 1709 171 A 1505 172 G 1525 173 G 1513 174 G 1427 175 C 1218 176 G 1299 177 A 1142 178 A 1110 179 T 1078 180 T 1094 181 G 1151 182 G 1066 183 G 1060 184 C 880 185 C 857 186 C 1042 187 G 1018 188 A 926 189 C 924 190 G 1021 191 T 1030 192 C 934 193 G 1165 194 C 1143 195 A 1292 196 T 1654 197 G 2672 198 C 3278 199 T 4102 200 C 5486 201 C 5362 202 T 6274 203 C 5307 204 T 3881 205 A 2831 206 G 2381 207 A 1903 208 C 1574 209 T 1416 210 C 1346 211 G 1268 212 A 1100 213 G 1112 214 G 1001 215 A 984 216 A 892 217 T 808 218 T 789 219 C 804 220 G 891 221 G 795 222 T 785 223 A 807 224 C 770 225 T 858 226 T 796 227 T 1001 228 T 805 229 A 828 230 A 698 231 A 628 232 A 600 233 G 615 234 A 484 235 C 416 236 T 424 237 C 359 238 G 359 239 C 249 240 G 451 241 A 245 242 T 234 243 A 206 244 A 181 MAX = 48664 MIN = 181 Length from 5'-end 37 G ########### 38 C ### 39 G #### 40 G ## 41 G ## 42 C # 43 C # 44 T # 45 C # 46 T # 47 T 48 C 49 G 50 C # 51 T # 52 A 53 T 54 T 55 A # 56 C 57 G 58 C 59 C 60 A # 61 G 62 C 63 T # 64 G # 65 G # 66 C # 67 G 68 A # 69 A # 70 A # 71 G # 72 G 73 G # 74 G # 75 G 76 A # 77 T # 78 G # 79 T # 80 G # 81 C # 82 T # 83 G # 84 C # 85 A # 86 A # 87 G # 88 G # 89 C # 90 G # 91 A # 92 T # 93 T # 94 A # 95 A # 96 G # 97 T # 98 T # 99 G # 100 G # 101 G # 102 T # 103 A # 104 A # 105 C ### 106 G ## 107 C ## 108 C # 109 A # 110 G # 111 G # 112 G # 113 T # 114 T # 115 T # 116 T # 117 C # 118 C # 119 C # 120 A # 121 G # 122 T # 123 C # 124 A # 125 C # 126 G # 127 A # 128 C # 129 G # 130 T # 131 T # 132 G # 133 T # 134 A # 135 A # 136 A # 137 A ## 138 C ## 139 G ## 140 A ## 141 C ### 142 G #### 143 G ##### 144 C ###### 145 C ###### 146 A ####### 147 G ########### 148 T ############## 149 G #################### 150 A ######################### 151 A ############################################# 152 T ################################################################ 153 T ######################################################################## 154 G ####################################################################################### 155 T ################################################################################################### 156 A ############################################################################################### 157 A ####################################################################################### 158 T ##################################################################################### 159 A ########################################################################## 160 C ############################################################# 161 G ######################################## 162 A ####################### 163 C #################### 164 T ############## 165 C ########### 166 A ####### 167 C ###### 168 T #### 169 A ### 170 T ### 171 A ## 172 G ## 173 G ## 174 G ## 175 C ## 176 G ## 177 A # 178 A # 179 T # 180 T # 181 G # 182 G # 183 G # 184 C # 185 C # 186 C # 187 G # 188 A # 189 C # 190 G # 191 T # 192 C # 193 G ## 194 C # 195 A ## 196 T ### 197 G ##### 198 C ###### 199 T ######## 200 C ########## 201 C ########## 202 T ############ 203 C ########## 204 T ####### 205 A ##### 206 G #### 207 A ### 208 C ## 209 T ## 210 C ## 211 G ## 212 A # 213 G # 214 G # 215 A # 216 A # 217 T # 218 T # 219 C # 220 G # 221 G # 222 T # 223 A # 224 C # 225 T # 226 T # 227 T # 228 T # 229 A # 230 A # 231 A 232 A 233 G 234 A 235 C 236 T 237 C 238 G 239 C 240 G 241 A 242 T 243 A 244 A Length from 3'-end 217 G ########### 216 C ### 215 G #### 214 G ## 213 G ## 212 C # 211 C # 210 T # 209 C # 208 T # 207 T 206 C 205 G 204 C # 203 T # 202 A 201 T 200 T 199 A # 198 C 197 G 196 C 195 C 194 A # 193 G 192 C 191 T # 190 G # 189 G # 188 C # 187 G 186 A # 185 A # 184 A # 183 G # 182 G 181 G # 180 G # 179 G 178 A # 177 T # 176 G # 175 T # 174 G # 173 C # 172 T # 171 G # 170 C # 169 A # 168 A # 167 G # 166 G # 165 C # 164 G # 163 A # 162 T # 161 T # 160 A # 159 A # 158 G # 157 T # 156 T # 155 G # 154 G # 153 G # 152 T # 151 A # 150 A # 149 C ### 148 G ## 147 C ## 146 C # 145 A # 144 G # 143 G # 142 G # 141 T # 140 T # 139 T # 138 T # 137 C # 136 C # 135 C # 134 A # 133 G # 132 T # 131 C # 130 A # 129 C # 128 G # 127 A # 126 C # 125 G # 124 T # 123 T # 122 G # 121 T # 120 A # 119 A # 118 A # 117 A ## 116 C ## 115 G ## 114 A ## 113 C ### 112 G #### 111 G ##### 110 C ###### 109 C ###### 108 A ####### 107 G ########### 106 T ############## 105 G #################### 104 A ######################### 103 A ############################################# 102 T ################################################################ 101 T ######################################################################## 100 G ####################################################################################### 99 T ################################################################################################### 98 A ############################################################################################### 97 A ####################################################################################### 96 T ##################################################################################### 95 A ########################################################################## 94 C ############################################################# 93 G ######################################## 92 A ####################### 91 C #################### 90 T ############## 89 C ########### 88 A ####### 87 C ###### 86 T #### 85 A ### 84 T ### 83 A ## 82 G ## 81 G ## 80 G ## 79 C ## 78 G ## 77 A # 76 A # 75 T # 74 T # 73 G # 72 G # 71 G # 70 C # 69 C # 68 C # 67 G # 66 A # 65 C # 64 G # 63 T # 62 C # 61 G ## 60 C # 59 A ## 58 T ### 57 G ##### 56 C ###### 55 T ######## 54 C ########## 53 C ########## 52 T ############ 51 C ########## 50 T ####### 49 A ##### 48 G #### 47 A ### 46 C ## 45 T ## 44 C ## 43 G ## 42 A # 41 G # 40 G # 39 A # 38 A # 37 T # 36 T # 35 C # 34 G # 33 G # 32 T # 31 A # 30 C # 29 T # 28 T # 27 T # 26 T # 25 A # 24 A # 23 A 22 A 21 G 20 A 19 C 18 T 17 C 16 G 15 C 14 G 13 A 12 T 11 A 10 A Length from nick -120 G ########### -119 C ### -118 G #### -117 G ## -116 G ## -115 C # -114 C # -113 T # -112 C # -111 T # -110 T -109 C -108 G -107 C # -106 T # -105 A -104 T -103 T -102 A # -101 C -100 G -99 C -98 C -97 A # -96 G -95 C -94 T # -93 G # -92 G # -91 C # -90 G -89 A # -88 A # -87 A # -86 G # -85 G -84 G # -83 G # -82 G -81 A # -80 T # -79 G # -78 T # -77 G # -76 C # -75 T # -74 G # -73 C # -72 A # -71 A # -70 G # -69 G # -68 C # -67 G # -66 A # -65 T # -64 T # -63 A # -62 A # -61 G # -60 T # -59 T # -58 G # -57 G # -56 G # -55 T # -54 A # -53 A # -52 C ### -51 G ## -50 C ## -49 C # -48 A # -47 G # -46 G # -45 G # -44 T # -43 T # -42 T # -41 T # -40 C # -39 C # -38 C # -37 A # -36 G # -35 T # -34 C # -33 A # -32 C # -31 G # -30 A # -29 C # -28 G # -27 T # -26 T # -25 G # -24 T # -23 A # -22 A # -21 A # -20 A ## -19 C ## -18 G ## -17 A ## -16 C ### -15 G #### -14 G ##### -13 C ###### -12 C ###### -11 A ####### -10 G ########### -9 T ############## -8 G #################### -7 A ######################### -6 A ############################################# -5 T ################################################################ -4 T ######################################################################## -3 G ####################################################################################### -2 T ################################################################################################### -1 A ############################################################################################### 1 A ####################################################################################### 2 T ##################################################################################### 3 A ########################################################################## 4 C ############################################################# 5 G ######################################## 6 A ####################### 7 C #################### 8 T ############## 9 C ########### 10 A ####### 11 C ###### 12 T #### 13 A ### 14 T ### 15 A ## 16 G ## 17 G ## 18 G ## 19 C ## 20 G ## 21 A # 22 A # 23 T # 24 T # 25 G # 26 G # 27 G # 28 C # 29 C # 30 C # 31 G # 32 A # 33 C # 34 G # 35 T # 36 C # 37 G ## 38 C # 39 A ## 40 T ### 41 G ##### 42 C ###### 43 T ######## 44 C ########## 45 C ########## 46 T ############ 47 C ########## 48 T ####### 49 A ##### 50 G #### 51 A ### 52 C ## 53 T ## 54 C ## 55 G ## 56 A # 57 G # 58 G # 59 A # 60 A # 61 T # 62 T # 63 C # 64 G # 65 G # 66 T # 67 A # 68 C # 69 T # 70 T # 71 T # 72 T # 73 A # 74 A # 75 A 76 A 77 G 78 A 79 C 80 T 81 C 82 G 83 C 84 G 85 A 86 T 87 A 88 A Name of gel and number of scan = No67-1681 def.179 Name of sequence = Clon No 1681 Number of lanes = 4 Lane for analysis = 3 Number of analysing nucleotide = 208 First analysing nucleotide = 37 3'-nucleotide before nik = 201 5'-ATTCAGGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGCTATTACGCCAGCTGGCGAAAGGGGGATGTGCTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTGGGCCCGACGTCGCATGCTCCTCTAGACTCGAGGAATTCGGTACTTTTAAAAGACTCGCGATAAGCTTGGATC0 Length of fragment = 253 P(K)=P(K)/100 37 G 5919 38 C 1871 39 G 2233 40 G 1611 41 G 1291 42 C 1122 43 C 1019 44 T 847 45 C 909 46 T 745 47 T 655 48 C 659 49 G 587 50 C 741 51 T 705 52 A 662 53 T 662 54 T 556 55 A 700 56 C 575 57 G 596 58 C 666 59 C 663 60 A 727 61 G 626 62 C 634 63 T 723 64 G 770 65 G 867 66 C 685 67 G 607 68 A 676 69 A 681 70 A 753 71 G 690 72 G 623 73 G 692 74 G 765 75 G 637 76 A 717 77 T 801 78 G 705 79 T 675 80 G 766 81 C 733 82 T 808 83 G 869 84 C 898 85 A 914 86 A 908 87 G 917 88 G 824 89 C 793 90 G 802 91 A 773 92 T 823 93 T 776 94 A 896 95 A 935 96 G 865 97 T 810 98 T 826 99 G 923 100 G 989 101 G 965 102 T 1064 103 A 991 104 A 983 105 C 1652 106 G 1350 107 C 1155 108 C 1095 109 A 1143 110 G 981 111 G 1061 112 G 983 113 T 982 114 T 947 115 T 853 116 T 891 117 C 910 118 C 942 119 C 962 120 A 953 121 G 943 122 T 951 123 C 960 124 A 993 125 C 1090 126 G 994 127 A 969 128 C 989 129 G 1017 130 T 1009 131 T 985 132 G 1036 133 T 987 134 A 1022 135 A 1017 136 A 1086 137 A 1252 138 C 1383 139 G 1463 140 A 1538 141 C 1863 142 G 2150 143 G 2865 144 C 3107 145 C 3201 146 A 3880 147 G 5975 148 T 7344 149 G 10157 150 A 12723 151 A 22334 152 T 31493 153 T 35432 154 G 42707 155 T 48664 156 A 46562 157 A 42675 158 T 41690 159 A 36591 160 C 30123 161 G 19832 162 A 11835 163 C 10244 164 T 7426 165 C 5584 166 A 3768 167 C 3105 168 T 2454 169 A 1833 170 T 1709 171 A 1505 172 G 1525 173 G 1513 174 G 1427 175 C 1218 176 G 1299 177 A 1142 178 A 1110 179 T 1078 180 T 1094 181 G 1151 182 G 1066 183 G 1060 184 C 880 185 C 857 186 C 1042 187 G 1018 188 A 926 189 C 924 190 G 1021 191 T 1030 192 C 934 193 G 1165 194 C 1143 195 A 1292 196 T 1654 197 G 2672 198 C 3278 199 T 4102 200 C 5486 201 C 5362 202 T 6274 203 C 5307 204 T 3881 205 A 2831 206 G 2381 207 A 1903 208 C 1574 209 T 1416 210 C 1346 211 G 1268 212 A 1100 213 G 1112 214 G 1001 215 A 984 216 A 892 217 T 808 218 T 789 219 C 804 220 G 891 221 G 795 222 T 785 223 A 807 224 C 770 225 T 858 226 T 796 227 T 1001 228 T 805 229 A 828 230 A 698 231 A 628 232 A 600 233 G 615 234 A 484 235 C 416 236 T 424 237 C 359 238 G 359 239 C 249 240 G 451 241 A 245 242 T 234 243 A 206 244 A 181 MAX = 48664 MIN = 181 Length from 5'-end 37 G ########### 38 C ### 39 G #### 40 G ## 41 G ## 42 C # 43 C # 44 T # 45 C # 46 T # 47 T 48 C 49 G 50 C # 51 T # 52 A 53 T 54 T 55 A # 56 C 57 G 58 C 59 C 60 A # 61 G 62 C 63 T # 64 G # 65 G # 66 C # 67 G 68 A # 69 A # 70 A # 71 G # 72 G 73 G # 74 G # 75 G 76 A # 77 T # 78 G # 79 T # 80 G # 81 C # 82 T # 83 G # 84 C # 85 A # 86 A # 87 G # 88 G # 89 C # 90 G # 91 A # 92 T # 93 T # 94 A # 95 A # 96 G # 97 T # 98 T # 99 G # 100 G # 101 G # 102 T # 103 A # 104 A # 105 C ### 106 G ## 107 C ## 108 C # 109 A # 110 G # 111 G # 112 G # 113 T # 114 T # 115 T # 116 T # 117 C # 118 C # 119 C # 120 A # 121 G # 122 T # 123 C # 124 A # 125 C # 126 G # 127 A # 128 C # 129 G # 130 T # 131 T # 132 G # 133 T # 134 A # 135 A # 136 A # 137 A ## 138 C ## 139 G ## 140 A ## 141 C ### 142 G #### 143 G ##### 144 C ###### 145 C ###### 146 A ####### 147 G ########### 148 T ############## 149 G #################### 150 A ######################### 151 A ############################################# 152 T ################################################################ 153 T ######################################################################## 154 G ####################################################################################### 155 T ################################################################################################### 156 A ############################################################################################### 157 A ####################################################################################### 158 T ##################################################################################### 159 A ########################################################################## 160 C ############################################################# 161 G ######################################## 162 A ####################### 163 C #################### 164 T ############## 165 C ########### 166 A ####### 167 C ###### 168 T #### 169 A ### 170 T ### 171 A ## 172 G ## 173 G ## 174 G ## 175 C ## 176 G ## 177 A # 178 A # 179 T # 180 T # 181 G # 182 G # 183 G # 184 C # 185 C # 186 C # 187 G # 188 A # 189 C # 190 G # 191 T # 192 C # 193 G ## 194 C # 195 A ## 196 T ### 197 G ##### 198 C ###### 199 T ######## 200 C ########## 201 C ########## 202 T ############ 203 C ########## 204 T ####### 205 A ##### 206 G #### 207 A ### 208 C ## 209 T ## 210 C ## 211 G ## 212 A # 213 G # 214 G # 215 A # 216 A # 217 T # 218 T # 219 C # 220 G # 221 G # 222 T # 223 A # 224 C # 225 T # 226 T # 227 T # 228 T # 229 A # 230 A # 231 A 232 A 233 G 234 A 235 C 236 T 237 C 238 G 239 C 240 G 241 A 242 T 243 A 244 A Length from 3'-end 217 G ########### 216 C ### 215 G #### 214 G ## 213 G ## 212 C # 211 C # 210 T # 209 C # 208 T # 207 T 206 C 205 G 204 C # 203 T # 202 A 201 T 200 T 199 A # 198 C 197 G 196 C 195 C 194 A # 193 G 192 C 191 T # 190 G # 189 G # 188 C # 187 G 186 A # 185 A # 184 A # 183 G # 182 G 181 G # 180 G # 179 G 178 A # 177 T # 176 G # 175 T # 174 G # 173 C # 172 T # 171 G # 170 C # 169 A # 168 A # 167 G # 166 G # 165 C # 164 G # 163 A # 162 T # 161 T # 160 A # 159 A # 158 G # 157 T # 156 T # 155 G # 154 G # 153 G # 152 T # 151 A # 150 A # 149 C ### 148 G ## 147 C ## 146 C # 145 A # 144 G # 143 G # 142 G # 141 T # 140 T # 139 T # 138 T # 137 C # 136 C # 135 C # 134 A # 133 G # 132 T # 131 C # 130 A # 129 C # 128 G # 127 A # 126 C # 125 G # 124 T # 123 T # 122 G # 121 T # 120 A # 119 A # 118 A # 117 A ## 116 C ## 115 G ## 114 A ## 113 C ### 112 G #### 111 G ##### 110 C ###### 109 C ###### 108 A ####### 107 G ########### 106 T ############## 105 G #################### 104 A ######################### 103 A ############################################# 102 T ################################################################ 101 T ######################################################################## 100 G ####################################################################################### 99 T ################################################################################################### 98 A ############################################################################################### 97 A ####################################################################################### 96 T ##################################################################################### 95 A ########################################################################## 94 C ############################################################# 93 G ######################################## 92 A ####################### 91 C #################### 90 T ############## 89 C ########### 88 A ####### 87 C ###### 86 T #### 85 A ### 84 T ### 83 A ## 82 G ## 81 G ## 80 G ## 79 C ## 78 G ## 77 A # 76 A # 75 T # 74 T # 73 G # 72 G # 71 G # 70 C # 69 C # 68 C # 67 G # 66 A # 65 C # 64 G # 63 T # 62 C # 61 G ## 60 C # 59 A ## 58 T ### 57 G ##### 56 C ###### 55 T ######## 54 C ########## 53 C ########## 52 T ############ 51 C ########## 50 T ####### 49 A ##### 48 G #### 47 A ### 46 C ## 45 T ## 44 C ## 43 G ## 42 A # 41 G # 40 G # 39 A # 38 A # 37 T # 36 T # 35 C # 34 G # 33 G # 32 T # 31 A # 30 C # 29 T # 28 T # 27 T # 26 T # 25 A # 24 A # 23 A 22 A 21 G 20 A 19 C 18 T 17 C 16 G 15 C 14 G 13 A 12 T 11 A 10 A Length from nick -165 G ########### -164 C ### -163 G #### -162 G ## -161 G ## -160 C # -159 C # -158 T # -157 C # -156 T # -155 T -154 C -153 G -152 C # -151 T # -150 A -149 T -148 T -147 A # -146 C -145 G -144 C -143 C -142 A # -141 G -140 C -139 T # -138 G # -137 G # -136 C # -135 G -134 A # -133 A # -132 A # -131 G # -130 G -129 G # -128 G # -127 G -126 A # -125 T # -124 G # -123 T # -122 G # -121 C # -120 T # -119 G # -118 C # -117 A # -116 A # -115 G # -114 G # -113 C # -112 G # -111 A # -110 T # -109 T # -108 A # -107 A # -106 G # -105 T # -104 T # -103 G # -102 G # -101 G # -100 T # -99 A # -98 A # -97 C ### -96 G ## -95 C ## -94 C # -93 A # -92 G # -91 G # -90 G # -89 T # -88 T # -87 T # -86 T # -85 C # -84 C # -83 C # -82 A # -81 G # -80 T # -79 C # -78 A # -77 C # -76 G # -75 A # -74 C # -73 G # -72 T # -71 T # -70 G # -69 T # -68 A # -67 A # -66 A # -65 A ## -64 C ## -63 G ## -62 A ## -61 C ### -60 G #### -59 G ##### -58 C ###### -57 C ###### -56 A ####### -55 G ########### -54 T ############## -53 G #################### -52 A ######################### -51 A ############################################# -50 T ################################################################ -49 T ######################################################################## -48 G ####################################################################################### -47 T ################################################################################################### -46 A ############################################################################################### -45 A ####################################################################################### -44 T ##################################################################################### -43 A ########################################################################## -42 C ############################################################# -41 G ######################################## -40 A ####################### -39 C #################### -38 T ############## -37 C ########### -36 A ####### -35 C ###### -34 T #### -33 A ### -32 T ### -31 A ## -30 G ## -29 G ## -28 G ## -27 C ## -26 G ## -25 A # -24 A # -23 T # -22 T # -21 G # -20 G # -19 G # -18 C # -17 C # -16 C # -15 G # -14 A # -13 C # -12 G # -11 T # -10 C # -9 G ## -8 C # -7 A ## -6 T ### -5 G ##### -4 C ###### -3 T ######## -2 C ########## -1 C ########## 1 T ############ 2 C ########## 3 T ####### 4 A ##### 5 G #### 6 A ### 7 C ## 8 T ## 9 C ## 10 G ## 11 A # 12 G # 13 G # 14 A # 15 A # 16 T # 17 T # 18 C # 19 G # 20 G # 21 T # 22 A # 23 C # 24 T # 25 T # 26 T # 27 T # 28 A # 29 A # 30 A 31 A 32 G 33 A 34 C 35 T 36 C 37 G 38 C 39 G 40 A 41 T 42 A 43 A Name of gel and number of scan = No193 def.193 Name of sequence = Clon No 1717 Number of lanes = 10 Lane for analysis = 7 Number of analysing nucleotide = 201 First analysing nucleotide = 12 3'-nucleotide before nik = 131 5'-TCGAGGAATTCGGTACCCCAATTCGAGCTCGGTACCGGGGCCGCCGGGTAAAAGAAGTGAGAACGCGAAGCGTTCGCACTTCGTCCCAATATATATATATTATTAGGGCGAAGTGCGAGCGCTGGCGCCGTGCCCGACTCCGCGCCGGCCCCGGGGGCGGGCCCGGGCGGCGGGGGGCGGGTCTCTCCGGCGCACATAAAGGCCTGCAGGCATGCAAGCTTGGATC0 Length of fragment = 226 P(K)=P(K)/100 12 G 1459 13 G 183 14 T 521 15 A 361 16 C 294 17 C 267 18 C 204 19 C 212 20 A 181 21 A 168 22 T 171 23 T 168 24 C 145 25 G 129 26 A 99 27 G 172 28 C 138 29 T 108 30 C 132 31 G 109 32 G 109 33 T 112 34 A 81 35 C 102 36 C 102 37 G 109 38 G 98 39 G 98 40 G 80 41 C 111 42 C 110 43 G 107 44 C 132 45 C 112 46 G 100 47 G 75 48 G 81 49 T 100 50 A 95 51 A 98 52 A 71 53 A 88 54 G 100 55 A 97 56 A 94 57 G 109 58 T 91 59 G 97 60 A 88 61 G 122 62 A 94 63 A 97 64 C 82 65 G 71 66 C 78 67 G 92 68 A 103 69 A 89 70 G 109 71 C 88 72 G 103 73 T 96 74 T 111 75 C 114 76 G 92 77 C 99 78 A 106 79 C 119 80 T 107 81 T 86 82 C 108 83 G 111 84 T 129 85 C 114 86 C 118 87 C 100 88 A 112 89 A 114 90 T 117 91 A 256 92 T 326 93 A 165 94 T 252 95 A 2132 96 T 692 97 A 397 98 T 71 99 A 143 100 T 98 101 T 123 102 A 150 103 T 136 104 T 130 105 A 111 106 G 169 107 G 128 108 G 139 109 C 136 110 G 133 111 A 127 112 A 128 113 G 123 114 T 143 115 G 156 116 C 146 117 G 154 118 A 141 119 G 188 120 C 205 121 G 274 122 C 329 123 T 331 124 G 468 125 G 872 126 C 976 127 G 1941 128 C 3226 129 C 4186 130 G 5773 131 T 4504 132 G 5522 133 C 5110 134 C 3834 135 C 2216 136 G 1349 137 A 641 138 C 654 139 T 374 140 C 293 141 C 234 142 G 231 143 C 171 144 G 167 145 C 174 146 C 187 147 G 120 148 G 134 149 C 143 150 C 126 151 C 114 152 C 136 153 G 120 154 G 116 155 G 123 156 G 136 157 G 124 158 C 136 159 G 137 160 G 128 161 G 112 162 C 127 163 C 117 164 C 152 165 G 140 166 G 148 167 G 130 168 C 158 169 G 142 170 G 137 171 C 127 172 G 167 173 G 142 174 G 150 175 G 143 176 G 140 177 G 136 178 C 153 179 G 140 180 G 136 181 G 134 182 T 122 183 C 133 184 T 125 185 C 123 186 T 129 187 C 139 188 C 138 189 G 132 190 G 135 191 C 144 192 G 123 193 C 130 194 A 118 195 C 126 196 A 96 197 T 89 198 A 110 199 A 171 200 A 148 201 G 117 202 G 117 203 C 116 204 C 102 205 T 109 206 G 116 207 C 124 208 A 124 209 G 115 210 G 109 211 C 98 212 A 116 MAX = 5773 MIN = 71 Length from 5'-end 12 G ######################## 13 G # 14 T ####### 15 A ##### 16 C ### 17 C ### 18 C ## 19 C ## 20 A # 21 A # 22 T # 23 T # 24 C # 25 G # 26 A 27 G # 28 C # 29 T 30 C # 31 G 32 G 33 T 34 A 35 C 36 C 37 G 38 G 39 G 40 G 41 C 42 C 43 G 44 C # 45 C 46 G 47 G 48 G 49 T 50 A 51 A 52 A 53 A 54 G 55 A 56 A 57 G 58 T 59 G 60 A 61 G 62 A 63 A 64 C 65 G 66 C 67 G 68 A 69 A 70 G 71 C 72 G 73 T 74 T 75 C 76 G 77 C 78 A 79 C 80 T 81 T 82 C 83 G 84 T # 85 C 86 C 87 C 88 A 89 A 90 T 91 A ### 92 T #### 93 A # 94 T ### 95 A ################################### 96 T ########## 97 A ##### 98 T 99 A # 100 T 101 T 102 A # 103 T # 104 T # 105 A 106 G # 107 G 108 G # 109 C # 110 G # 111 A 112 A 113 G 114 T # 115 G # 116 C # 117 G # 118 A # 119 G ## 120 C ## 121 G ### 122 C #### 123 T #### 124 G ###### 125 G ############# 126 C ############### 127 G ################################ 128 C ###################################################### 129 C ####################################################################### 130 G ################################################################################################## 131 T ############################################################################ 132 G ############################################################################################## 133 C ####################################################################################### 134 C ################################################################# 135 C ##################################### 136 G ###################### 137 A ######### 138 C ########## 139 T ##### 140 C ### 141 C ## 142 G ## 143 C # 144 G # 145 C # 146 C ## 147 G 148 G # 149 C # 150 C 151 C 152 C # 153 G 154 G 155 G 156 G # 157 G 158 C # 159 G # 160 G 161 G 162 C 163 C 164 C # 165 G # 166 G # 167 G # 168 C # 169 G # 170 G # 171 C 172 G # 173 G # 174 G # 175 G # 176 G # 177 G # 178 C # 179 G # 180 G # 181 G # 182 T 183 C # 184 T 185 C 186 T # 187 C # 188 C # 189 G # 190 G # 191 C # 192 G 193 C # 194 A 195 C 196 A 197 T 198 A 199 A # 200 A # 201 G 202 G 203 C 204 C 205 T 206 G 207 C 208 A 209 G 210 G 211 C 212 A Length from 3'-end 215 G ######################## 214 G # 213 T ####### 212 A ##### 211 C ### 210 C ### 209 C ## 208 C ## 207 A # 206 A # 205 T # 204 T # 203 C # 202 G # 201 A 200 G # 199 C # 198 T 197 C # 196 G 195 G 194 T 193 A 192 C 191 C 190 G 189 G 188 G 187 G 186 C 185 C 184 G 183 C # 182 C 181 G 180 G 179 G 178 T 177 A 176 A 175 A 174 A 173 G 172 A 171 A 170 G 169 T 168 G 167 A 166 G 165 A 164 A 163 C 162 G 161 C 160 G 159 A 158 A 157 G 156 C 155 G 154 T 153 T 152 C 151 G 150 C 149 A 148 C 147 T 146 T 145 C 144 G 143 T # 142 C 141 C 140 C 139 A 138 A 137 T 136 A ### 135 T #### 134 A # 133 T ### 132 A ################################### 131 T ########## 130 A ##### 129 T 128 A # 127 T 126 T 125 A # 124 T # 123 T # 122 A 121 G # 120 G 119 G # 118 C # 117 G # 116 A 115 A 114 G 113 T # 112 G # 111 C # 110 G # 109 A # 108 G ## 107 C ## 106 G ### 105 C #### 104 T #### 103 G ###### 102 G ############# 101 C ############### 100 G ################################ 99 C ###################################################### 98 C ####################################################################### 97 G ################################################################################################## 96 T ############################################################################ 95 G ############################################################################################## 94 C ####################################################################################### 93 C ################################################################# 92 C ##################################### 91 G ###################### 90 A ######### 89 C ########## 88 T ##### 87 C ### 86 C ## 85 G ## 84 C # 83 G # 82 C # 81 C ## 80 G 79 G # 78 C # 77 C 76 C 75 C # 74 G 73 G 72 G 71 G # 70 G 69 C # 68 G # 67 G 66 G 65 C 64 C 63 C # 62 G # 61 G # 60 G # 59 C # 58 G # 57 G # 56 C 55 G # 54 G # 53 G # 52 G # 51 G # 50 G # 49 C # 48 G # 47 G # 46 G # 45 T 44 C # 43 T 42 C 41 T # 40 C # 39 C # 38 G # 37 G # 36 C # 35 G 34 C # 33 A 32 C 31 A 30 T 29 A 28 A # 27 A # 26 G 25 G 24 C 23 C 22 T 21 G 20 C 19 A 18 G 17 G 16 C 15 A Length from nick -120 G ######################## -119 G # -118 T ####### -117 A ##### -116 C ### -115 C ### -114 C ## -113 C ## -112 A # -111 A # -110 T # -109 T # -108 C # -107 G # -106 A -105 G # -104 C # -103 T -102 C # -101 G -100 G -99 T -98 A -97 C -96 C -95 G -94 G -93 G -92 G -91 C -90 C -89 G -88 C # -87 C -86 G -85 G -84 G -83 T -82 A -81 A -80 A -79 A -78 G -77 A -76 A -75 G -74 T -73 G -72 A -71 G -70 A -69 A -68 C -67 G -66 C -65 G -64 A -63 A -62 G -61 C -60 G -59 T -58 T -57 C -56 G -55 C -54 A -53 C -52 T -51 T -50 C -49 G -48 T # -47 C -46 C -45 C -44 A -43 A -42 T -41 A ### -40 T #### -39 A # -38 T ### -37 A ################################### -36 T ########## -35 A ##### -34 T -33 A # -32 T -31 T -30 A # -29 T # -28 T # -27 A -26 G # -25 G -24 G # -23 C # -22 G # -21 A -20 A -19 G -18 T # -17 G # -16 C # -15 G # -14 A # -13 G ## -12 C ## -11 G ### -10 C #### -9 T #### -8 G ###### -7 G ############# -6 C ############### -5 G ################################ -4 C ###################################################### -3 C ####################################################################### -2 G ################################################################################################## -1 T ############################################################################ 1 G ############################################################################################## 2 C ####################################################################################### 3 C ################################################################# 4 C ##################################### 5 G ###################### 6 A ######### 7 C ########## 8 T ##### 9 C ### 10 C ## 11 G ## 12 C # 13 G # 14 C # 15 C ## 16 G 17 G # 18 C # 19 C 20 C 21 C # 22 G 23 G 24 G 25 G # 26 G 27 C # 28 G # 29 G 30 G 31 C 32 C 33 C # 34 G # 35 G # 36 G # 37 C # 38 G # 39 G # 40 C 41 G # 42 G # 43 G # 44 G # 45 G # 46 G # 47 C # 48 G # 49 G # 50 G # 51 T 52 C # 53 T 54 C 55 T # 56 C # 57 C # 58 G # 59 G # 60 C # 61 G 62 C # 63 A 64 C 65 A 66 T 67 A 68 A # 69 A # 70 G 71 G 72 C 73 C 74 T 75 G 76 C 77 A 78 G 79 G 80 C 81 A Name of gel and number of scan = No193 def.193 Name of sequence = Clon No 1717 Number of lanes = 10 Lane for analysis = 8 Number of analysing nucleotide = 201 First analysing nucleotide = 12 3'-nucleotide before nik = 131 5'-TCGAGGAATTCGGTACCCCAATTCGAGCTCGGTACCGGGGCCGCCGGGTAAAAGAAGTGAGAACGCGAAGCGTTCGCACTTCGTCCCAATATATATATATTATTAGGGCGAAGTGCGAGCGCTGGCGCCGTGCCCGACTCCGCGCCGGCCCCGGGGGCGGGCCCGGGCGGCGGGGGGCGGGTCTCTCCGGCGCACATAAAGGCCTGCAGGCATGCAAGCTTGGATC0 Length of fragment = 226 P(K)=P(K)/100 12 G 1659 13 G 204 14 T 501 15 A 351 16 C 303 17 C 223 18 C 222 19 C 170 20 A 187 21 A 169 22 T 165 23 T 128 24 C 141 25 G 120 26 A 98 27 G 102 28 C 122 29 T 100 30 C 84 31 G 116 32 G 111 33 T 94 34 A 77 35 C 112 36 C 82 37 G 96 38 G 95 39 G 110 40 G 97 41 C 78 42 C 91 43 G 105 44 C 103 45 C 111 46 G 99 47 G 106 48 G 107 49 T 84 50 A 89 51 A 109 52 A 84 53 A 98 54 G 96 55 A 81 56 A 79 57 G 96 58 T 101 59 G 118 60 A 93 61 G 91 62 A 106 63 A 98 64 C 93 65 G 84 66 C 67 67 G 94 68 A 82 69 A 75 70 G 89 71 C 97 72 G 98 73 T 112 74 T 83 75 C 104 76 G 107 77 C 103 78 A 114 79 C 106 80 T 85 81 T 102 82 C 125 83 G 113 84 T 112 85 C 111 86 C 96 87 C 97 88 A 123 89 A 117 90 T 111 91 A 159 92 T 247 93 A 134 94 T 327 95 A 1832 96 T 327 97 A 81 98 T 82 99 A 139 100 T 123 101 T 109 102 A 108 103 T 125 104 T 134 105 A 140 106 G 141 107 G 125 108 G 129 109 C 147 110 G 120 111 A 128 112 A 139 113 G 131 114 T 156 115 G 157 116 C 170 117 G 185 118 A 151 119 G 191 120 C 223 121 G 264 122 C 338 123 T 329 124 G 451 125 G 780 126 C 901 127 G 2086 128 C 3391 129 C 4741 130 G 6187 131 T 5350 132 G 6131 133 C 5546 134 C 4194 135 C 2575 136 G 1436 137 A 727 138 C 696 139 T 377 140 C 322 141 C 292 142 G 225 143 C 182 144 G 201 145 C 181 146 C 182 147 G 137 148 G 137 149 C 127 150 C 124 151 C 133 152 C 130 153 G 132 154 G 130 155 G 124 156 G 112 157 G 128 158 C 168 159 G 141 160 G 137 161 G 125 162 C 142 163 C 127 164 C 166 165 G 140 166 G 127 167 G 150 168 C 174 169 G 122 170 G 162 171 C 162 172 G 152 173 G 150 174 G 143 175 G 160 176 G 147 177 G 145 178 C 186 179 G 161 180 G 146 181 G 131 182 T 138 183 C 143 184 T 142 185 C 133 186 T 141 187 C 138 188 C 161 189 G 142 190 G 153 191 C 144 192 G 122 193 C 139 194 A 127 195 C 114 196 A 102 197 T 98 198 A 133 199 A 150 200 A 143 201 G 107 202 G 120 203 C 114 204 C 111 205 T 109 206 G 103 207 C 116 208 A 118 209 G 109 210 G 103 211 C 90 212 A 105 MAX = 6187 MIN = 67 Length from 5'-end 12 G ######################### 13 G ## 14 T ####### 15 A #### 16 C ### 17 C ## 18 C ## 19 C # 20 A # 21 A # 22 T # 23 T 24 C # 25 G 26 A 27 G 28 C 29 T 30 C 31 G 32 G 33 T 34 A 35 C 36 C 37 G 38 G 39 G 40 G 41 C 42 C 43 G 44 C 45 C 46 G 47 G 48 G 49 T 50 A 51 A 52 A 53 A 54 G 55 A 56 A 57 G 58 T 59 G 60 A 61 G 62 A 63 A 64 C 65 G 66 C 67 G 68 A 69 A 70 G 71 C 72 G 73 T 74 T 75 C 76 G 77 C 78 A 79 C 80 T 81 T 82 C 83 G 84 T 85 C 86 C 87 C 88 A 89 A 90 T 91 A # 92 T ## 93 A # 94 T #### 95 A ############################ 96 T #### 97 A 98 T 99 A # 100 T 101 T 102 A 103 T 104 T # 105 A # 106 G # 107 G 108 G # 109 C # 110 G 111 A 112 A # 113 G # 114 T # 115 G # 116 C # 117 G # 118 A # 119 G ## 120 C ## 121 G ### 122 C #### 123 T #### 124 G ###### 125 G ########### 126 C ############# 127 G ################################ 128 C ##################################################### 129 C ########################################################################### 130 G ################################################################################################## 131 T ##################################################################################### 132 G ################################################################################################## 133 C ######################################################################################## 134 C ################################################################## 135 C ######################################## 136 G ###################### 137 A ########## 138 C ########## 139 T ##### 140 C #### 141 C ### 142 G ## 143 C # 144 G ## 145 C # 146 C # 147 G # 148 G # 149 C 150 C 151 C # 152 C # 153 G # 154 G # 155 G 156 G 157 G 158 C # 159 G # 160 G # 161 G 162 C # 163 C 164 C # 165 G # 166 G 167 G # 168 C # 169 G 170 G # 171 C # 172 G # 173 G # 174 G # 175 G # 176 G # 177 G # 178 C # 179 G # 180 G # 181 G # 182 T # 183 C # 184 T # 185 C # 186 T # 187 C # 188 C # 189 G # 190 G # 191 C # 192 G 193 C # 194 A 195 C 196 A 197 T 198 A # 199 A # 200 A # 201 G 202 G 203 C 204 C 205 T 206 G 207 C 208 A 209 G 210 G 211 C 212 A Length from 3'-end 215 G ######################### 214 G ## 213 T ####### 212 A #### 211 C ### 210 C ## 209 C ## 208 C # 207 A # 206 A # 205 T # 204 T 203 C # 202 G 201 A 200 G 199 C 198 T 197 C 196 G 195 G 194 T 193 A 192 C 191 C 190 G 189 G 188 G 187 G 186 C 185 C 184 G 183 C 182 C 181 G 180 G 179 G 178 T 177 A 176 A 175 A 174 A 173 G 172 A 171 A 170 G 169 T 168 G 167 A 166 G 165 A 164 A 163 C 162 G 161 C 160 G 159 A 158 A 157 G 156 C 155 G 154 T 153 T 152 C 151 G 150 C 149 A 148 C 147 T 146 T 145 C 144 G 143 T 142 C 141 C 140 C 139 A 138 A 137 T 136 A # 135 T ## 134 A # 133 T #### 132 A ############################ 131 T #### 130 A 129 T 128 A # 127 T 126 T 125 A 124 T 123 T # 122 A # 121 G # 120 G 119 G # 118 C # 117 G 116 A 115 A # 114 G # 113 T # 112 G # 111 C # 110 G # 109 A # 108 G ## 107 C ## 106 G ### 105 C #### 104 T #### 103 G ###### 102 G ########### 101 C ############# 100 G ################################ 99 C ##################################################### 98 C ########################################################################### 97 G ################################################################################################## 96 T ##################################################################################### 95 G ################################################################################################## 94 C ######################################################################################## 93 C ################################################################## 92 C ######################################## 91 G ###################### 90 A ########## 89 C ########## 88 T ##### 87 C #### 86 C ### 85 G ## 84 C # 83 G ## 82 C # 81 C # 80 G # 79 G # 78 C 77 C 76 C # 75 C # 74 G # 73 G # 72 G 71 G 70 G 69 C # 68 G # 67 G # 66 G 65 C # 64 C 63 C # 62 G # 61 G 60 G # 59 C # 58 G 57 G # 56 C # 55 G # 54 G # 53 G # 52 G # 51 G # 50 G # 49 C # 48 G # 47 G # 46 G # 45 T # 44 C # 43 T # 42 C # 41 T # 40 C # 39 C # 38 G # 37 G # 36 C # 35 G 34 C # 33 A 32 C 31 A 30 T 29 A # 28 A # 27 A # 26 G 25 G 24 C 23 C 22 T 21 G 20 C 19 A 18 G 17 G 16 C 15 A Length from nick -120 G ######################### -119 G ## -118 T ####### -117 A #### -116 C ### -115 C ## -114 C ## -113 C # -112 A # -111 A # -110 T # -109 T -108 C # -107 G -106 A -105 G -104 C -103 T -102 C -101 G -100 G -99 T -98 A -97 C -96 C -95 G -94 G -93 G -92 G -91 C -90 C -89 G -88 C -87 C -86 G -85 G -84 G -83 T -82 A -81 A -80 A -79 A -78 G -77 A -76 A -75 G -74 T -73 G -72 A -71 G -70 A -69 A -68 C -67 G -66 C -65 G -64 A -63 A -62 G -61 C -60 G -59 T -58 T -57 C -56 G -55 C -54 A -53 C -52 T -51 T -50 C -49 G -48 T -47 C -46 C -45 C -44 A -43 A -42 T -41 A # -40 T ## -39 A # -38 T #### -37 A ############################ -36 T #### -35 A -34 T -33 A # -32 T -31 T -30 A -29 T -28 T # -27 A # -26 G # -25 G -24 G # -23 C # -22 G -21 A -20 A # -19 G # -18 T # -17 G # -16 C # -15 G # -14 A # -13 G ## -12 C ## -11 G ### -10 C #### -9 T #### -8 G ###### -7 G ########### -6 C ############# -5 G ################################ -4 C ##################################################### -3 C ########################################################################### -2 G ################################################################################################## -1 T ##################################################################################### 1 G ################################################################################################## 2 C ######################################################################################## 3 C ################################################################## 4 C ######################################## 5 G ###################### 6 A ########## 7 C ########## 8 T ##### 9 C #### 10 C ### 11 G ## 12 C # 13 G ## 14 C # 15 C # 16 G # 17 G # 18 C 19 C 20 C # 21 C # 22 G # 23 G # 24 G 25 G 26 G 27 C # 28 G # 29 G # 30 G 31 C # 32 C 33 C # 34 G # 35 G 36 G # 37 C # 38 G 39 G # 40 C # 41 G # 42 G # 43 G # 44 G # 45 G # 46 G # 47 C # 48 G # 49 G # 50 G # 51 T # 52 C # 53 T # 54 C # 55 T # 56 C # 57 C # 58 G # 59 G # 60 C # 61 G 62 C # 63 A 64 C 65 A 66 T 67 A # 68 A # 69 A # 70 G 71 G 72 C 73 C 74 T 75 G 76 C 77 A 78 G 79 G 80 C 81 A Length from 5'-end 12 G ##################################################### 13 G 14 T ################# 15 A ####### 16 C ############ 17 C ######## 18 C ###### 19 C ###### 20 A ###### 21 A ##### 22 T ### 23 T #### 24 C ### 25 G ### 26 A ### 27 G #### 28 C ### 29 T ### 30 C ### 31 G ### 32 G ## 33 T ### 34 A ## 35 C ### 36 C # 37 G ## 38 G ### 39 G ### 40 G ### 41 C ## 42 C ### 43 G ### 44 C ## 45 C ## 46 G ### 47 G #### 48 G ### 49 T ## 50 A ## 51 A ### 52 A ### 53 A ## 54 G ## 55 A ### 56 A ## 57 G ## 58 T ## 59 G ### 60 A ### 61 G 62 A ## 63 A ### 64 C ## 65 G ### 66 C ### 67 G ## 68 A ## 69 A # 70 G ## 71 C ### 72 G ## 73 T ## 74 T ### 75 C ## 76 G ## 77 C ### 78 A ### 79 C ## 80 T ### 81 T ## 82 C ## 83 G ### 84 T ### 85 C ### 86 C ### 87 C ## 88 A #### 89 A ### 90 T ### 91 A #### 92 T ####### 93 A # 94 T 95 A ################################################################################################### 96 T ####### 97 A 98 T # 99 A #### 100 T ### 101 T ## 102 A ### 103 T #### 104 T ### 105 A ### 106 G #### 107 G #### 108 G #### 109 C ### 110 G ##### 111 A #### 112 A #### 113 G #### 114 T #### 115 G #### 116 C #### 117 G ##### 118 A #### 119 G #### 120 C ##### 121 G ####### 122 C ###### 123 T ####### 124 G ######## 125 G ############ 126 C ############## 127 G ############################ 128 C ############################################### 129 C ################################################################## 130 G ############################################################################## 131 T ###################################################################################### 132 G #################################################################################### 133 C ################################################################################### 134 C ########################################################### 135 C ##################################### 136 G ##################### 137 A ########### 138 C ############ 139 T ###### 140 C ###### 141 C ##### 142 G #### 143 C ### 144 G #### 145 C ### 146 C #### 147 G ### 148 G ### 149 C ### 150 C ### 151 C ### 152 C #### 153 G ### 154 G ### 155 G ### 156 G ### 157 G #### 158 C #### 159 G ### 160 G #### 161 G #### 162 C ### 163 C ### 164 C #### 165 G ### 166 G #### 167 G #### 168 C ### 169 G ### 170 G #### 171 C #### 172 G #### 173 G #### 174 G ### 175 G #### 176 G #### 177 G #### 178 C #### 179 G #### 180 G #### 181 G #### 182 T ### 183 C ### 184 T ### 185 C ## 186 T ## 187 C ### 188 C ### 189 G ### 190 G #### 191 C #### 192 G ### 193 C ### 194 A ## 195 C ### 196 A ### 197 T # 198 A ### 199 A #### 200 A ### 201 G ## 202 G ### 203 C ## 204 C ## 205 T ## 206 G ## 207 C ## 208 A ### 209 G ### 210 G ## 211 C ## 212 A ## Length from 3'-end 215 G ##################################################### 214 G 213 T ################# 212 A ####### 211 C ############ 210 C ######## 209 C ###### 208 C ###### 207 A ###### 206 A ##### 205 T ### 204 T #### 203 C ### 202 G ### 201 A ### 200 G #### 199 C ### 198 T ### 197 C ### 196 G ### 195 G ## 194 T ### 193 A ## 192 C ### 191 C # 190 G ## 189 G ### 188 G ### 187 G ### 186 C ## 185 C ### 184 G ### 183 C ## 182 C ## 181 G ### 180 G #### 179 G ### 178 T ## 177 A ## 176 A ### 175 A ### 174 A ## 173 G ## 172 A ### 171 A ## 170 G ## 169 T ## 168 G ### 167 A ### 166 G 165 A ## 164 A ### 163 C ## 162 G ### 161 C ### 160 G ## 159 A ## 158 A # 157 G ## 156 C ### 155 G ## 154 T ## 153 T ### 152 C ## 151 G ## 150 C ### 149 A ### 148 C ## 147 T ### 146 T ## 145 C ## 144 G ### 143 T ### 142 C ### 141 C ### 140 C ## 139 A #### 138 A ### 137 T ### 136 A #### 135 T ####### 134 A # 133 T 132 A ################################################################################################### 131 T ####### 130 A 129 T # 128 A #### 127 T ### 126 T ## 125 A ### 124 T #### 123 T ### 122 A ### 121 G #### 120 G #### 119 G #### 118 C ### 117 G ##### 116 A #### 115 A #### 114 G #### 113 T #### 112 G #### 111 C #### 110 G ##### 109 A #### 108 G #### 107 C ##### 106 G ####### 105 C ###### 104 T ####### 103 G ######## 102 G ############ 101 C ############## 100 G ############################ 99 C ############################################### 98 C ################################################################## 97 G ############################################################################## 96 T ###################################################################################### 95 G #################################################################################### 94 C ################################################################################### 93 C ########################################################### 92 C ##################################### 91 G ##################### 90 A ########### 89 C ############ 88 T ###### 87 C ###### 86 C ##### 85 G #### 84 C ### 83 G #### 82 C ### 81 C #### 80 G ### 79 G ### 78 C ### 77 C ### 76 C ### 75 C #### 74 G ### 73 G ### 72 G ### 71 G ### 70 G #### 69 C #### 68 G ### 67 G #### 66 G #### 65 C ### 64 C ### 63 C #### 62 G ### 61 G #### 60 G #### 59 C ### 58 G ### 57 G #### 56 C #### 55 G #### 54 G #### 53 G ### 52 G #### 51 G #### 50 G #### 49 C #### 48 G #### 47 G #### 46 G #### 45 T ### 44 C ### 43 T ### 42 C ## 41 T ## 40 C ### 39 C ### 38 G ### 37 G #### 36 C #### 35 G ### 34 C ### 33 A ## 32 C ### 31 A ### 30 T # 29 A ### 28 A #### 27 A ### 26 G ## 25 G ### 24 C ## 23 C ## 22 T ## 21 G ## 20 C ## 19 A ### 18 G ### 17 G ## 16 C ## 15 A ## Length from nick -120 G ##################################################### -119 G -118 T ################# -117 A ####### -116 C ############ -115 C ######## -114 C ###### -113 C ###### -112 A ###### -111 A ##### -110 T ### -109 T #### -108 C ### -107 G ### -106 A ### -105 G #### -104 C ### -103 T ### -102 C ### -101 G ### -100 G ## -99 T ### -98 A ## -97 C ### -96 C # -95 G ## -94 G ### -93 G ### -92 G ### -91 C ## -90 C ### -89 G ### -88 C ## -87 C ## -86 G ### -85 G #### -84 G ### -83 T ## -82 A ## -81 A ### -80 A ### -79 A ## -78 G ## -77 A ### -76 A ## -75 G ## -74 T ## -73 G ### -72 A ### -71 G -70 A ## -69 A ### -68 C ## -67 G ### -66 C ### -65 G ## -64 A ## -63 A # -62 G ## -61 C ### -60 G ## -59 T ## -58 T ### -57 C ## -56 G ## -55 C ### -54 A ### -53 C ## -52 T ### -51 T ## -50 C ## -49 G ### -48 T ### -47 C ### -46 C ### -45 C ## -44 A #### -43 A ### -42 T ### -41 A #### -40 T ####### -39 A # -38 T -37 A ################################################################################################### -36 T ####### -35 A -34 T # -33 A #### -32 T ### -31 T ## -30 A ### -29 T #### -28 T ### -27 A ### -26 G #### -25 G #### -24 G #### -23 C ### -22 G ##### -21 A #### -20 A #### -19 G #### -18 T #### -17 G #### -16 C #### -15 G ##### -14 A #### -13 G #### -12 C ##### -11 G ####### -10 C ###### -9 T ####### -8 G ######## -7 G ############ -6 C ############## -5 G ############################ -4 C ############################################### -3 C ################################################################## -2 G ############################################################################## -1 T ###################################################################################### 1 G #################################################################################### 2 C ################################################################################### 3 C ########################################################### 4 C ##################################### 5 G ##################### 6 A ########### 7 C ############ 8 T ###### 9 C ###### 10 C ##### 11 G #### 12 C ### 13 G #### 14 C ### 15 C #### 16 G ### 17 G ### 18 C ### 19 C ### 20 C ### 21 C #### 22 G ### 23 G ### 24 G ### 25 G ### 26 G #### 27 C #### 28 G ### 29 G #### 30 G #### 31 C ### 32 C ### 33 C #### 34 G ### 35 G #### 36 G #### 37 C ### 38 G ### 39 G #### 40 C #### 41 G #### 42 G #### 43 G ### 44 G #### 45 G #### 46 G #### 47 C #### 48 G #### 49 G #### 50 G #### 51 T ### 52 C ### 53 T ### 54 C ## 55 T ## 56 C ### 57 C ### 58 G ### 59 G #### 60 C #### 61 G ### 62 C ### 63 A ## 64 C ### 65 A ### 66 T # 67 A ### 68 A #### 69 A ### 70 G ## 71 G ### 72 C ## 73 C ## 74 T ## 75 G ## 76 C ## 77 A ### 78 G ### 79 G ## 80 C ## 81 A ## ----------------------------------------------------- Average ultrasonic cleavage profile for all nicks Number of analysed nicks = 32 Nik between -1 and +1 nucleotaides -25 .6 -24 .5 -23 .4 -22 .5 -21 .5 -20 .5 -19 .5 -18 .5 -17 .5 -16 .6 -15 .6 -14 .8 -13 .9 -12 1 -11 1.2 -10 1.3 -9 1.8 -8 2 -7 2.7 -6 3.3 -5 4.5 -4 5.1 -3 5.8 -2 6 -1 5.5 1 5.5 2 6.5 3 5.9 4 5.4 5 4.5 6 3.4 7 3 8 2.1 9 1.9 10 1.6 11 1.4 12 1.3 13 1.1 14 .9 15 .9 16 .7 17 .7 18 .4 19 .4 20 .4 21 .5 22 .5 23 .4 24 .4 25 .5 Number of analysed nicks = 32 Nik between -1 and +1 nucleotaides -25 ###### -24 ##### -23 #### -22 ##### -21 ##### -20 ##### -19 ##### -18 ##### -17 ##### -16 ###### -15 ###### -14 ######## -13 ######### -12 ########## -11 ############ -10 ############# -9 ################## -8 #################### -7 ########################### -6 ################################# -5 ############################################# -4 ################################################### -3 ########################################################## -2 ############################################################ -1 ####################################################### 1 ####################################################### 2 ################################################################# 3 ########################################################### 4 ###################################################### 5 ############################################# 6 ################################## 7 ############################## 8 ##################### 9 ################### 10 ################ 11 ############## 12 ############# 13 ########### 14 ######### 15 ######### 16 ####### 17 ####### 18 #### 19 #### 20 #### 21 ##### 22 ##### 23 #### 24 #### 25 #####
(Last update - 23.09.2009)